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- PDB-4lmf: C1s CUB1-EGF-CUB2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lmf
タイトルC1s CUB1-EGF-CUB2
要素Complement C1s subcomponent heavy chain
キーワードHYDROLASE / CUB domain / EGF-like domain / Complement C1s
機能・相同性
機能・相同性情報


complement subcomponent C_overbar_1s_ / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / blood microparticle / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis ...complement subcomponent C_overbar_1s_ / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / blood microparticle / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Spermadhesin, CUB domain / Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain ...Spermadhesin, CUB domain / Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Jelly Rolls / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C1s subcomponent
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.921 Å
データ登録者Wallis, R. / Venkatraman Girija, U. / Moody, P.C.E. / Marshall, J.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis of the C1q/C1s interaction and its central role in assembly of the C1 complex of complement activation.
著者: Venkatraman Girija, U. / Gingras, A.R. / Marshall, J.E. / Panchal, R. / Sheikh, M.A. / Gal, P. / Schwaeble, W.J. / Mitchell, D.A. / Moody, P.C. / Wallis, R.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22013年9月4日Group: Database references
改定 1.32013年10月23日Group: Database references
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C1s subcomponent heavy chain
B: Complement C1s subcomponent heavy chain
C: Complement C1s subcomponent heavy chain
D: Complement C1s subcomponent heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,03520
ポリマ－124,4624
非ポリマー57316
水00
1
A: Complement C1s subcomponent heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2595
ポリマ－31,1151
非ポリマー1434
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Complement C1s subcomponent heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2595
ポリマ－31,1151
非ポリマー1434
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Complement C1s subcomponent heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2595
ポリマ－31,1151
非ポリマー1434
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Complement C1s subcomponent heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2595
ポリマ－31,1151
非ポリマー1434
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Complement C1s subcomponent heavy chain
ヘテロ分子

D: Complement C1s subcomponent heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,51710
ポリマ－62,2312
非ポリマー2868
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area28920 Å2
手法PISA
6
B: Complement C1s subcomponent heavy chain
C: Complement C1s subcomponent heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,51710
ポリマ－62,2312
非ポリマー2868
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area28780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.876, 71.668, 157.723
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain D) / NCSドメイン領域: (Selection details: chain 'D')

-
要素

#1: タンパク質
Complement C1s subcomponent heavy chain / C1 esterase / Complement component 1 subcomponent s


分子量: 31115.492 Da / 分子数: 4 / 断片: CUB1-EGF-CUB2 fragment (unp residues 17-292) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1S
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P09871, complement subcomponent C_overbar_1s_
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→67.51 Å / Num. all: 32700 / Num. obs: 32566 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / Biso Wilson estimate: 55.15 Å2
反射 シェル解像度: 2.92→3 Å / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.921→67.51 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7744 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2521 1652 5.08 %
Rwork0.2083 --
obs0.2106 32535 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.86 Å2 / Biso mean: 46.501 Å2 / Biso min: 2.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.921→67.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8752 0 16 0 8768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77312240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.313268
Refine LS restraints NCS数: 5325 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 9.245 Å
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9205-3.00650.35881260.32662373249991
3.0065-3.10350.33181370.29492539267698
3.1035-3.21440.37511320.27142569270199
3.2144-3.34310.27871460.25162553269999
3.3431-3.49530.26171410.23132570271199
3.4953-3.67950.27051460.21212597274399
3.6795-3.910.27681320.21452581271399
3.91-4.21190.27191490.193526022751100
4.2119-4.63570.20491450.16682576272199
4.6357-5.30620.19051310.15872627275899
5.3062-6.68440.22111290.19662638276799
6.6844-67.530.2181380.19342658279698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2433-0.12370.08110.3287-0.19420.26120.08610.20620.044-0.19940.0531-0.0376-0.0750.10210.42580.0855-0.10340.09490.1457-0.0015-0.0315-19.800115.0363-82.1177
20.02-0.01880.02970.1562-0.06390.0531-0.0350.0380.01480.07870.0363-0.083-0.00690.01540.00050.1135-0.08390.00150.2583-0.10570.1101-3.212518.1998-48.635
30.10820.03080.01120.08340.05540.0821-0.08210.0015-0.0073-0.0625-0.00950.04460.0007-0.0418-0.26690.04660.01620.0226-0.065-0.11830.002421.712822.1206-33.1896
40.02820.0406-0.00360.0721-0.00030.0011-0.04070.19630.0512-0.0628-0.04420.0284-0.05120.1783-0.11630.1431-0.116-0.0650.66460.12180.1925-6.5412-19.3032-43.1988
50.0166-0.039-0.00280.09790.01210.0066-0.09950.02460.040.0970.12520.03340.05960.0222-0.00160.1314-0.0773-0.04350.2472-0.04190.23339.4994-13.2305-9.827
60.0053-0.01360.0050.11210.01020.0409-0.03480.0692-0.0971-0.08060.0098-0.0806-0.0235-0.0112-0.09540.1568-0.0196-0.0158-0.0226-0.06530.098334.2962-9.06145.9347
70.03050.0062-0.03810.0270.00170.0495-0.1783-0.42120.07250.10380.03670.0093-0.1603-0.1326-0.00750.22140.1465-0.04620.5357-0.09530.2074-6.2101-12.3523.5878
80.00270.01390.00490.1060.03360.0502-0.0457-0.00220.1015-0.07410.01310.04390.0062-0.0034-0.01670.0733-0.0392-0.04870.28090.0080.2894-23.094-15.2462-31.083
90.23790.1923-0.11010.30580.11280.3452-0.12150.0195-0.1254-0.0653-0.03190.0266-0.0729-0.0039-0.30460.07930.0012-0.0010.0215-0.0160.1247-47.338-13.6799-45.3295
100.13220.01180.01240.2757-0.10010.54050.0896-0.0698-0.00540.10730.08380.0956-0.0244-0.17050.08050.1489-0.00640.03910.1312-0.00410.113144.812217.3599-43.9379
110.32610.1294-0.07230.10620.02350.1239-0.0229-0.1668-0.16970.0276-0.0747-0.1066-0.06350.035-0.37980.0816-0.0153-0.04150.0340.12810.11237.867718.5435-84.0001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 116 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 117 through 158 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 159 through 277 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 116 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 117 through 158 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 159 through 277 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 2 through 116 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 117 through 162 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 163 through 277 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 2 through 158 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 159 through 277 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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