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万見
- PDB-4lj0: Nab2 Zn fingers complexed with polyadenosine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lj0
タイトルNab2 Zn fingers complexed with polyadenosine
要素
  • Nab2
  • polyadenosine RNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Zn finger / polyadenylation / polyadenosine RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


: / poly(A) binding / regulation of mRNA stability / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CCCH zinc finger - #30 / CCCH zinc finger / Nuclear polyadenylated RNA-binding protein Nab2/ZC3H14 / RNA-binding, Nab2-type zinc finger / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / RNA / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Stewart, M. / Kuhlmann, S.I. / Valkov, E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the molecular recognition of polyadenosine RNA by Nab2 Zn fingers.
著者: Kuhlmann, S.I. / Valkov, E. / Stewart, M.
履歴
登録2013年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nab2
B: Nab2
C: polyadenosine RNA
D: polyadenosine RNA
E: polyadenosine RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,42317
ポリマ－22,8165
非ポリマー60812
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.929, 90.929, 54.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Nab2


分子量: 7524.717 Da / 分子数: 2 / 断片: Nab2 Zn fingers 3-5, UNP residues 401-466 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: see publication / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0057680, Nab2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SCL7
#2: RNA鎖 polyadenosine RNA


分子量: 2588.689 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: AAAAAA

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非ポリマー , 4種, 37分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: see manuscript, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→44.58 Å / Num. all: 14357 / Num. obs: 14357 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→44.58 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2066 701 4.89 %random
Rwork0.1946 ---
obs0.1952 14328 99.93 %-
all-14328 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→44.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1024 217 18 25 1284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8661813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.125523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043185
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004207
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.3160.29021450.2662679X-RAY DIFFRACTION100
2.316-2.54910.24161490.21682683X-RAY DIFFRACTION100
2.5491-2.91780.23051230.21452711X-RAY DIFFRACTION100
2.9178-3.67590.22611480.20192724X-RAY DIFFRACTION100
3.6759-44.58990.17221360.17482830X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2059-2.1360.40455.20223.04792.6099-0.0367-0.640.16120.36320.43740.2480.3042-0.0939-0.3010.2993-0.2037-0.01650.45840.07340.4747-26.972530.8932-16.4063
23.4016-0.410.18963.95710.44132.34890.07770.0894-0.06010.1508-0.1583-0.0333-0.2473-0.07850.0690.3922-0.088-0.02890.3714-0.02480.2834-41.925124.7447-16.9515
38.2898-0.8693.17299.6501-2.13148.6044-0.096-0.04960.5766-0.0563-0.01220.3175-0.9506-1.0540.05810.4810.059-0.05360.4911-0.03450.3159-49.024732.7773-21.6716
44.6053-2.58580.26374.3991-3.0564.18150.2015-1.42530.23551.39760.3035-0.0762-0.29170.241-0.36510.5354-0.17430.03850.9195-0.0940.6388-21.431938.8893-2.7161
56.5005-0.5894-3.64133.32120.77296.09520.3228-1.42091.9984-0.01060.2019-0.4883-0.88370.6083-0.39090.4341-0.13450.12650.5939-0.14720.6115-32.73642.89420.7055
64.2532.55252.23262.22070.36142.5635-0.0897-0.24611.62830.0031-0.09630.3998-1.0669-0.01490.36481.3448-0.21310.31630.4943-0.09141.7999-31.015756.9495-4.3455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 402:419)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 420:448)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 449:466)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 402:414)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 415:444)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 445:465)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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