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- PDB-4lmy: Structure of GAS PerR-Zn-Zn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lmy
タイトルStructure of GAS PerR-Zn-Zn
要素Peroxide stress regulator PerR, FUR family
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription Factor / Zinc Binding
機能・相同性Ferric-uptake regulator, C-terminal dimerisarion domain / Dna Ligase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lin, C.S. / Chao, S.Y. / Nix, J.C. / Tseng, H.L. / Tsou, C.C. / Fei, C.H. / Ciou, H.S. / Jeng, U.S. / Lin, Y.S. / Chuang, W.J. ...Lin, C.S. / Chao, S.Y. / Nix, J.C. / Tseng, H.L. / Tsou, C.C. / Fei, C.H. / Ciou, H.S. / Jeng, U.S. / Lin, Y.S. / Chuang, W.J. / Wu, J.J. / Wang, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Distinct structural features of the peroxide response regulator from group a streptococcus drive DNA binding
著者: Lin, C.S. / Chao, S.Y. / Hammel, M. / Nix, J.C. / Tseng, H.L. / Tsou, C.C. / Fei, C.H. / Chiou, H.S. / Jeng, U.S. / Lin, Y.S. / Chuang, W.J. / Wu, J.J. / Wang, S.
履歴
登録2013年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxide stress regulator PerR, FUR family
B: Peroxide stress regulator PerR, FUR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0606
ポリマ－37,7992
非ポリマー2624
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.109, 87.496, 59.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxide stress regulator PerR, FUR family


分子量: 18899.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
株: NS88.2 / 遺伝子: spf / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H8F5Y5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 0.1M Tris, 0.25M magnesium chloride, 27% PEG 4000, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSRRC BL13B111
シンクロトロンALS 4.2.221.28276, 1.28296, 1.2570
検出器
タイプID検出器日付
NOIR-11CCD2009年7月26日
ADSC QUANTUM 3152CCD2009年5月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITEMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.282761
31.282961
41.2571
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 54532 / Num. obs: 51675 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 23.66 Å2
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique all: 4294 / % possible all: 79.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→21.169 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8339 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.22 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2389 2180 5.02 %RANDOM
Rwork0.2204 ---
all0.2213 44425 --
obs0.2213 43404 97.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.1 Å2 / Biso mean: 32.4891 Å2 / Biso min: 14.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→21.169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2459 0 4 185 2648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7893400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.809933
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.63480.31911540.28922600275499
1.6348-1.67280.29631580.273226222780100
1.6728-1.71460.2991350.25525932728100
1.7146-1.76090.30011300.261526432773100
1.7609-1.81270.27551440.245626162760100
1.8127-1.87120.24921430.23426052748100
1.8712-1.9380.24861450.227226342779100
1.938-2.01560.27961490.231625782727100
2.0156-2.10720.22921250.220626612786100
2.1072-2.21820.27321290.212726372766100
2.2182-2.3570.24951400.2326492789100
2.357-2.53870.21371550.218126062761100
2.5387-2.79370.24871210.21732628274999
2.7937-3.19680.21811340.22442579271398
3.1968-4.02310.21941010.21672372247388
4.0231-21.17130.22291170.19542201231882

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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