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万見
- PDB-4lku: Structure of the C-terminal domain of the E. coli mechanosensitiv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lku
タイトルStructure of the C-terminal domain of the E. coli mechanosensitive channel of large conductance
要素Large-conductance mechanosensitive channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN / pentamer
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / monoatomic ion transport / monoatomic ion transmembrane transport / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Large-conductance mechanosensitive channel / Large-conductance mechanosensitive channel, conserved site / Large-conductance mechanosensitive channels mscL family signature. / Large-conductance mechanosensitive channel MscL / Large-conductance mechanosensitive channel/anditomin synthesis protein L / Large-conductance mechanosensitive channel, MscL
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Large-conductance mechanosensitive channel
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Walton, T.A. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Structure and stability of the C-terminal helical bundle of the E. coli mechanosensitive channel of large conductance.
著者: Walton, T.A. / Rees, D.C.
履歴
登録2013年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large-conductance mechanosensitive channel
B: Large-conductance mechanosensitive channel
C: Large-conductance mechanosensitive channel
D: Large-conductance mechanosensitive channel
E: Large-conductance mechanosensitive channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1885
ポリマ－16,1885
非ポリマー00
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area8650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.250, 55.120, 32.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Large-conductance mechanosensitive channel


分子量: 3237.615 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 108-136 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXJ2, UniProt: P0A742*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.6, 0.34M ammonium acetate, 34% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月9日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal K-B focusing mirrors
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→32.786 Å / Num. all: 19178 / Num. obs: 19178 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.45-1.535.90.7420.91644527800.74293.5
1.53-1.625.80.5241.41531826480.52494.8
1.62-1.735.30.3881.81280423950.38890.8
1.73-1.8760.2592.71407723410.25996
1.87-2.056.10.1783.61347721930.17896.5
2.05-2.295.80.1484.21139219790.14896.9
2.29-2.655.60.1384.2895615920.13888.2
2.65-3.246.20.1025.9937215120.10298.4
3.24-4.595.60.0925.9615810920.09291.4
4.59-23.7216.70.0954.143366460.09596.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-IceIceデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→23.721 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8486 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 966 5.04 %
Rwork0.1687 --
obs0.1717 19157 93.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 57.95 Å2 / Biso mean: 18.602 Å2 / Biso min: 5.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→23.721 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1038 0 0 136 1174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0221410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.821431
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.52640.23011430.172571271493
1.5264-1.62210.23741400.16242589272994
1.6221-1.74730.23121340.16662467260190
1.7473-1.9230.25021320.15182700283297
1.923-2.20110.21691280.14222684281296
2.2011-2.77250.21961400.17692514265491
2.7725-23.7210.22171490.1822666281595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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