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- PDB-4lnp: The first SH3 domain from CAP/Ponsin in complex with proline rich... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lnp
タイトルThe first SH3 domain from CAP/Ponsin in complex with proline rich peptide from Vinculin
要素
  • Sorbin and SH3 domain-containing protein 1
  • Vinculin
キーワードSIGNALING PROTEIN / sh3 domain / cell migration / proline rich peptide / focal adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to adherens junction / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding ...regulation of protein localization to adherens junction / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding / flotillin complex / fascia adherens / cell-cell contact zone / adherens junction assembly / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / focal adhesion assembly / axon extension / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / maintenance of blood-brain barrier / cell-substrate adhesion / stress fiber assembly / brush border / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of lipid biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / stress fiber / cytoskeletal protein binding / negative regulation of cell migration / cell-matrix adhesion / cell projection / morphogenesis of an epithelium / positive regulation of glucose import / positive regulation of protein localization to plasma membrane / adherens junction / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / insulin receptor binding / MAP2K and MAPK activation / sarcolemma / beta-catenin binding / nuclear matrix / platelet aggregation / specific granule lumen / cellular response to insulin stimulus / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / extracellular vesicle / cell-cell junction / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / signaling receptor complex adaptor activity / Platelet degranulation / insulin receptor signaling pathway / actin binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / molecular adaptor activity / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / membrane raft / focal adhesion / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
c-Cbl associated protein, SH3 domain / c-Cbl associated protein, SH3 domain 1 / c-Cbl associated protein, SH3 domain 2 / SoHo domain / Sorbin homologous domain / SoHo domain profile. / Sorbin homologous domain / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Vinculin, conserved site ...c-Cbl associated protein, SH3 domain / c-Cbl associated protein, SH3 domain 1 / c-Cbl associated protein, SH3 domain 2 / SoHo domain / Sorbin homologous domain / SoHo domain profile. / Sorbin homologous domain / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vinculin / Sorbin and SH3 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Zhao, D. / Li, F. / Wu, J. / Shi, Y. / Zhang, Z. / Gong, Q.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural investigation of the interaction between the tandem SH3 domains of c-Cbl-associated protein and vinculin
著者: Zhao, D. / Wang, X. / Peng, J. / Wang, C. / Li, F. / Sun, Q. / Zhang, Y. / Zhang, J. / Cai, G. / Zuo, X. / Wu, J. / Shi, Y. / Zhang, Z. / Gong, Q.
履歴
登録2013年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Derived calculations
改定 1.22014年12月10日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorbin and SH3 domain-containing protein 1
B: Vinculin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3412
ポリマ－8,3412
非ポリマー00
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.480, 49.850, 58.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sorbin and SH3 domain-containing protein 1 / Ponsin / SH3 domain protein 5 / SH3P12 / c-Cbl-associated protein / CAP


分子量: 7257.308 Da / 分子数: 1
断片: protein-protein binding domain, UNP residues 794-854
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0894, KIAA1296, SH3D5, SORBS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BX66
#2: タンパク質・ペプチド Vinculin / Metavinculin / MV


分子量: 1083.257 Da / 分子数: 1 / 断片: proline rich peptide, UNP residues 870-879 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18206
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 / 詳細: pH 8.0, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.41→38.06 Å / Num. all: 14294 / Num. obs: 13539

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.41→38.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.613 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19361 711 5 %RANDOM
Rwork0.13669 ---
obs0.13954 13539 98.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.041 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0 Å2
2---0.17 Å2-0 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→38.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数587 0 0 83 670
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.019661
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3942.002907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04931493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.891581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.16423.14335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.61715114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.52157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02149
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8410.986298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8180.979296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1461.476372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1541.48373
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.51.297363
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.4211.282359
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5131.83528
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.1569.728743
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.8498.972706
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.76331301
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free41.807518
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.39951340
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.447 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 40 -
Rwork0.2 892 -
obs--85.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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