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- PDB-4lmh: Crystal structure of the outer membrane decaheme cytochrome OmcA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lmh
タイトルCrystal structure of the outer membrane decaheme cytochrome OmcA
要素Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component OmcA
キーワードELECTRON TRANSPORT / Greek key beta barrel / Electron transport c-type cytochrome / Outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to iron ion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / OmcA-like N-terminal domain / Decahaem cytochrome, c-type, OmcA/MtrC / : / Outer membrane cytochrome MtrC/MtrF-like, domains II/IV / Multiheme cytochrome superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Extracelllular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component OmcA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Edwards, M.J. / Baiden, N. / Clarke, T.A.
引用ジャーナル: FEBS Letters / 年: 2014
タイトル: Insights into electron transfer at the microbe-mineral interface: the X-ray crystal structures of Shewanella oneidensis MtrC and OmcA
著者: Edwards, M.J. / Baiden, N. / Clarke, T.A. / Richardson, D.J.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component OmcA
B: Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component OmcA
C: Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component OmcA
D: Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component OmcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,07668
ポリマ－325,7654
非ポリマー26,31164
水31,4901748
1
A: Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component OmcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,01917
ポリマ－81,4411
非ポリマー6,57816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component OmcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,01917
ポリマ－81,4411
非ポリマー6,57816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component OmcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,01917
ポリマ－81,4411
非ポリマー6,57816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component OmcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,01917
ポリマ－81,4411
非ポリマー6,57816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.640, 245.380, 135.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component OmcA


分子量: 81441.352 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 28-735 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: omcA, SO_1779 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EG33
#2: 化合物...
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1748 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.76 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bis TRIS Propane, 0.1 M MgCl2, 15% PEG 20000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→58.14 Å / Num. all: 161304 / Num. obs: 161304 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 36.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 11901 / Rsym value: 0.377 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→50.97 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 8080 5.01 %Random
Rwork0.1929 ---
obs0.1948 161229 98.43 %-
all-161229 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.125 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6317 Å2-0 Å20.4906 Å2
2--0.2512 Å20 Å2
3---0.3805 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20903 0 1792 1748 24443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01323618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88932494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5857889
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034070
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.73070.40722590.31445183X-RAY DIFFRACTION99
2.7307-2.76280.34342680.28785002X-RAY DIFFRACTION98
2.7628-2.79650.34282530.27835156X-RAY DIFFRACTION99
2.7965-2.83190.32652480.26595203X-RAY DIFFRACTION100
2.8319-2.86920.29372770.24985113X-RAY DIFFRACTION99
2.8692-2.90850.29222570.25065164X-RAY DIFFRACTION99
2.9085-2.950.27062640.24675157X-RAY DIFFRACTION99
2.95-2.99410.28752910.24185066X-RAY DIFFRACTION99
2.9941-3.04080.29892730.22625129X-RAY DIFFRACTION100
3.0408-3.09070.27313000.22945186X-RAY DIFFRACTION100
3.0907-3.1440.2682650.21495129X-RAY DIFFRACTION99
3.144-3.20110.24722430.21485173X-RAY DIFFRACTION99
3.2011-3.26270.26382460.21475117X-RAY DIFFRACTION99
3.2627-3.32930.26512850.21565091X-RAY DIFFRACTION98
3.3293-3.40170.25132700.20075029X-RAY DIFFRACTION97
3.4017-3.48080.23862950.19735082X-RAY DIFFRACTION99
3.4808-3.56780.24012790.20515167X-RAY DIFFRACTION99
3.5678-3.66420.24132720.20265026X-RAY DIFFRACTION98
3.6642-3.7720.23282630.19625065X-RAY DIFFRACTION98
3.772-3.89370.22532630.1915136X-RAY DIFFRACTION99
3.8937-4.03280.22692910.18185105X-RAY DIFFRACTION99
4.0328-4.19420.21062790.16325073X-RAY DIFFRACTION98
4.1942-4.3850.19692640.15415033X-RAY DIFFRACTION96
4.385-4.61610.17472520.1445082X-RAY DIFFRACTION98
4.6161-4.90510.1692690.14485087X-RAY DIFFRACTION98
4.9051-5.28340.17992710.14445086X-RAY DIFFRACTION98
5.2834-5.81450.18452630.16175139X-RAY DIFFRACTION98
5.8145-6.65420.20242620.17725083X-RAY DIFFRACTION97
6.6542-8.37760.18223070.16115016X-RAY DIFFRACTION97
8.3776-50.97910.16782510.16565071X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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