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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lny
タイトルCrystal Structure of Engineered Protein, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR422
要素Engineered Protein OR422
キーワードDE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Engineered Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Indole-3-glycerol phosphate synthase, conserved site / Indole-3-glycerol phosphate synthase signature. / Indole-3-glycerol phosphate synthase domain / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Indole-3-glycerol phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.929 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Bjelic, S. / Kipnis, Y. / Wang, L. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Kogan, S. / Baker, D. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Bjelic, S. / Kipnis, Y. / Wang, L. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Kogan, S. / Baker, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Engineered Protein OR422.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Bjelic, S. / Kipnis, Y. / Wang, L. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Kogan, S. / Baker, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2013年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Engineered Protein OR422
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,97512
ポリマ－30,1241
非ポリマー85211
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.125, 63.161, 86.436
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer,28.43 kD,98.9%

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要素

#1: タンパク質 Engineered Protein OR422


分子量: 30123.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / プラスミド: OR422-29.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q06121*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 4.6
詳細: 30% PEG 400, 0.1M cadmium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, Microbatch crystallization under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月6日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→43.22 Å / Num. all: 32780 / Num. obs: 32707 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 25.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.01437 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 5451 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
RAPDデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TC7

3tc7


解像度: 1.929→37.136 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1655 5.06 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.192 32699 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.577 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 138.7 Å2 / Biso mean: 32.227 Å2 / Biso min: 11.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.759 Å2-0 Å20 Å2
2---9.178 Å20 Å2
3---7.419 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.929→37.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1995 0 11 129 2135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2752728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.273790
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.929-1.9860.3171440.3132584272899
1.986-2.050.2791480.26725632711100
2.05-2.1240.2731260.23125932719100
2.124-2.2080.2521610.21825722733100
2.208-2.3090.2741350.20625862721100
2.309-2.4310.2411240.19226232747100
2.431-2.5830.2231170.18325952712100
2.583-2.7820.21590.18325572716100
2.782-3.0620.2251410.17425902731100
3.062-3.5050.2171300.17425952725100
3.505-4.4150.1891220.16326152737100
4.415-37.1430.1991480.18725712719100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.1412 Å / Origin y: 26.2346 Å / Origin z: 24.2183 Å
111213212223313233
T0.061 Å20.0005 Å20.0065 Å2-0.0687 Å20.0034 Å2--0.0628 Å2
L0.2129 °20.3875 °2-0.0953 °2-0.7978 °20.1716 °2--0.6468 °2
S-0.0284 Å °0.0195 Å °-0.0031 Å °0.0402 Å °0.0225 Å °0.0515 Å °0.061 Å °0.0217 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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