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万見
- PDB-4lo2: HA17-HA33-Lac -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lo2
タイトルHA17-HA33-Lac
要素
  • HA-17
  • HA-33
キーワードPROTEIN TRANSPORT / progenitor toxin complex / botulinum neurotoxin / botulism / neurotoxin associated protein / hemagglutinin / carbohydrate/sugar binding / secreted protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA)
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin component HA-17 / Clostridium botulinum HA-17 domain / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / HA-33 / HA-17
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.254 Å
データ登録者Lee, K. / Gu, S. / Jin, L. / Le, T.T. / Cheng, L.W. / Strotmeier, J. / Kruel, A.M. / Yao, G. / Perry, K. / Rummel, A. / Jin, R.
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: Structure of a bimodular botulinum neurotoxin complex provides insights into its oral toxicity.
著者: Kwangkook Lee / Shenyan Gu / Lei Jin / Thi Tuc Nghi Le / Luisa W Cheng / Jasmin Strotmeier / Anna Magdalena Kruel / Guorui Yao / Kay Perry / Andreas Rummel / Rongsheng Jin /
要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary ...Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary proteins as progenitor toxin complexes (PTCs) to become highly potent oral poisons. Here, we report the structure of a ∼760 kDa 14-subunit large PTC of serotype A (L-PTC/A) and reveal insight into its absorption mechanism. Using a combination of X-ray crystallography, electron microscopy, and functional studies, we found that L-PTC/A consists of two structurally and functionally independent sub-complexes. A hetero-dimeric 290 kDa complex protects BoNT, while a hetero-dodecameric 470 kDa complex facilitates its absorption in the harsh environment of the gastrointestinal tract. BoNT absorption is mediated by nine glycan-binding sites on the dodecameric sub-complex that forms multivalent interactions with carbohydrate receptors on intestinal epithelial cells. We identified monosaccharides that blocked oral BoNT intoxication in mice, which suggests a new strategy for the development of preventive countermeasures for BoNTs based on carbohydrate receptor mimicry.
履歴
登録2013年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HA-33
C: HA-17
B: HA-33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9175
ポリマ－85,2333
非ポリマー6852
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area30690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.490, 119.153, 163.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-237-

HOH

21B-453-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HA-33 / HA-33 protein / HA34 / Non-toxin haemagglutinin HA34


分子量: 34081.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: HA-33, ha33, ha34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45871
#2: タンパク質 HA-17 / HA-17 protein / HA17 / Ha17 protein / Non-toxin haemagglutinin HA17


分子量: 17069.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha17, HA-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45878
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M MES, 0.1 M magnesium chloride, 5% PEG8000, pH 6.2, EVAPORATION, temperature 292.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97952 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97952 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.254→50 Å / Num. all: 49187 / Num. obs: 47909 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.254→2.4 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.254→32.06 Å / SU ML: 0.62 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 2430 5.07 %RANDOM
Rwork0.1664 ---
obs0.1686 47909 97.31 %-
all-49187 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.888 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.1349 Å20 Å2-0 Å2
2---10.8823 Å20 Å2
3----2.2527 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.254→32.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5853 0 46 225 6124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0498243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4672168
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078932
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041054
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.254-2.29960.23171430.18012634X-RAY DIFFRACTION96
2.2996-2.34960.20351550.17732706X-RAY DIFFRACTION99
2.3496-2.40420.27361470.18562644X-RAY DIFFRACTION98
2.4042-2.46440.24551350.19032582X-RAY DIFFRACTION96
2.4644-2.5310.22691470.19612717X-RAY DIFFRACTION100
2.531-2.60540.26311320.19492735X-RAY DIFFRACTION100
2.6054-2.68950.2461310.19892707X-RAY DIFFRACTION100
2.6895-2.78550.27231360.19012752X-RAY DIFFRACTION99
2.7855-2.8970.22191500.1732684X-RAY DIFFRACTION99
2.897-3.02870.22591420.1722711X-RAY DIFFRACTION99
3.0287-3.18830.24691400.17252631X-RAY DIFFRACTION96
3.1883-3.38780.21091530.17442695X-RAY DIFFRACTION99
3.3878-3.64910.18971570.15742740X-RAY DIFFRACTION99
3.6491-4.01570.20171390.15422733X-RAY DIFFRACTION99
4.0157-4.59530.16531580.1312636X-RAY DIFFRACTION96
4.5953-5.7840.18481410.14222729X-RAY DIFFRACTION97
5.784-32.06310.23751240.20092443X-RAY DIFFRACTION84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85160.2937-0.44163.83231.96844.28970.06630.0177-0.06590.078-0.0792-0.05010.3187-0.00740.00730.20410.01-0.02560.22090.02440.250136.1354-12.773948.0501
25.4149-0.50750.18984.00451.10254.8235-0.00640.55170.0794-0.30050.1077-0.04330.01260.0052-0.09950.2873-0.0429-0.01780.31110.01110.254840.3045-25.065117.4059
32.12590.529-0.47813.9043-0.05871.9012-0.1888-0.3821-0.1280.8963-0.3333-0.2928-0.49440.59650.37390.5531-0.1129-0.09660.4771-0.02370.437649.50111.590981.7664
44.87030.0083-0.86785.89610.95355.0838-0.05570.11940.9806-0.14530.3254-0.5202-0.83530.6488-0.17710.4311-0.1453-0.0170.37190.00690.350650.118917.626164.4808
53.93972.9423-3.21388.3313-4.50428.36570.4681-0.48640.62870.5866-0.1989-0.3367-1.17830.7225-0.1870.5845-0.0893-0.13930.3786-0.08040.487147.93819.727376.2446
62.4135-0.19470.78237.6431-4.11987.9064-0.0343-0.51050.14850.25620.18280.5432-0.3052-0.2289-0.02840.48760.0503-0.02020.3492-0.04370.267939.227110.565181.6737
72.7570.08970.70462.90512.07095.6184-0.13-0.26560.42750.3236-0.13360.2603-0.9435-0.40750.20650.42040.0221-0.0130.3218-0.05540.389535.770116.423571.2119
86.5376-1.23720.33154.30360.41273.03780.2887-0.2261-0.11090.5101-0.0837-0.48470.20120.5279-0.07170.37620.0238-0.08560.3243-0.0040.273947.54474.292775.096
94.0930.62690.39777.72820.78899.1791-0.284-0.34720.1040.0197-0.16470.53380.3897-0.69290.3880.20060.01710.00420.2431-0.0370.26936.19862.321168.5941
101.5748-0.29670.29694.0611-0.9923.0614-0.17050.2726-0.0251-0.1157-0.0611-0.65630.03780.53040.21630.1977-0.04380.02870.3521-0.00940.273647.78025.749460.8808
113.68976.44915.62152.04559.93798.67950.2017-0.2910.16830.35960.1213-0.8679-0.0190.4494-0.2680.3789-0.0447-0.16730.46540.00340.459652.35758.999371.1196
123.3315-0.84091.12072.48830.07513.74420.06310.09290.1479-0.2807-0.07210.0496-0.5162-0.0251-0.00110.27620.02460.02820.16080.00220.230834.431315.58141.729
134.7321-1.67040.73622.75570.84362.32060.93391.4264-0.8659-0.8378-0.77330.30350.54540.188-0.11720.65610.2707-0.15950.686-0.18340.558310.93214.80217.2986
143.4421-2.5721.78464.25340.57143.83390.98781.7174-0.3273-1.115-0.763-0.13670.30680.4569-0.09991.00030.5316-0.01931.0999-0.12260.57118.875213.236312.5903
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 9:150)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 151:294)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resseq 3:17)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resseq 18:36)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resseq 37:50)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resseq 51:60)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resseq 61:86)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 87:101)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 102:113)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resseq 114:136)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 137:146)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 9:150)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 151:222)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 223:294)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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