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万見
- PDB-4lmz: Structural insight into RNA recognition by RRM1+2 domain of human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lmz
タイトルStructural insight into RNA recognition by RRM1+2 domain of human ETR-3 protein
要素
  • CUGBP Elav-like family member 2
  • RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*GP*UP*AP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CELF family / ETR-3 / GRE / RNA recognition motif / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA splice site recognition / pre-mRNA binding / Flemming body / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of heart contraction / RNA processing / mRNA 3'-UTR binding / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / RNA binding ...mRNA splice site recognition / pre-mRNA binding / Flemming body / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of heart contraction / RNA processing / mRNA 3'-UTR binding / ribonucleoprotein complex / intracellular membrane-bounded organelle / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CELF1/2, RNA recognition motif 2 / CELF1/2, RNA recognition motif 3 / CELF1/2, RNA recognition motif 1 / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...CELF1/2, RNA recognition motif 2 / CELF1/2, RNA recognition motif 3 / CELF1/2, RNA recognition motif 1 / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / CUGBP Elav-like family member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Bhatt, H. / Manickam, Y. / Bhavesh, N.S.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: sequence specific RNA recognition of ETR3 RRM 1-2 domains
著者: Bhatt, H. / Manickam, Y. / Bhavesh, N.S.
履歴
登録2013年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*GP*UP*AP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*G)-3')
A: CUGBP Elav-like family member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9772
ポリマ－24,9772
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.006, 70.134, 133.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*CP*GP*UP*AP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*G)-3')


分子量: 4763.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: this sequence occurs naturally in humans
#2: タンパク質 CUGBP Elav-like family member 2 / CELF-2 / Bruno-like protein 3 / CUG triplet repeat RNA-binding protein 2 / CUG-BP2 / CUG-BP- and ...CELF-2 / Bruno-like protein 3 / CUG triplet repeat RNA-binding protein 2 / CUG-BP2 / CUG-BP- and ETR-3-like factor 2 / ELAV-type RNA-binding protein 3 / ETR-3 / Neuroblastoma apoptosis-related RNA-binding protein / hNAPOR / RNA-binding protein BRUNOL-3


分子量: 20213.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CELF2, BRUNOL3, CUGBP2, ETR3, NAPOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95319

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M NaCl, Tris-HCl, 35% (v/v) 2-methyl 2,4-pentandiol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月22日 / 詳細: VariMax HR optics
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→44.322 Å / Num. all: 5715 / Num. obs: 5715 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.78→2.85 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CCP4モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NMR

3nmr


解像度: 2.78→44.322 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2925 552 9.66 %Ramdom
Rwork0.2441 ---
obs0.2486 5715 99.83 %-
all-5715 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→44.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1345 103 0 0 1448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8742054
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.715576
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7975-3.0790.37691350.31911251X-RAY DIFFRACTION100
3.079-3.52440.30171320.27741274X-RAY DIFFRACTION100
3.5244-4.43970.2541410.23051283X-RAY DIFFRACTION100
4.4397-44.32730.29511440.22181355X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.6171 Å / Origin y: 12.5047 Å / Origin z: -8.0639 Å
111213212223313233
T0.2933 Å20.0599 Å2-0.0871 Å2-0.3086 Å20.0214 Å2--0.2766 Å2
L-0.1506 °2-0.2958 °20.8602 °2--0.0366 °2-0.6195 °2--1.1575 °2
S-0.0689 Å °-0.0777 Å °0.108 Å °-0.052 Å °0.0574 Å °0.0871 Å °-0.7118 Å °-0.4594 Å °0.0321 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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