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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lo7 | ||||||
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タイトル | HA70(D3)-HA17-HA33 | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / progenitor toxin complex / botulinum neurotoxin / botulism / neurotoxin associated protein / hemagglutinin / carbohydrate/sugar binding / secreted protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.73 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, K. / Gu, S. / Jin, L. / Le, T.T. / Cheng, L.W. / Strotmeier, J. / Kruel, A.M. / Yao, G. / Perry, K. / Rummel, A. / Jin, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013 タイトル: Structure of a bimodular botulinum neurotoxin complex provides insights into its oral toxicity. 著者: Kwangkook Lee / Shenyan Gu / Lei Jin / Thi Tuc Nghi Le / Luisa W Cheng / Jasmin Strotmeier / Anna Magdalena Kruel / Guorui Yao / Kay Perry / Andreas Rummel / Rongsheng Jin / 要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary ...Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary proteins as progenitor toxin complexes (PTCs) to become highly potent oral poisons. Here, we report the structure of a ∼760 kDa 14-subunit large PTC of serotype A (L-PTC/A) and reveal insight into its absorption mechanism. Using a combination of X-ray crystallography, electron microscopy, and functional studies, we found that L-PTC/A consists of two structurally and functionally independent sub-complexes. A hetero-dimeric 290 kDa complex protects BoNT, while a hetero-dodecameric 470 kDa complex facilitates its absorption in the harsh environment of the gastrointestinal tract. BoNT absorption is mediated by nine glycan-binding sites on the dodecameric sub-complex that forms multivalent interactions with carbohydrate receptors on intestinal epithelial cells. We identified monosaccharides that blocked oral BoNT intoxication in mice, which suggests a new strategy for the development of preventive countermeasures for BoNTs based on carbohydrate receptor mimicry. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lo7.cif.gz | 797 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lo7.ent.gz | 675.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lo7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4lo7_validation.pdf.gz | 498.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4lo7_full_validation.pdf.gz | 541.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4lo7_validation.xml.gz | 66.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4lo7_validation.cif.gz | 88.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4lo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4lo7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28846.920 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 378-626 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: ha70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KHU9 #2: タンパク質 | 分子量: 34081.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: HA-33, ha33, ha34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45871 #3: タンパク質 | 分子量: 17069.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: ha17, HA-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45878 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.85 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.2 詳細: 0.1 M Tris, 0.1 M sodium chloride, 6% PEG2000, pH 8.2, EVAPORATION, temperature 292.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月14日 |
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.73→50 Å / Num. all: 38382 / Num. obs: 38152 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.73→3.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.73→49.202 Å / SU ML: 1.04 / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 29.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 87.902 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.73→49.202 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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