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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lma | ||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of O-acetylserine sulfhydrylase CysK1 from Microcystis aeruginosa 7806 | ||||||
![]() | Cysteine synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / sulfhydrylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lu, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and biochemical analyses of Microcystis aeruginosa O-acetylserine sulfhydrylases reveal a negative feedback regulation of cysteine biosynthesis. 著者: Lu, M. / Xu, B.Y. / Zhou, K. / Cheng, W. / Jiang, Y.L. / Chen, Y. / Zhou, C.Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35305.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 7806 / 遺伝子: cysK, IPF_2058 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, pH 6.0, 60% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月15日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 38227 / Num. obs: 38074 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.98 Å / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2Q3B 解像度: 2.3→46.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 5.92 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.817 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.92 Å
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拘束条件 |
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