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- PDB-4lks: Structure of CBM32-3 from a family 31 glycoside hydrolase from Cl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lks
タイトルStructure of CBM32-3 from a family 31 glycoside hydrolase from Clostridium perfringens in complex with galactose
要素Glycosyl hydrolase, family 31/fibronectin type III domain protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / B-sandwich / carbohydrate-binding / galactose
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-glucosidase, N-terminal / : / : / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments ...Alpha-glucosidase, N-terminal / : / : / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Glycosyl hydrolase, all-beta / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Glycosyl hydrolase, family 31/fibronectin type III domain protein / Glycosyl hydrolase, family 31/fibronectin type III domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Grondin, J.M. / Duan, D. / Kirlin, A.C. / Furness, H.S. / Allingham, J.S. / Smith, S.P.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2017
タイトル: Diverse modes of galacto-specific carbohydrate recognition by a family 31 glycoside hydrolase from Clostridium perfringens.
著者: Grondin, J.M. / Duan, D. / Kirlin, A.C. / Abe, K.T. / Chitayat, S. / Spencer, H.L. / Spencer, C. / Campigotto, A. / Houliston, S. / Arrowsmith, C.H. / Allingham, J.S. / Boraston, A.B. / Smith, S.P.
履歴
登録2013年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase, family 31/fibronectin type III domain protein
C: Glycosyl hydrolase, family 31/fibronectin type III domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4286
ポリマ－37,9882
非ポリマー4404
水9,278515
1
A: Glycosyl hydrolase, family 31/fibronectin type III domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2143
ポリマ－18,9941
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Glycosyl hydrolase, family 31/fibronectin type III domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2143
ポリマ－18,9941
非ポリマー2202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.338, 62.325, 85.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase, family 31/fibronectin type III domain protein


分子量: 18993.844 Da / 分子数: 2 / 断片: CBM32-3, UNP residues 1640-1785 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / NCTC 8237 / Type A / 遺伝子: CPF_1301 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0TRJ3, UniProt: A0A0H2YST8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.6M ammonium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月13日
放射モノクロメーター: Si (III) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40 Å / Num. obs: 53421 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.236 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.554.10.3253391.357199.9
1.55-1.624.20.25152891.385199.8
1.62-1.694.20.18953031.409199.7
1.69-1.784.20.13953641.408199.7
1.78-1.894.20.10453011.402199.3
1.89-2.044.30.07253311.367199.5
2.04-2.244.30.05753221.246199.1
2.24-2.564.40.04953511.137198.9
2.56-3.234.40.03853690.933198.1
3.23-404.30.03354520.76195.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Icelikeデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J1A

2j1a


解像度: 1.5→30.659 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.8808 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2012 2717 5.09 %
Rwork0.175 --
obs0.1764 53360 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.324 Å2 / ksol: 0.394 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 69.66 Å2 / Biso mean: 16.3428 Å2 / Biso min: 5.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1766 Å20 Å2-0 Å2
2--0.5532 Å20 Å2
3----1.7297 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.659 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2483 0 26 515 3024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.123528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.176958
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5001-1.52730.26941290.236326822811100
1.5273-1.55670.27831520.230426352787100
1.5567-1.58850.27661440.218226292773100
1.5885-1.6230.22431340.214426462780100
1.623-1.66080.24591370.197226872824100
1.6608-1.70230.23281590.185626502809100
1.7023-1.74830.22531610.185226082769100
1.7483-1.79980.23561300.180726692799100
1.7998-1.85790.19791370.170126792816100
1.8579-1.92430.20051490.17182662281199
1.9243-2.00130.20581450.16242649279499
2.0013-2.09240.21211460.16712637278399
2.0924-2.20260.2051600.17372688284899
2.2026-2.34060.17631270.16912652277999
2.3406-2.52120.24911230.17582698282199
2.5212-2.77480.21420.18732678282099
2.7748-3.1760.21031340.17712687282198
3.176-40.15441520.14962680283297
4-30.66520.17531560.16892727288395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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