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- PDB-4ll5: Crystal Structure of Pim-1 in complex with the fluorescent compou... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ll5 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Pim-1 in complex with the fluorescent compound SKF86002 | ||||||
![]() | Serine/threonine-protein kinase pim-1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / co-crystallization / SKF86002 / fluorescence / inhibitor screening / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / cellular detoxification / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling ...positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / cellular detoxification / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / negative regulation of innate immune response / positive regulation of brown fat cell differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to type II interferon / manganese ion binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Parker, L.J. / Tanaka, A. / Handa, N. / Honda, K. / Tomabechi, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Kinase crystal identification and ATP-competitive inhibitor screening using the fluorescent ligand SKF86002. Authors: Parker, L.J. / Taruya, S. / Tsuganezawa, K. / Ogawa, N. / Mikuni, J. / Honda, K. / Tomabechi, Y. / Handa, N. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Tanaka, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 101.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 13.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4lm5C ![]() 4lmuC ![]() 4ludC ![]() 4lueC ![]() 3uixS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34187.727 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Protein Kinase domain, UNP resodies 120-404 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P11309, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-SK8 / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-CA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.7 % / Mosaicity: 0.13 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 100mM CITRATE BUFFER PH 5.5, 200mM NACL, 1M NH4HPO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 16, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→85.433 Å / Num. obs: 29928 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 26.29 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 15.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3UIX Resolution: 2→42.717 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8914 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.64 Å2 / Biso mean: 37.1657 Å2 / Biso min: 14.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→42.717 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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