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万見
- PDB-2c9y: Structure of human adenylate kinase 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c9y
タイトルStructure of human adenylate kinase 2
要素ADENYLATE KINASE ISOENZYME 2, MITOCHONDRIAL
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOTIDE KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / sperm mitochondrial sheath / ATP metabolic process / mitochondrial intermembrane space / mitochondrion ...AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / sperm mitochondrial sheath / ATP metabolic process / mitochondrial intermembrane space / mitochondrion / extracellular exosome / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase 2 / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Adenylate kinase 2 / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-TETRAPHOSPHATE / Adenylate kinase 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bunkoczi, G. / Filippakopoulos, P. / Debreczeni, J.E. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / Savitsky, P. / Colebrook, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. ...Bunkoczi, G. / Filippakopoulos, P. / Debreczeni, J.E. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / Savitsky, P. / Colebrook, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Human Adenylate Kinase 2
著者: Bunkoczi, G. / Filippakopoulos, P. / Debreczeni, J.E. / Turnbull, A. / Papagrigoriou, E. / Savitsky, P. / Colebrook, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Knapp, S.
履歴
登録2005年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENYLATE KINASE ISOENZYME 2, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8064
ポリマ－26,8451
非ポリマー9613
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.042, 49.260, 127.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADENYLATE KINASE ISOENZYME 2, MITOCHONDRIAL / ATP-AMP TRANSPHOSPHORYLASE


分子量: 26845.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PLIC-SGC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P54819, adenylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-B4P / BIS(ADENOSINE)-5'-TETRAPHOSPHATE / ジアデノシン四りん酸


分子量: 836.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28N10O19P4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化pH: 5.7 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH=5.7, 28% PEG3350, pH 5.70

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979097
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月18日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979097 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45 Å / Num. obs: 17233 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.12 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 6.98 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AK2

1ak2


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 10.888 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 895 5.2 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.198 16279 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å20 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1666 0 61 151 1878
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221821
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7682.0562470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9983.0013118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.845217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.98123.42970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.99615328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2961515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021909
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.21279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.2971
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2550.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2620.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.44431128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.65651765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.978789
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.21511705
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.356 71
Rwork0.222 1194
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3116-0.05160.2811.25980.1632.30330.1182-0.23470.1076-0.0672-0.0512-0.14590.17570.078-0.067-0.1109-0.02050.0688-0.1303-0.0232-0.08141.81121.4327-20.0821
23.3917-0.3455-0.49041.16290.65872.30040.0957-0.04870.2655-0.0674-0.05670.1324-0.2722-0.4708-0.039-0.08240.04020.0823-0.0694-0.0078-0.0431-12.688313.4305-24.2732
31.26330.15370.15083.00071.06722.7115-0.0249-0.48140.23990.44940.0693-0.13870.0772-0.1359-0.0443-0.0277-0.02010.02590.195-0.0573-0.0526-2.12946.67093.653
40.7282.3246-1.20097.4232-3.83481.9810.1180.01010.04950.5159-0.28530.6345-0.0436-0.00410.16730.0031-0.01050.04430.1548-0.1409-0.01730.28119.107-3.3066
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 41
2X-RAY DIFFRACTION1A94 - 130
3X-RAY DIFFRACTION1A193 - 232
4X-RAY DIFFRACTION2A42 - 93
5X-RAY DIFFRACTION3A131 - 192
6X-RAY DIFFRACTION4A1233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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