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万見
- PDB-4lmg: Crystal structure of AFT2 in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lmg
タイトルCrystal structure of AFT2 in complex with DNA
要素
  • 5'-D(*AP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*T)-3'
  • Iron-regulated transcriptional activator AFT2
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR/DNA / WRKY-GCM1 / TRANSCRIPTION FACTOR / DNA BINDING / IRON BINDING / TRANSCRIPTION ACTIVATOR-DNA COMPLEX / WRKY-GCM1 fold
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of phosphate transmembrane transport / cardiolipin metabolic process / cellular response to selenite ion / iron-sulfur cluster binding / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / intracellular iron ion homeostasis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...: / regulation of phosphate transmembrane transport / cardiolipin metabolic process / cellular response to selenite ion / iron-sulfur cluster binding / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / intracellular iron ion homeostasis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleus
類似検索 - 分子機能
Iron-regulated transcriptional activator AFT / Transcription factor AFT
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Iron-regulated transcriptional activator AFT2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Poor, C.B. / Sanishvili, R. / Schuermann, J.P. / He, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Molecular mechanism and structure of the Saccharomyces cerevisiae iron regulator Aft2.
著者: Poor, C.B. / Wegner, S.V. / Li, H. / Dlouhy, A.C. / Schuermann, J.P. / Sanishvili, R. / Hinshaw, J.R. / Riggs-Gelasco, P.J. / Outten, C.E. / He, C.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-regulated transcriptional activator AFT2
B: Iron-regulated transcriptional activator AFT2
C: Iron-regulated transcriptional activator AFT2
D: Iron-regulated transcriptional activator AFT2
E: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*T)-3'
G: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*T)-3'
H: 5'-D(*AP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,40514
ポリマ－89,0138
非ポリマー3926
水4,558253
1
A: Iron-regulated transcriptional activator AFT2
D: Iron-regulated transcriptional activator AFT2
G: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*T)-3'
H: 5'-D(*AP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7037
ポリマ－44,5064
非ポリマー1963
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
2
B: Iron-regulated transcriptional activator AFT2
C: Iron-regulated transcriptional activator AFT2
E: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7037
ポリマ－44,5064
非ポリマー1963
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area18120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.536, 127.453, 70.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Iron-regulated transcriptional activator AFT2 / Activator of iron transcription protein 2


分子量: 18282.133 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 38-193 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 遺伝子: AFT2, YPL202C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08957
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*T)-3'


分子量: 4006.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PROMOTER REGION FRAGMENT
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*T)-3'


分子量: 3935.587 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PROMOTER REGION FRAGMENT
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 23% PEG2000 MME, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M BIS-TRIS, PH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.28162 / 波長: 1.28162 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月7日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28162 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.931 Å / Num. obs: 36252 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIXモデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.93 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.19 / 位相誤差: 26.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1953 5.39 %random
Rwork0.189 ---
obs0.192 36218 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.91 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.2617 Å2-0 Å2-0.4644 Å2
2---9.5208 Å20 Å2
3---16.7825 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4053 1036 6 253 5348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6827397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1462090
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002757
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2550.29221320.25252273X-RAY DIFFRACTION93
2.255-2.31590.28941330.22712374X-RAY DIFFRACTION93
2.3159-2.38390.28431340.2222366X-RAY DIFFRACTION95
2.3839-2.46070.27261370.21312408X-RAY DIFFRACTION95
2.4607-2.54850.28031370.22292387X-RAY DIFFRACTION95
2.5485-2.65030.35121420.23992448X-RAY DIFFRACTION97
2.6503-2.77060.31011410.24012447X-RAY DIFFRACTION98
2.7706-2.91630.28441410.2162497X-RAY DIFFRACTION98
2.9163-3.09840.2491400.21762460X-RAY DIFFRACTION99
3.0984-3.33660.25061400.19242487X-RAY DIFFRACTION99
3.3366-3.67040.21851390.16742500X-RAY DIFFRACTION99
3.6704-4.19720.20541460.16532546X-RAY DIFFRACTION100
4.1972-5.27180.16741470.14232518X-RAY DIFFRACTION100
5.2718-19.93170.20531440.17832554X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21-0.530.26252.45680.29581.87090.02320.0891-0.01140.03940.0376-0.05040.1761-0.1218-0.06810.1329-0.00550.00760.16720.05950.2635.234463.968328.3803
21.92390.5205-0.09793.9881-1.52860.7494-0.1283-0.03590.04060.17480.10710.12250.1176-0.03050.01040.16530.02510.00080.1765-0.11240.15985.435842.72670.5992
31.8333-0.6679-0.27872.80550.06381.2285-0.0307-0.02250.1987-0.1010.1417-0.1418-0.0971-0.07-0.10550.142-0.011-0.01010.1466-0.00770.168714.544981.8376.5225
42.00280.5663-0.42752.3873-0.10470.5927-0.18830.00040.1433-0.0750.1027-0.0548-0.1462-0.02080.07350.1647-0.0045-0.01210.1323-0.04920.10426.1685102.965534.7086
54.0421.48980.13681.4080.3464-0.0289-0.54520.6039-0.1585-0.09530.3509-0.12660.00450.08430.12830.1702-0.00580.00930.2766-0.08620.240917.76363.3666-0.3642
63.8972-1.4198-0.44331.47390.34320.2093-0.5562-0.3323-0.29260.03750.28610.11410.1572-0.0940.16160.0731-0.02140.03210.162-0.00470.170323.682182.620435.452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E and chain F
6X-RAY DIFFRACTION6chain G and chain H

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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