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- PDB-4lnc: Neutron structure of the cyclic glucose bound Xylose Isomerase E1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lnc
タイトルNeutron structure of the cyclic glucose bound Xylose Isomerase E186Q mutant
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / MUTANT ENZYME / METALLOENZYME / TWO METAL BINDING SITES
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / alpha-D-glucopyranose / : / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Munshi, P. / Meilleur, F. / Myles, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Neutron structure of the cyclic glucose-bound xylose isomerase E186Q mutant.
著者: Munshi, P. / Snell, E.H. / van der Woerd, M.J. / Judge, R.A. / Myles, D.A. / Ren, Z. / Meilleur, F.
履歴
登録2013年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: diffrn / diffrn_detector ...diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / exptl / exptl_crystal / exptl_crystal_grow
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5105
ポリマ－43,1951
非ポリマー3144
水5,206289
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,03820
ポリマ－172,7814
非ポリマー1,25716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area31430 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area45580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.970, 99.520, 102.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-722-

DOD

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 43195.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
遺伝子: xylA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化温度: 295 K / pH: 7.7
詳細: Large crystals were grown in 1.5 ml Eppendorf tubes with 15% ammonium sulfate, 72 mg/ml D-xylose isomerase at ph 7.7, Batch method, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: ILL / ビームライン: H142 / 波長: 3.6-5.0 / 波長: 3.6-5.0
検出器タイプ: EMBL PROTOTYPE LADI-I / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月4日 / 詳細: Ni/Ti MULTILAYER
放射モノクロメーター: Ni/Ti MULTILAYER / プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
13.61
251
反射

Entry-ID: 4LNC

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsRsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.17-41.123649936.60.2760.276111.7
1.83-253531783.22.40.1730.17324.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.17-2.292.50.2143.50.214166.7
1.83-1.922.10.243.40.24264.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Quasi-LaueDiffractometerデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
LAUEGENデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDBiso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)Num. reflection Rworkσ(F)
2.19-41.1NEUTRON DIFFRACTION0.3220.2840.2882357236289.9893.11
1.84-14.54X-RAY DIFFRACTION0.2090.150.15635183515910.0183.2261.4522.68267.85316411.35
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→41.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3027 0 15 289 3331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0227253
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d2.13612339
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2471871
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.156440
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.22960.4403530.382532NEUTRON DIFFRACTION40
2.2296-2.2780.41131240.39611054NEUTRON DIFFRACTION81
2.278-2.3310.38111380.36771189NEUTRON DIFFRACTION90
2.331-2.38930.38571340.35211256NEUTRON DIFFRACTION93
2.3893-2.45390.3771310.33971274NEUTRON DIFFRACTION96
2.4539-2.52610.38061470.34171289NEUTRON DIFFRACTION97
2.5261-2.60760.37991500.3291289NEUTRON DIFFRACTION98
2.6076-2.70080.32891320.3141318NEUTRON DIFFRACTION98
2.7008-2.80890.34161600.30541292NEUTRON DIFFRACTION98
2.8089-2.93670.32561440.30231343NEUTRON DIFFRACTION98
2.9367-3.09150.32621540.27811302NEUTRON DIFFRACTION99
3.0915-3.28510.30041420.26491340NEUTRON DIFFRACTION99
3.2851-3.53870.29461490.23781319NEUTRON DIFFRACTION99
3.5387-3.89450.27431480.21091336NEUTRON DIFFRACTION98
3.8945-4.45750.19011480.17651357NEUTRON DIFFRACTION99
4.4575-5.61370.23341440.17631359NEUTRON DIFFRACTION99
5.6137-41.11260.21931590.16881422NEUTRON DIFFRACTION98
1.8372-1.86230.2532780.1735604X-RAY DIFFRACTION41
1.8623-1.88890.26491500.18251291X-RAY DIFFRACTION87
1.8889-1.9170.24141450.17371362X-RAY DIFFRACTION90
1.917-1.94690.23991640.15941375X-RAY DIFFRACTION91
1.9469-1.97870.25211450.16191335X-RAY DIFFRACTION90
1.9787-2.01280.23921430.15951345X-RAY DIFFRACTION90
2.0128-2.04930.21811440.14931360X-RAY DIFFRACTION89
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2.2832-2.34470.21361500.1581288X-RAY DIFFRACTION87
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2.6822-2.80340.23481440.16441250X-RAY DIFFRACTION84
2.8034-2.95010.21341430.17221301X-RAY DIFFRACTION84
2.9501-3.13320.23951360.17241255X-RAY DIFFRACTION83
3.1332-3.37230.22661430.15391251X-RAY DIFFRACTION82
3.3723-3.70660.18561440.13551245X-RAY DIFFRACTION81
3.7066-4.23130.13061310.11391227X-RAY DIFFRACTION79
4.2313-5.28810.16151330.10761207X-RAY DIFFRACTION77
5.2881-14.54540.18841130.16561059X-RAY DIFFRACTION65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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