[日本語] English
- PDB-4lll: Crystal structure of S. aureus MepR-DNA complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lll
タイトルCrystal structure of S. aureus MepR-DNA complex
要素
  • MepR
  • Palindromized mepR operator sequence
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / multidrug resistance / winged helix-turn-helix / transcription repression / mepR operator / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
MarR family / : / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / MarR family regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Molecular Replacement/SAD / 解像度: 3.036 Å
データ登録者Birukou, I. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2014
タイトル: Structural mechanism of transcription regulation of the Staphylococcus aureus multidrug efflux operon mepRA by the MarR family repressor MepR.
著者: Birukou, I. / Seo, S.M. / Schindler, B.D. / Kaatz, G.W. / Brennan, R.G.
履歴
登録2013年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MepR
B: MepR
C: MepR
D: MepR
I: MepR
J: MepR
M: MepR
O: MepR
E: Palindromized mepR operator sequence
F: Palindromized mepR operator sequence
G: Palindromized mepR operator sequence
H: Palindromized mepR operator sequence
K: Palindromized mepR operator sequence
L: Palindromized mepR operator sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,29314
ポリマ-174,29314
非ポリマー00
00
1
A: MepR
B: MepR
G: Palindromized mepR operator sequence
H: Palindromized mepR operator sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2564
ポリマ-47,2564
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10580 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
2
C: MepR
D: MepR
E: Palindromized mepR operator sequence
F: Palindromized mepR operator sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2564
ポリマ-47,2564
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10250 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
3
I: MepR
J: MepR
K: Palindromized mepR operator sequence
L: Palindromized mepR operator sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2564
ポリマ-47,2564
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9530 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
4
M: MepR
O: MepR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5252
ポリマ-32,5252
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.177, 130.177, 124.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
MepR


分子量: 16262.288 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mepR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5Y812
#2: DNA鎖
Palindromized mepR operator sequence


分子量: 7365.814 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.04M Mg Acetate, 0.05M Na Cacodylate, 30% (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol., pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.211
シンクロトロンALS 5.0.220.979
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2012年7月18日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2012年7月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooledSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooledSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9791
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 47910 / Num. obs: 47910 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 79.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 42.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000データスケーリング
PHENIX(Phaser)位相決定
精密化構造決定の手法: Molecular Replacement/SAD / 解像度: 3.036→42.61 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1929 4.24 %
Rwork0.1936 --
obs0.1952 45454 99.58 %
all-45646 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.2658 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.036→42.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8103 2934 0 0 11037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.53316182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.7624291
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051592
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0358-3.11170.3781340.31333029X-RAY DIFFRACTION97
3.1117-3.19580.25971440.2493078X-RAY DIFFRACTION100
3.1958-3.28980.26141340.20613039X-RAY DIFFRACTION99
3.2898-3.3960.28151400.21163180X-RAY DIFFRACTION100
3.396-3.51730.24671400.21293152X-RAY DIFFRACTION100
3.5173-3.6580.26141340.20623075X-RAY DIFFRACTION100
3.658-3.82440.23771440.20683140X-RAY DIFFRACTION100
3.8244-4.02590.29271360.19053126X-RAY DIFFRACTION100
4.0259-4.27790.22791410.1833085X-RAY DIFFRACTION100
4.2779-4.60790.22831380.17733158X-RAY DIFFRACTION100
4.6079-5.07090.22791420.19163083X-RAY DIFFRACTION100
5.0709-5.80310.25731250.21263137X-RAY DIFFRACTION100
5.8031-7.30530.26661420.21393129X-RAY DIFFRACTION100
7.3053-42.61460.16711350.15823114X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.275-0.71444.15855.9325-1.18816.6969-0.36580.65840.48430.0364-0.22240.2089-0.85150.00180.49610.37310.1696-0.05310.4561-0.11230.4041108.556989.677243.9719
20.93670.97920.1762.12-0.71940.77780.1366-0.96010.67270.55180.1468-0.1822-0.60250.3957-0.31530.76-0.0257-0.10880.6022-0.26120.2311118.920984.090259.6521
32.7082-0.15011.02070.4352-0.02823.12410.2091-0.14560.00130.29790.20280.00240.0176-0.6016-0.13370.48180.02440.06660.3999-0.16160.3148114.131170.226154.5265
42.6641.6954-1.96782.5767-0.15852.2519-0.21640.3258-0.1947-0.05040.12570.07390.6834-0.76010.1320.6098-0.04150.10790.4411-0.11550.2696116.222368.866644.4071
51.5597-0.88530.07670.5178-0.20220.8383-0.2443-0.19760.04920.2213-0.34070.01870.8002-0.13650.42560.63950.04220.06790.2962-0.10980.2954124.708966.943752.7214
65.9501-0.73453.67894.497-1.15187.4765-0.2219-0.80230.78390.69110.2752-0.0046-0.2208-1.0445-0.0340.41330.08980.03910.5185-0.11290.3945107.581.111959.2843
71.14160.63662.21526.45991.07944.41-0.33660.4637-0.9223-0.79830.14661.280.7158-1.90030.25290.5657-0.3039-0.07780.80850.04180.690795.7379.477341.2274
83.02360.2620.17855.0456-0.58524.0763-0.22720.1426-0.36040.48-0.14180.17880.2057-0.40760.30090.60550.0744-0.01180.6515-0.11330.4421108.346279.011638.9127
92.70330.0446-0.26522.6381-0.41283.3686-0.13840.19050.16180.0102-0.1446-0.0692-0.6534-0.28460.25390.66840.177-0.25660.4108-0.10340.3721118.403896.04530.7853
106.0598-0.1667-0.24441.2890.64547.75870.3397-0.00540.92550.3724-0.6502-0.3541-2.33630.4689-0.11281.0243-0.1023-0.06610.5540.14070.3545125.5782101.53924.9743
113.60920.6071-1.54754.0869-0.58792.09180.29820.74791.4855-0.0038-0.16170.1588-2.25650.0714-0.16632.1555-0.14670.26560.91790.50431.2245125.5406114.361833.4818
124.4701-0.7512-1.76192.7514-0.84846.82790.39480.558-0.1146-0.0709-0.26020.707-0.655-1.21520.08770.47840.1815-0.24460.6542-0.09620.5947111.854891.606723.1444
133.01711.1646-1.97068.88880.32581.6634-0.01071.36450.2847-0.6040.04061.8938-0.5212-1.5560.01240.45350.38560.03231.4515-0.10440.865196.072388.775439.2843
141.8480.26750.84422.89310.32954.35170.0181-0.2119-0.1080.15620.14850.25050.79570.4316-0.2030.5024-0.0219-0.05080.61760.0860.237172.54199.749383.4378
157.82545.1127-3.23138.4423-3.93255.09010.88981.0468-1.15021.1487-1.4463-2.04210.40961.3190.80481.66860.8022-0.03121.24560.22291.009781.070183.089171.7995
167.797-3.32916.71012.5331-2.68886.3829-0.7283-0.22370.26380.70780.0193-0.6143-0.52930.26890.53320.9254-0.02790.12460.51450.03640.369372.500593.821467.6138
170.63740.1695-0.77070.7769-0.80161.746-0.3248-0.0022-0.5339-0.0643-0.22390.08061.1196-0.3527-0.31571.345-0.79410.30520.65270.19570.197155.584988.760659.1283
180.94810.201-1.35132.4855-1.39052.45430.3293-0.1259-0.16090.3778-0.0914-0.1461.0065-0.6937-0.09210.8477-0.3618-0.0570.6710.1240.383249.727693.206363.8916
190.99090.6143-1.1561.6777-2.01212.7980.03510.0261-0.1921-0.04110.25080.22130.5212-0.5263-0.25010.9403-0.5173-0.34631.12370.39040.553535.911386.160564.9831
200.6274-0.0904-0.13481.92291.69073.46770.0207-0.247-0.6451-0.09670.4238-0.3380.75190.1947-0.07371.0828-0.27040.03260.3880.08310.447662.357588.455254.9313
214.9876-1.15-5.18640.29841.36276.16720.0497-0.1978-0.80.3225-0.5291-0.21271.6020.25610.44432.0527-0.06160.2130.5802-0.01770.680871.858676.475172.1356
222.60821.17654.06010.64511.85126.3056-0.2312-0.1118-0.08740.0384-0.2254-0.3293-0.4591-0.54450.25731.0253-0.06290.31740.6346-0.17590.597587.101751.074931.8506
230.6026-0.14250.61163.13883.03334.3776-0.22670.85180.3816-0.75160.0239-0.46520.84950.11950.14721.19810.14620.0980.85760.3710.584276.6446.516516.0087
242.9433-0.46712.26131.7961-0.75772.46040.27220.49990.333-0.0596-0.254-0.3822-0.83151.3549-0.04620.9379-0.09230.19440.54460.00620.453681.468235.344721.3589
252.02491.6730.57691.4621.02863.9674-0.10210.26710.2535-0.45980.04190.11240.0380.08320.08370.90210.0484-0.14030.33080.04860.803774.16530.977724.7009
261.7924-0.97580.26093.30980.78690.3486-0.06260.20680.5879-0.625-0.1957-1.28-0.24540.0240.23931.34620.0561-0.08050.30150.10110.744469.616817.189627.3322
273.5153-0.8878-1.80280.8621-1.25557.8295-0.18240.47830.2138-0.12490.5270.40481.1229-0.3582-0.3621.0667-0.23260.070.60840.09260.596173.110327.322819.2291
282.23760.06341.5692.15010.3446.22220.32720.47080.1462-0.59620.4725-0.3973-0.36550.7689-0.37311.1806-0.11030.57730.82040.01270.517687.658442.040216.3725
292.5707-2.03331.97275.30772.13815.22780.50120.94130.1109-0.3060.3961-1.4490.31771.6729-0.64560.41860.279-0.24891.2458-0.34880.715399.10240.213734.4595
303.2402-0.6374-2.35666.65672.666.3345-0.9920.3906-0.8233-0.4452-0.29330.22750.75960.35011.28540.906-0.35930.07730.7809-0.03320.638685.536441.378539.3346
312.5533-1.5398-0.3571.4323-0.80252.1117-0.0364-0.15840.13680.1131-0.4695-0.669-0.10420.72370.51351.0645-0.2305-0.00540.49790.08020.804579.941854.82747.8709
329.52711.64744.92652.25941.93083.29480.2991-1.04342.28750.7215-0.333-0.8427-0.8775-0.00350.2011.5685-0.55030.05870.7395-0.15711.768681.97268.42347.2843
333.73021.55921.42292.74811.92591.42290.7387-0.1831.17130.3963-0.4461-0.3913-0.63270.0309-0.15791.579-0.24740.46780.4810.02470.813679.974561.920737.1677
341.3564-1.52621.83694.0337-3.43073.2901-0.0279-0.0497-0.024-0.0564-0.29530.73020.6882-0.38840.32910.9703-0.24460.1960.5441-0.02680.613670.443857.944442.4369
354.4791-5.18284.68276.9108-5.93065.18380.0726-0.04771.18480.3056-0.67180.0918-2.2516-0.70910.46541.47920.01140.52740.6469-0.24351.188970.747863.881450.0461
362.8548-0.2778-1.82253.15361.93445.44060.6368-0.72550.5397-0.28170.0792-0.6775-0.46060.8881-0.58590.7494-0.25950.05840.5858-0.10380.81288.266354.238245.8737
370.57960.73860.12831.09790.04720.09591.21180.61510.2040.5063-0.74930.2362-1.0834-0.841-0.38621.3090.37190.19211.03740.04420.9036127.9125106.743486.4038
387.2176-0.0415-1.59379.17712.76276.25890.33170.4660.0907-0.9094-0.3509-0.0995-0.9318-0.36810.05160.8740.134-0.04610.439-0.02030.4164116.735685.118390.0767
392.89541.0662-0.03485.1006-1.27711.47230.32390.1860.39410.5505-0.2178-0.185-1.0496-0.67980.11320.9510.02760.18950.5129-0.09170.489112.66288.280795.9384
400.2362-0.14590.33371.7166-1.4511.4217-0.15140.51210.95280.0332-0.0370.549-0.6126-0.33810.20541.49710.881-0.22541.42520.37511.6115.6257116.228773.9819
411.0583-1.0246-0.19481.85320.810.4621-0.34120.6149-0.32230.08080.30170.59-1.0021-0.0770.16131.0178-0.00050.21740.93040.08330.7083125.4969104.673771.1661
425.82481.3387-1.92545.3114-1.43058.5991-0.3453-1.51420.59610.5882-0.0554-0.06230.54261.38850.25950.8319-0.0650.01761.1091-0.09010.4658148.6571104.671971.7151
437.224-0.35433.05030.2133-0.34182.0416-0.1301-0.38550.04420.1779-0.2857-0.14050.2550.570.20220.7698-0.1877-0.13511.1031-0.15090.3876155.492699.181466.8114
440.69290.01420.60581.9520.25950.55160.07760.14730.66390.80951.27520.6199-1.5804-1.8885-0.94331.06680.50320.16511.46340.27580.6516134.83111.579562.5083
454.6742-1.2644-2.37790.34160.64241.20871.55061.2251.3868-0.713-0.39980.4837-1.7249-0.5255-1.01282.61960.28730.81490.7890.23531.3863123.5832122.188880.0369
462.48831.53440.90212.92510.70612.2968-0.3214-0.28150.6566-0.63820.07930.42880.1994-0.9373-0.15710.2865-0.5765-0.06810.96270.18440.396257.3705105.574272.2869
475.32512.2143-0.20722.4486-0.03542.8865-0.3905-0.33730.8576-0.25180.01810.61540.1921-0.4769-0.24360.452-0.435-0.02290.80690.20070.34358.4025106.042973.2565
482.8627-2.1910.41291.6708-0.3870.0968-0.24250.5876-0.0916-1.0283-0.4122-0.79861.03840.0277-0.26451.08930.08340.25180.3013-0.14610.3962127.567169.050137.3744
492.1491-1.3631-0.2812.9493-0.84840.57950.20280.45051.1755-0.6102-0.6979-0.9819-1.10930.22340.1271.21610.0161-0.16980.37750.08880.8262128.8274104.65644.9642
501.6546-0.2758-0.64311.2174-0.63221.5926-0.0519-0.07440.74710.3047-0.3638-0.1916-0.8302-0.10030.30441.05510.0699-0.13140.3132-0.06590.7279129.3788104.573745.1411
510.2906-0.85880.08922.3894-0.16120.55530.0340.2818-0.4634-0.7152-0.6462-0.40471.11480.0527-0.27811.32540.30470.28250.1672-0.20690.5569127.592967.521938.815
520.92370.12090.02760.13860.43631.19550.6629-0.03450.3971-0.1282-0.57031.239-0.469-0.0989-0.08921.56890.08920.23280.320.10311.213167.556147.488534.4433
531.3217-0.10060.66330.40140.58511.33920.6592-0.38510.3330.1458-0.39421.3119-0.3279-0.1589-0.1221.3090.00170.26360.31060.00581.14767.390346.512133.5041
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 30 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 49 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 50 through 60 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 61 through 94 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 95 through 118 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 119 through 139 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 23 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 24 through 73 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 74 through 81 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 82 through 88 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 89 through 117 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 118 through 139 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 2 through 120 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 121 through 139 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 3 through 27 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 28 through 49 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 50 through 81 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 82 through 88 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 89 through 118 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 119 through 139 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'I' and (resid 3 through 24 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'I' and (resid 25 through 30 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and (resid 31 through 43 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and (resid 44 through 81 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'I' and (resid 82 through 88 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'I' and (resid 89 through 94 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'I' and (resid 95 through 118 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'I' and (resid 119 through 139 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'J' and (resid 2 through 27 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'J' and (resid 28 through 42 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'J' and (resid 43 through 49 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'J' and (resid 50 through 60 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'J' and (resid 61 through 73 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'J' and (resid 74 through 81 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'J' and (resid 82 through 139 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'M' and (resid 6 through 26 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'M' and (resid 27 through 73 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'M' and (resid 74 through 113 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'M' and (resid 114 through 139 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'O' and (resid 5 through 27 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'O' and (resid 28 through 60 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'O' and (resid 61 through 94 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'O' and (resid 95 through 118 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'O' and (resid 119 through 139 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'E' and (resid 1 through 24 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'F' and (resid 1 through 24 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'G' and (resid 1 through 13 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'G' and (resid 14 through 24 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'H' and (resid 1 through 11 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'H' and (resid 12 through 24 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'K' and (resid 1 through 24 )
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'L' and (resid 1 through 24 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る