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- PDB-4lms: Light harvesting complex PC645 from the cryptophyte Chroomonas sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lms
タイトルLight harvesting complex PC645 from the cryptophyte Chroomonas sp. CCMP270
要素
  • (cryptophyte phycocyanin (alpha- ...) x 2
  • cryptophyte phycocyanin (beta chain)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / thylakoid lumen
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Cryptophytan Phycoerythrin (Alpha-1 Chain); Chain A / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin-like alpha chain superfamily / Phycoerythrin, alpha/beta chain / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit ...Cryptophytan Phycoerythrin (Alpha-1 Chain); Chain A / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin-like alpha chain superfamily / Phycoerythrin, alpha/beta chain / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Globin-like / Globin-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN / mesobiliverdin IX(alpha) / Phycocyanin PC645 alpha-1 subunit / Phycocyanin PC645 beta subunit / Phycocyanin PC645 alpha-2 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Chroomonas sp. (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Harrop, S.J. / Wilk, K.E. / Curmi, P.M.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Single-residue insertion switches the quaternary structure and exciton states of cryptophyte light-harvesting proteins.
著者: Harrop, S.J. / Wilk, K.E. / Dinshaw, R. / Collini, E. / Mirkovic, T. / Teng, C.Y. / Oblinsky, D.G. / Green, B.R. / Hoef-Emden, K. / Hiller, R.G. / Scholes, G.D. / Curmi, P.M.
履歴
登録2013年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cryptophyte phycocyanin (alpha-1 chain)
B: cryptophyte phycocyanin (beta chain)
C: cryptophyte phycocyanin (alpha-2 chain)
D: cryptophyte phycocyanin (beta chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,31814
ポリマ－53,0564
非ポリマー5,26210
水13,763764
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22300 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.958, 93.824, 121.908
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Cryptophyte phycocyanin (alpha- ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 cryptophyte phycocyanin (alpha-1 chain)


分子量: 8733.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas sp. (真核生物) / 株: CCMP270 / 参照: UniProt: U5T880*PLUS
#3: タンパク質 cryptophyte phycocyanin (alpha-2 chain)


分子量: 7558.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas sp. (真核生物) / 株: CCMP270 / 参照: UniProt: U5T8W5*PLUS

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タンパク質 , 1種, 2分子 BD

#2: タンパク質 cryptophyte phycocyanin (beta chain)


分子量: 18381.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas sp. (真核生物) / 株: CCMP270 / 参照: UniProt: U5T8F2*PLUS

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非ポリマー , 5種, 774分子

#4: 化合物 ChemComp-M1V / mesobiliverdin IX(alpha) / メソビリベルジン


分子量: 586.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H38N4O6
#5: 化合物 ChemComp-DBV / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6
#6: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#7: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG4000, 20% isopropanol, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.821 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.821 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→17.8 Å / Num. all: 113946 / Num. obs: 109920 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 74.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_833)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QGW

1qgw


解像度: 1.35→17.038 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 位相誤差: 17.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 5518 5.02 %RANDOM
Rwork0.1431 ---
obs0.145 109917 96.53 %-
all-109917 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.015 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.475 Å20 Å2-0 Å2
2--1.9232 Å20 Å2
3----3.3982 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→17.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3460 0 382 764 4606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013909
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3335285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2891423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.36530.30581260.27672561X-RAY DIFFRACTION71
1.3653-1.38140.32861630.24792701X-RAY DIFFRACTION77
1.3814-1.39820.26071370.23272855X-RAY DIFFRACTION80
1.3982-1.41590.28991700.21953036X-RAY DIFFRACTION86
1.4159-1.43450.24151730.2083240X-RAY DIFFRACTION91
1.4345-1.45420.25061650.19393429X-RAY DIFFRACTION95
1.4542-1.4750.2321870.17613486X-RAY DIFFRACTION99
1.475-1.4970.22452150.16393559X-RAY DIFFRACTION99
1.497-1.52030.20551960.15013516X-RAY DIFFRACTION100
1.5203-1.54520.19851780.1423603X-RAY DIFFRACTION100
1.5452-1.57190.17551820.13853541X-RAY DIFFRACTION100
1.5719-1.60040.18441880.14323593X-RAY DIFFRACTION100
1.6004-1.63120.20621930.1343549X-RAY DIFFRACTION100
1.6312-1.66450.18612120.13553605X-RAY DIFFRACTION100
1.6645-1.70060.18971800.13033541X-RAY DIFFRACTION100
1.7006-1.74010.17991780.13063623X-RAY DIFFRACTION100
1.7401-1.78360.22021870.12963585X-RAY DIFFRACTION100
1.7836-1.83180.18182090.12663547X-RAY DIFFRACTION100
1.8318-1.88560.17221870.12743615X-RAY DIFFRACTION100
1.8856-1.94640.18151780.12873615X-RAY DIFFRACTION100
1.9464-2.01590.16061770.13173585X-RAY DIFFRACTION100
2.0159-2.09640.18021850.12723647X-RAY DIFFRACTION100
2.0964-2.19170.15162100.1193592X-RAY DIFFRACTION100
2.1917-2.30690.15061880.1183605X-RAY DIFFRACTION100
2.3069-2.45110.15831920.12043635X-RAY DIFFRACTION100
2.4511-2.63970.1661800.13443672X-RAY DIFFRACTION100
2.6397-2.90420.18171940.14363659X-RAY DIFFRACTION100
2.9042-3.32170.17511920.15023664X-RAY DIFFRACTION100
3.3217-4.17480.17822270.14283697X-RAY DIFFRACTION100
4.1748-17.03950.17021690.15883843X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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