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- PDB-4lnq: Crystal structure of Ifi202 HINa domain in complex with 20bp dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lnq
タイトルCrystal structure of Ifi202 HINa domain in complex with 20bp dsDNA
要素
  • 20bp DNA
  • Interferon-activable protein 202
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / OB fold / DNA binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / cellular response to interferon-beta / negative regulation of innate immune response / activation of innate immune response / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein homooligomerization / double-stranded DNA binding / protein homotetramerization / molecular adaptor activity / inflammatory response ...negative regulation of AIM2 inflammasome complex assembly / cellular response to interferon-beta / negative regulation of innate immune response / activation of innate immune response / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein homooligomerization / double-stranded DNA binding / protein homotetramerization / molecular adaptor activity / inflammatory response / innate immune response / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Interferon-activable protein 202
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, H. / Wang, Z.-X. / Wu, J.-W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / : 2014
タイトル: Structural mechanism of DNA recognition by the p202 HINa domain: insights into the inhibition of Aim2-mediated inflammatory signalling.
著者: Li, H. / Wang, J. / Wang, J. / Cao, L.S. / Wang, Z.X. / Wu, J.W.
履歴
登録2013年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-activable protein 202
B: Interferon-activable protein 202
C: 20bp DNA
D: 20bp DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4644
ポリマ-57,4644
非ポリマー00
5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.353, 105.566, 65.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Interferon-activable protein 202 / Ifi-202 / Interferon-inducible protein p202 / Lupus susceptibility protein p202


分子量: 22599.061 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 53-245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ifi202, Ifi202a, Ifi202b / プラスミド: pETduet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: Q9R002
#2: DNA鎖 20bp DNA


分子量: 6132.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: dsDNA(5'-CCATCAAAGATCTTTGATGG-3')
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2M ammonium acetate, 10mM strontium chloride and 17% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月4日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 44832 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B6Y
解像度: 2→36.148 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 2253 5.04 %
Rwork0.1999 --
obs0.2016 44746 99.38 %
all-31663 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.39 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.3539 Å20 Å20 Å2
2--11.8543 Å2-0 Å2
3----4.5004 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.148 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3123 814 0 327 4264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1165675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0791605
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077627
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004579
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04570.31871360.25772502X-RAY DIFFRACTION95
2.0457-2.09330.26351490.24512634X-RAY DIFFRACTION100
2.0933-2.14570.30741380.22542626X-RAY DIFFRACTION100
2.1457-2.20370.2781360.22032616X-RAY DIFFRACTION100
2.2037-2.26850.29061280.21572659X-RAY DIFFRACTION100
2.2685-2.34170.29831260.21912648X-RAY DIFFRACTION100
2.3417-2.42540.3051470.22372627X-RAY DIFFRACTION100
2.4254-2.52250.23421400.20882660X-RAY DIFFRACTION100
2.5225-2.63720.26981520.20772632X-RAY DIFFRACTION100
2.6372-2.77620.27331370.21182633X-RAY DIFFRACTION100
2.7762-2.95010.2611450.21952692X-RAY DIFFRACTION100
2.9501-3.17780.24421510.22062658X-RAY DIFFRACTION100
3.1778-3.49730.2441440.20372652X-RAY DIFFRACTION99
3.4973-4.00280.22171500.19132702X-RAY DIFFRACTION100
4.0028-5.04090.16931460.15412738X-RAY DIFFRACTION100
5.0409-36.15340.18911280.18972814X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63322.7001-2.07858.2781-3.71937.5469-0.04210.2951-0.82770.15380.18590.31390.3936-1.3807-0.10040.2452-0.0861-0.04210.37350.02040.378424.5603119.1686-18.6104
23.74582.1629-1.47375.4419-1.89835.1533-0.33230.0538-0.5287-0.05010.0216-0.01380.5371-0.25680.18710.248-0.02670.08050.1318-0.06920.34629.5535110.6375-6.2881
34.09740.7559-0.18995.2206-0.57983.9295-0.14550.1593-0.5167-0.10740.017-0.24470.13220.29880.09280.1694-0.03350.07040.1173-0.03490.270435.0472115.7809-11.5178
43.7879-0.5762-2.19444.93861.44516.1951-0.08090.4626-0.7004-0.3750.13060.03140.5597-0.1067-0.02150.2585-0.05860.03240.1282-0.08290.365130.5407114.2366-16.1139
53.7729-3.6293-4.44555.57194.92147.4966-0.40770.4801-0.6463-0.49710.4726-0.7840.12030.8371-0.1820.2509-0.18090.24390.4723-0.14870.614747.9671120.4155-16.3576
67.4628-0.8634-5.79250.98480.47285.58870.2169-0.66240.79280.080.0406-0.3771-0.65620.6725-0.25880.3476-0.12830.00350.1571-0.04580.295234.7933130.27792.108
75.46761.7681-0.81673.45610.22944.36130.2263-0.6286-0.16030.5331-0.04940.0757-0.22970.1124-0.16050.22090.02490.04990.17470.01960.204822.3362120.919910.0923
84.99411.78181.44282.12952.83664.93870.1546-0.5984-0.54870.39280.0147-0.37550.29650.2183-0.11320.18830.00150.00290.18520.07750.179224.4323116.791711.3442
97.14020.19911.01456.35120.44016.8151-0.0347-0.2564-0.00060.15670.1070.2365-0.3062-0.1572-0.09060.1619-0.02310.05920.11710.03450.150822.5028120.97624.4305
107.02570.5753-0.0154.7591.86576.7451-0.1175-1.1580.13840.6280.21070.2214-0.0887-0.67780.0010.28310.12710.07130.38530.06610.2957-24.2477120.878344.7245
111.8425-2.89980.55856.42750.07377.08110.0161-0.2088-0.90280.02190.0754-0.48011.11150.5608-0.26650.3540.09530.05280.20040.11250.5346-13.8101107.502433.1024
126.5671-2.0689-1.7793.27740.56324.75030.0231-0.4836-0.57340.11460.21160.38750.048-0.7008-0.1250.19740.03670.06940.34690.11830.2806-26.2163116.292238.9375
135.14990.2388-1.41642.2573-0.5162.39240.0007-1.1164-0.40780.54030.26880.3524-0.1525-0.351-0.07040.25980.08960.06880.5170.0710.2536-25.8967118.659245.107
143.15770.0593-1.60181.7911-0.56983.7389-0.1315-0.07430.30430.32220.22970.4206-0.3311-0.5425-0.26670.24060.1150.05510.1924-0.01530.2697-25.3202130.328125.8082
154.3242-2.4474-0.40013.73190.05872.29190.1860.5251-0.2417-0.616-0.062-0.1217-0.11890.0003-0.09330.2253-0.01630.03110.1318-0.08330.2496-13.2864122.521917.3761
166.7332-1.51671.55195.65132.69522.10260.54490.8631-1.629-0.41370.1812-0.47780.51610.667-0.70190.4473-0.00650.01430.3298-0.18060.7382-14.0772111.44516.0317
176.0844-0.26330.92314.8381-0.486.1927-0.03670.03180.0215-0.45040.0369-0.0437-0.07170.09070.04430.13930.02790.0660.0006-0.05850.1785-13.7839120.492322.6957
180.2969-0.0038-0.15890.1517-0.05691.12950.2802-0.13850.2028-0.02960.08630.01990.0608-0.13750.58520.16270.05220.06590.4958-0.1836-0.04524.9485122.584814.3971
190.2391-0.01750.01370.17810.09320.04750.10250.13190.2163-0.03430.14840.03090.05890.11730.09310.2257-0.03830.01920.48950.07420.10944.6191122.427213.9915
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 49:61)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 62:82)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 83:121)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 122:135)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 136:145)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 146:163)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 164:191)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 192:214)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 215:243)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 54:69)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 70:82)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 83:116)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 117:145)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 146:163)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 164:201)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 202:214)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resseq 215:245)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 1:20)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resseq 1:20)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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