[日本語] English
万見
- PDB-4lj3: Crystal structure of the EAL domain of c-di-GMP specific phosphod... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lj3
タイトルCrystal structure of the EAL domain of c-di-GMP specific phosphodiesterase YahA in complex with substrate c-di-GMP and Ca++
要素Cyclic di-GMP phosphodiesterase YahA
キーワードHYDROLASE / pGpG / phosphodiesterase / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family ...EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / trans-4-(hydroxymethyl)cyclohexanol / IMIDAZOLE / Cyclic di-GMP phosphodiesterase PdeL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sundriyal, A. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Inherent Regulation of EAL Domain-catalyzed Hydrolysis of Second Messenger Cyclic di-GMP.
著者: Sundriyal, A. / Massa, C. / Samoray, D. / Zehender, F. / Sharpe, T. / Jenal, U. / Schirmer, T.
履歴
登録2013年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references / Other
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cyclic di-GMP phosphodiesterase YahA
B: Cyclic di-GMP phosphodiesterase YahA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,10112
ポリマ－62,1612
非ポリマー1,94010
水7,422412
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.693, 70.300, 66.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 104 - 359 / Label seq-ID: 21 - 276

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細biological unit is the same as asym.

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclic di-GMP phosphodiesterase YahA


分子量: 31080.678 Da / 分子数: 2 / 断片: EAL domain containing residues 101-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yahA, b0315, JW0307 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P21514, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 422分子

#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-HB0 / trans-4-(hydroxymethyl)cyclohexanol / trans-4-(ヒドロキシメチル)シクロヘキサノ-ル


分子量: 130.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 10 % of alcohol mixture (200 mM of each of 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2- propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol and 1,3- ...詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 10 % of alcohol mixture (200 mM of each of 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2- propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol and 1,3-propanediol), 100 mM MES/Imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20.63 Å / Num. obs: 56878 / % possible obs: 99.82 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.42 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 5.4426
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.7-1.793.590.371.7829781828899.97
1.79-1.93.540.272.127772783599.94
1.9-2.033.410.231.3825000732399.59
2.03-2.192.980.171.2920460687499.81
2.19-2.43.20.122.8220132629899.89
2.4-2.693.690.084.7821222574799.98
2.69-3.13.570.0610.2618027504799.9
3.1-3.83.290.066.0814090428799.99
3.8-5.383.250.063.0610855334599.83
5.38-20.634.020.075.967368183498.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
SCALACCP4_3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KIE

4kie


解像度: 1.7→20.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.572 / SU ML: 0.094 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2543 2833 5 %
Rwork0.2212 --
obs0.2228 56830 99.73 %
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.87 Å2 / Biso mean: 17.704 Å2 / Biso min: 4.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å2-0 Å2-1.13 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4006 0 124 412 4542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.511.9935934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9683.0029527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5035528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39624.783184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44515697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7131515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214845
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02978
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15881 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 201 -
Rwork0.272 3972 -
all-4173 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6758-0.27610.27960.5868-0.27230.53590.0090.01930.002-0.0347-0.01-0.05020.04270.04450.0010.0156-0.00080.01920.0289-0.00320.03315.63350.302927.7381
20.3495-0.25740.26350.6121-0.42661.03350.03150.04960.0193-0.0842-0.01590.00280.01710.0655-0.01560.0195-0.00210.01150.0343-0.00510.02542.160723.20059.103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A104 - 359
2X-RAY DIFFRACTION2B104 - 359

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る