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- PDB-4lns: Crystal structure of Asparagine synthetase A (AsnA) from Trypanos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lns
タイトルCrystal structure of Asparagine synthetase A (AsnA) from Trypanosoma brucei
要素Asparagine synthetase a
キーワードLIGASE / Asparagine synthetase A
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate-ammonia ligase / aspartate-ammonia ligase activity / asparagine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aspartate--ammonia ligase / Aspartate-ammonia ligase / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Asparagine synthetase a, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Khan, S. / Madhubala, R. / Sharma, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Identification and functional characterization of a novel bacterial type asparagine synthetase A: a tRNA synthetase paralog from Leishmania donovani.
著者: Manhas, R. / Tripathi, P. / Khan, S. / Sethu Lakshmi, B. / Lal, S.K. / Gowri, V.S. / Sharma, A. / Madhubala, R.
履歴
登録2013年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asparagine synthetase a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6491
ポリマ－39,6491
非ポリマー00
水2,468137
1
A: Asparagine synthetase a

A: Asparagine synthetase a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2992
ポリマ－79,2992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area4130 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.550, 71.550, 268.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Asparagine synthetase a


分子量: 39649.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.7.1110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57WT9, aspartate-ammonia ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% w/v PEG 20000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03M of each NPS (sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulfate), 0.1M MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月7日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 21721 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→24.647 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8257 / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 1105 5.1 %Random
Rwork0.2012 ---
obs0.2033 21648 99.63 %-
all-22753 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.433 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 101.2 Å2 / Biso mean: 40.4514 Å2 / Biso min: 20.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9975 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.9975 Å2-0 Å2
3----5.995 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2382 0 0 137 2519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1693281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.185893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005418
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1997-2.29970.27711190.21762537100
2.2997-2.42090.28061220.21372499100
2.4209-2.57240.31371490.21552508100
2.5724-2.77080.27721490.20622510100
2.7708-3.04920.24091410.19922536100
3.0492-3.48930.2471420.18732573100
3.4893-4.39210.21521500.1834257699
4.3921-24.64820.22811330.2148280499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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