PDB-4ljb: Structure of a photobleached state of IrisFP under high intensity...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ljb

タイトル

Structure of a photobleached state of IrisFP under high intensity laser-light

要素

Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Photobleaching / Beta-Barrel / Decarboxylation

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9019 Å

データ登録者

Duan, C. / Adam, V. / Byrdin, M. / Ridard, J. / Kieffer-Jacquinod, S. / Morlot, C. / Arcizet, D. / Demachy, I. / Bourgeois, D.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Structural evidence for a two-regime photobleaching mechanism in a reversibly switchable fluorescent protein.
著者: Duan, C. / Adam, V. / Byrdin, M. / Ridard, J. / Kieffer-Jaquinod, S. / Morlot, C. / Arcizet, D. / Demachy, I. / Bourgeois, D.

履歴

登録	2013年7月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ljb.cif.gz	372.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ljb.ent.gz	306.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ljb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ljb_validation.pdf.gz	505.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ljb_full_validation.pdf.gz	544 KB	表示
XML形式データ	4ljb_validation.xml.gz	41.7 KB	表示
CIF形式データ	4ljb_validation.cif.gz	56.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/4ljb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/4ljb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ljcC 4ljdC 2vvhS 2vvi 2vvj 3tmr 3tmt S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r6b-d 2vvi-d 6nqp-2 4ljd-d 2btj-d 4ljc-d 1zux-d 6ciu-d 2vvh-d 1zgo-d 2h8q-1 3p8u-d 2gw4-1 3ls3-d 2ie2-2 6wem-d 2gx0-d 4dxm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP

B: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP

C: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP

D: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP

ヘテロ分子

106 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.099, 96.416, 140.033
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP 分子量: 26156.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S6Z9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン分子量: 80.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.1M ammonium sulfate, 0.1M bicine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.32 Å / Num. all: 90548 / Num. obs: 91193 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 34.9 Å² / R_sym value: 0.068
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VVH - IRISFP FLUORESCENT PROTEIN IN ITS GREEN FORM, CIS CONFORMATION

2vvh

解像度: 1.9019→10.013 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 45.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3839	3938	5.02 %
R_work	0.3393	-	-
obs	0.3416	78454	85.86 %
all	-	89037	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9019→10.013 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7121	0	77	313	7511

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7390
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.523	9962
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.808	2693
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1281

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9019-1.925	0.5864	136	0.4786	2355	X-RAY DIFFRACTION	77
1.925-1.9492	0.5305	144	0.4232	2906	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9492-1.9746	0.5026	142	0.3978	2885	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9746-2.0015	0.4544	146	0.3843	2904	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0015-2.0298	0.4348	149	0.3692	2826	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0298-2.0599	0.4686	150	0.3621	2831	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0599-2.0918	0.4736	134	0.3874	2633	X-RAY DIFFRACTION	85
2.0918-2.1257	0.4571	153	0.3635	2758	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1257-2.162	0.4458	143	0.3589	2789	X-RAY DIFFRACTION	90
2.162-2.201	0.4504	148	0.3538	2722	X-RAY DIFFRACTION	89
2.201-2.2428	0.447	143	0.3693	2801	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2428-2.2881	0.4231	135	0.3809	2383	X-RAY DIFFRACTION	79
2.2881-2.3372	0.4734	137	0.3726	2682	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3372-2.3909	0.4802	132	0.3759	2624	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3909-2.4498	0.458	139	0.3829	2574	X-RAY DIFFRACTION	84
2.4498-2.515	0.4321	140	0.3929	2561	X-RAY DIFFRACTION	83
2.515-2.5878	0.4498	132	0.3847	2536	X-RAY DIFFRACTION	82
2.5878-2.6698	0.3845	128	0.3745	2490	X-RAY DIFFRACTION	80
2.6698-2.7633	0.3735	142	0.3651	2495	X-RAY DIFFRACTION	81
2.7633-2.8714	0.44	132	0.3631	2478	X-RAY DIFFRACTION	80
2.8714-2.9987	0.4646	122	0.3833	2512	X-RAY DIFFRACTION	81
2.9987-3.1522	0.354	133	0.3794	2527	X-RAY DIFFRACTION	81
3.1522-3.3427	0.3725	141	0.3381	2532	X-RAY DIFFRACTION	81
3.3427-3.5898	0.3135	138	0.325	2597	X-RAY DIFFRACTION	83
3.5898-3.931	0.3715	141	0.2992	2552	X-RAY DIFFRACTION	82
3.931-4.4554	0.2809	145	0.2737	2763	X-RAY DIFFRACTION	87
4.4554-5.4577	0.2519	151	0.2446	2826	X-RAY DIFFRACTION	89
5.4577-10.0135	0.3129	162	0.2766	2974	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.7783 Å / Origin y: 2.466 Å / Origin z: -19.6889 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2391 Å²	-0.001 Å²	0.0352 Å²	-	0.0969 Å²	-0.0053 Å²	-	-	0.0973 Å²
L	0.1835 °²	0.1956 °²	-0.1159 °²	-	0.4023 °²	-0.056 °²	-	-	0.7117 °²
S	0.0282 Å °	-0.0159 Å °	0.0114 Å °	0.103 Å °	-0.0435 Å °	0.0108 Å °	0.0606 Å °	-0.0966 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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