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万見
- PDB-4li0: Crystal structure of GDP-bound Rab8:GRAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4li0
タイトルCrystal structure of GDP-bound Rab8:GRAB
要素
  • Guanine nucleotide exchange factor for Rab-3A
  • Ras-related protein Rab-8A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Small GTPase / Guanine Nucleotide Exchange Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi to plasma membrane transport vesicle / neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / regulation of protein transport / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle-mediated transport in synapse / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / trans-Golgi network transport vesicle ...Golgi to plasma membrane transport vesicle / neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / regulation of protein transport / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle-mediated transport in synapse / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / trans-Golgi network transport vesicle / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein localization to cilium / endocytic recycling / non-motile cilium / vesicle docking involved in exocytosis / TBC/RABGAPs / ciliary membrane / ciliary base / Golgi organization / exocytosis / cilium assembly / phagocytic vesicle / centriole / axonogenesis / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein tyrosine kinase binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / small GTPase binding / autophagy / centriolar satellite / cellular response to insulin stimulus / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / synaptic vesicle / GDP binding / protein transport / actin cytoskeleton / midbody / endosome membrane / lysosome / endosome / regulation of autophagy / ciliary basal body / cilium / Golgi membrane / neuronal cell body / GTPase activity / dendrite / centrosome / GTP binding / nucleolus / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4880 / GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4880 / GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-8A / Guanine nucleotide exchange factor for Rab-3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Guo, Z. / Hou, X.M. / Goody, R.S. / Itzen, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Intermediates in the Guanine Nucleotide Exchange Reaction of Rab8 Protein Catalyzed by Guanine Nucleotide Exchange Factors Rabin8 and GRAB.
著者: Guo, Z. / Hou, X. / Goody, R.S. / Itzen, A.
履歴
登録2013年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-8A
B: Ras-related protein Rab-8A
C: Guanine nucleotide exchange factor for Rab-3A
D: Guanine nucleotide exchange factor for Rab-3A
E: Guanine nucleotide exchange factor for Rab-3A
F: Guanine nucleotide exchange factor for Rab-3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6068
ポリマ－81,7196
非ポリマー8862
水00
1
A: Ras-related protein Rab-8A
E: Guanine nucleotide exchange factor for Rab-3A
F: Guanine nucleotide exchange factor for Rab-3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3034
ポリマ－40,8603
非ポリマー4431
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
2
B: Ras-related protein Rab-8A
C: Guanine nucleotide exchange factor for Rab-3A
D: Guanine nucleotide exchange factor for Rab-3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3034
ポリマ－40,8603
非ポリマー4431
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area17640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.930, 160.380, 166.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-8A / Oncogene c-mel


分子量: 21259.371 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB8A, MEL, RAB8 / プラスミド: oPINE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)DE3 / 参照: UniProt: P61006
#2: タンパク質
Guanine nucleotide exchange factor for Rab-3A / Rab-3A-interacting-like protein 1 / Rab3A-interacting-like protein 1 / Rabin3-like 1


分子量: 9800.137 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 73-154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB3IL1 / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)DE3 / 参照: UniProt: Q8TBN0
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 1.6 M ammonium sulphate and sodium acetate. cryo solution containing 20% glycerol in the reservoir solution, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.21 Å / Num. all: 19050 / Num. obs: 21124 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 7.6 / Observed criterion σ(I): 9.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YZQ

1yzq


解像度: 3.3→48.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 51.803 / SU ML: 0.391 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.408 / ESU R Free: 0.47 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28962 1140 5.1 %RANDOM
Rwork0.24419 ---
obs0.24643 21124 97.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.488 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.72 Å20 Å20 Å2
2---5.55 Å2-0 Å2
3----10.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4807 0 56 0 4863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194916
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.986596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.823310762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1585607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.62525.356239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.69315949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3151530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.199
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.168
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6685.6212446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6665.6172445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2748.3953047
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6945.9412470
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 97 -
Rwork0.376 1511 -
obs--96.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21470.29-0.64960.5873-0.15134.78130.0322-0.03770.05890.0885-0.15470.15640.2139-0.24680.12250.3145-0.0397-0.04660.1725-0.05010.113531.318333.801826.0627
21.559-3.41080.046319.1290.69450.1273-0.0969-0.05230.22490.15750.09870.27510.2213-0.096-0.00180.7936-0.1679-0.04610.76690.03890.386731.367430.2245-9.3037
38.6412-4.25171.05332.5867-0.42250.8513-0.01250.2511-0.2620.0185-0.00720.1422-0.26370.07560.01970.8681-0.26960.07330.6455-0.03740.358634.233836.610860.7653
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 170
2X-RAY DIFFRACTION1B8 - 170
3X-RAY DIFFRACTION2C80 - 140
4X-RAY DIFFRACTION2D80 - 140
5X-RAY DIFFRACTION3E80 - 140
6X-RAY DIFFRACTION3F80 - 140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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