[日本語] English
万見
- PDB-4lkr: Crystal structure of deoD-3 gene product from Shewanella oneidens... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lkr
タイトルCrystal structure of deoD-3 gene product from Shewanella oneidensis MR-1, NYSGRC target 029437
要素Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


purine-nucleoside phosphorylase / purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Bonanno, J.B. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. ...Malashkevich, V.N. / Bonanno, J.B. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of deoD-3 gene product from Shewanella oneidensis MR-1, NYSGRC target 029437
著者: Malashkevich, V.N. / Bonanno, J.B. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. ...著者: Malashkevich, V.N. / Bonanno, J.B. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6741
ポリマ－28,6741
非ポリマー00
水2,090116
1
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,0476
ポリマ－172,0476
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
Buried area18160 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area47950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.641, 153.641, 52.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-312-

HOH

詳細hexameric

-
要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / PNP


分子量: 28674.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: deoD-3, deoD3, SO_2719 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q8EDM4, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M sodium citrate, 20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 27227 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Χ2: 1.219 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.448.70.62113351.0451100
2.44-2.498.70.63313581.0121100
2.49-2.538.70.54613701.0481100
2.53-2.598.70.45613431.0541100
2.59-2.648.80.46213631.0631100
2.64-2.78.80.38413621.0741100
2.7-2.778.80.37213791.0861100
2.77-2.858.80.30713381.1231100
2.85-2.938.80.26313841.1471100
2.93-3.028.80.23113461.1491100
3.02-3.1390.19313661.1731100
3.13-3.2690.14613821.2611100
3.26-3.419.10.13913291.2781100
3.41-3.589.30.12513751.3731100
3.58-3.819.30.10913631.5781100
3.81-4.19.30.09213511.3711100
4.1-4.529.20.07713771.4481100
4.52-5.1790.06813571.2221100
5.17-6.519.60.0713811.2741100
6.51-509.40.07113681.5199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OCC

3occ


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.178 / WRfactor Rwork: 0.1462 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8584 / SU B: 10.632 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.2199 / SU Rfree: 0.1819 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1953 749 5.1 %RANDOM
Rwork0.1638 ---
obs0.1654 14742 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.29 Å2 / Biso mean: 43.7178 Å2 / Biso min: 26.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.56 Å2-2.56 Å2-0 Å2
2---2.56 Å2-0 Å2
3---8.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1782 0 0 116 1898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2751.9732456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0685232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.61124.56881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.16315274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.132159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1315.854931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.56178.7971162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1486.366879
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 56 -
Rwork0.249 981 -
all-1037 -
obs--99.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.3082 Å / Origin y: 114.6386 Å / Origin z: -12.2401 Å
111213212223313233
T0.0442 Å2-0.0076 Å2-0.0117 Å2-0.0284 Å20.0021 Å2--0.0427 Å2
L0.7224 °2-0.1723 °20.0348 °2-1.3932 °2-0.3013 °2--0.2181 °2
S0.0184 Å °-0.0409 Å °0.1412 Å °0.0804 Å °-0.0616 Å °-0.1686 Å °-0.0698 Å °0.0142 Å °0.0433 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る