PDB-4lo0: Apo HA17-HA33

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lo0

タイトル

Apo HA17-HA33

要素

HA-17
HA-33

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / progenitor toxin complex / botulinum neurotoxin / botulism / neurotoxin associated protein / hemagglutinin / carbohydrate/sugar binding / secreted protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / Toxicity of botulinum toxin type B (botB)
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.055 Å

データ登録者

Lee, K. / Gu, S. / Jin, L. / Le, T.T. / Cheng, L.W. / Strotmeier, J. / Kruel, A.M. / Yao, G. / Perry, K. / Rummel, A. / Jin, R.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: Structure of a bimodular botulinum neurotoxin complex provides insights into its oral toxicity.
著者: Kwangkook Lee / Shenyan Gu / Lei Jin / Thi Tuc Nghi Le / Luisa W Cheng / Jasmin Strotmeier / Anna Magdalena Kruel / Guorui Yao / Kay Perry / Andreas Rummel / Rongsheng Jin /

要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary ...

履歴

登録	2013年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lo0.cif.gz	310.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lo0.ent.gz	254.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lo0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lo0_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lo0_full_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示
XML形式データ	4lo0_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	4lo0_validation.cif.gz	41.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4lo0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4lo0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2416C 2417C 4lo1C 4lo2C 4lo3C 4lo4C 4lo5C 4lo6C 4lo7C 4lo8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lo2-d 4lo3-d 4lo1-d 5bqu-d 4lo7-4 5bp5-d 4lo7-6 6gts-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: HA-33

C: HA-17

B: HA-33

85.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.599, 118.680, 162.509
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-265- HOH

#1: タンパク質	HA-33 / HA-33 protein / HA34 / Non-toxin haemagglutinin HA34 分子量: 34081.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: HA-33, ha33, ha34 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45871
#2: タンパク質	HA-17 / HA-17 protein / HA17 / Ha17 protein / Non-toxin haemagglutinin HA17 分子量: 17069.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: ha17, HA-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45878
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.21 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.2 詳細: 0.1 M MES, 0.1 M magnesium chloride, 5% PEG8000, pH 6.2, EVAPORATION, temperature 292.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月3日
放射	モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.055→47.9 Å / Num. all: 62951 / Num. obs: 62896 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.055→2.2 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
JBluIce-EPICS		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.055→35.636 Å / SU ML: 0.67 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2169	3172	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1879	-	-	-
obs	0.1893	62896	97.87 %	-
all	-	62951	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.719 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.8294 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-8.632 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.1974 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.055→35.636 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5845	0	0	283	6128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5985
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.214	8168
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.694	2151
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	913
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1052

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.055-2.0857	0.3648	128	0.316	2499	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0857-2.1183	0.3118	123	0.3014	2572	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1183-2.153	0.3162	133	0.2814	2600	X-RAY DIFFRACTION	98
2.153-2.1901	0.3348	134	0.269	2543	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1901-2.2299	0.2928	140	0.2366	2562	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2299-2.2728	0.26	150	0.2372	2569	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2728-2.3192	0.2604	137	0.2244	2568	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3192-2.3696	0.3058	144	0.225	2585	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3696-2.4247	0.2831	149	0.2248	2585	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4247-2.4854	0.2965	142	0.2266	2585	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4854-2.5525	0.2547	138	0.2152	2583	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5525-2.6276	0.2607	130	0.2028	2586	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6276-2.7124	0.2507	123	0.2046	2637	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7124-2.8093	0.2338	134	0.2016	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8093-2.9217	0.1995	131	0.1835	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9217-3.0546	0.2171	132	0.1845	2626	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0546-3.2156	0.24	143	0.1875	2612	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2156-3.4169	0.208	140	0.1936	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4169-3.6805	0.2188	142	0.1806	2624	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6805-4.0504	0.1878	151	0.1669	2598	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0504-4.6354	0.1513	151	0.1328	2627	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6354-5.836	0.1743	144	0.149	2615	X-RAY DIFFRACTION	97
5.836-35.641	0.1986	133	0.195	2710	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8765	0.0417	-0.2509	3.97	1.8222	4.4849	0.0203	0.0245	-0.0822	0.1397	-0.0478	0.0722	0.3007	-0.0069	0.0198	0.136	0.002	-0.0055	0.2135	0.0164	0.2347	36.2506	-12.8977	47.8889
2	6.4356	-0.9604	0.0708	4.8485	0.6166	5.9295	0.2104	0.8459	0.0393	-0.6693	-0.0019	0.1136	0.1132	-0.0942	-0.2129	0.3836	0.0156	-0.0346	0.3582	0.0156	0.2702	40.4289	-25.1838	17.395
3	2.5154	0.8793	-0.8396	2.8844	-0.4228	1.0271	-0.2541	-0.5312	0.1856	0.6794	-0.1609	-0.1033	-0.2729	0.7556	0.2162	0.7611	-0.1396	-0.1205	0.4513	-0.0355	0.3285	49.3022	11.5355	81.4191
4	4.5152	-0.3805	-0.601	6.0895	0.4681	4.441	0.0418	0.0014	0.7771	0.3713	0.2232	-0.5967	-0.934	0.4601	-0.2395	0.5775	-0.182	-0.0436	0.3635	0.0042	0.3209	49.9327	17.4939	64.1856
5	3.6021	3.2189	-2.3047	7.5525	-3.7464	3.5587	0.2888	-0.7132	0.5361	0.2394	-0.3024	-0.2006	-1.0732	0.6705	0.071	1.0156	-0.1786	-0.2161	0.3768	-0.0971	0.4443	47.7366	19.6195	75.9079
6	2.5806	0.577	0.4693	5.1514	-3.4637	7.0632	-0.2237	-0.4811	0.2008	-0.0659	0.0821	0.3216	-0.3809	-0.0177	0.1641	0.6374	-0.0001	-0.0112	0.3219	-0.0479	0.215	39.049	10.5218	81.3892
7	2.7846	1.5788	0.9317	4.1228	2.2943	3.501	-0.1549	-0.3457	0.6188	0.6363	-0.1299	0.382	-1.1781	-0.0804	0.2558	0.6366	-0.0183	0.0048	0.22	-0.0348	0.389	36.7612	17.5922	69.5097
8	3.5901	-0.1196	0.4967	4.818	0.8503	4.7973	-0.0821	-0.4184	0.2783	0.9193	0.0947	0.1421	-0.5368	-0.1654	0.0893	0.5821	-0.031	0.0375	0.3113	-0.0222	0.2907	38.8625	10.0649	74.0063
9	2.5966	0.0164	0.1988	6.4296	-0.4188	5.0718	-0.1465	0.0687	0.0368	0.3603	0.0076	-0.3289	-0.1478	0.2616	0.1345	0.2276	-0.0152	-0.0335	0.2491	-0.0147	0.2255	44.5076	4.5228	65.2821
10	4.2019	6.3566	3.7611	9.6666	5.7277	3.3761	0.0928	-0.1705	0.4042	0.9335	0.0103	-0.584	0.0597	0.7679	-0.2188	0.431	-0.0754	-0.174	0.4874	-0.0188	0.4247	52.2029	8.9589	70.8724
11	2.4458	-0.7831	1.245	2.7276	-0.6037	3.7207	0.0444	0.1493	0.1372	-0.2062	-0.08	0.0133	-0.4785	0.01	0.0344	0.2912	0.0232	0.042	0.1888	0.0177	0.2615	34.2786	15.3943	41.5803
12	8.0755	-2.1175	1.4984	4.0352	1.0469	4.0181	1.0956	1.3525	-0.8869	-0.9089	-0.8339	0.5274	0.4909	-0.1274	-0.2129	0.5901	0.2546	-0.1288	0.625	-0.1362	0.5397	10.8454	15.5419	18.2042
13	4.3377	-3.2892	0.8604	3.8035	1.3643	3.6188	1.0819	1.9044	-0.5951	-1.307	-0.6225	0.0165	0.4815	0.5006	-0.3663	1.1442	0.6252	-0.0402	1.13	-0.2152	0.6817	18.4639	12.5814	11.9573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 9:150)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 151:294)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resseq 3:17)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resseq 18:36)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resseq 37:50)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resseq 51:60)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 61:75)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 76:93)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 94:136)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 137:146)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 10:150)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 151:216)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 217:294)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)