PDB-4lht: Crystal Structure of P450cin Y81F mutant, crystallized in 3 mM 1,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lht

タイトル

Crystal Structure of P450cin Y81F mutant, crystallized in 3 mM 1,8-cineole

要素

P450cin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / P450 monooxygenase / cindoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

1,8-cineole 2-endo-monooxygenase / carbazole catabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrobacter braakii (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.137 Å

データ登録者

Madrona, Y. / Poulos, T.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: P450cin active site water: implications for substrate binding and solvent accessibility.
著者: Madrona, Y. / Hollingsworth, S.A. / Khan, B. / Poulos, T.L.

履歴

登録	2013年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lht.cif.gz	322.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lht.ent.gz	262.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4lht_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lht_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4lht_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	4lht_validation.cif.gz	50.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lht	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4l6gSC 4l77C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fmx-2 4l77-2 1t2b-2 4l77-1 6oom-d 3be0-2 4fyz-1 2pax-d 5kpq-1 7kk6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: P450cin

B: P450cin

ヘテロ分子

91.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: P450cin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: P450cin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.460, 103.709, 127.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	P450cin 分子量: 44771.879 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 8-404 / 変異: Y81F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter braakii (バクテリア) 遺伝子: CIN A, cinA / プラスミド: pcWori-P450cin / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB 5-alpha 参照: UniProt: Q8VQF6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

#1: タンパク質

P450cin

分子量: 44771.879 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 8-404 / 変異: Y81F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Citrobacter braakii (バクテリア)
遺伝子: CIN A, cinA / プラスミド: pcWori-P450cin / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB 5-alpha
参照: UniProt: Q8VQF6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

-
非ポリマー , 8種, 432分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CNL / 1,3,3-TRIMETHYL-2-OXABICYCLO[2.2.2]OCTANE / 1,8-CINEOLE 分子量: 154.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₈O
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 12-15% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 6.2, 150 mM lithium sulfate, 3 mM 1,8-cineole, 3 mM TCEP, 100 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 70 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月2日
放射	モノクロメーター: Cu Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.137→50 Å / Num. all: 51079 / Num. obs: 50211 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0.02 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 27.3 Å² / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	最高解像度: 2.137 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.22 / Num. unique all: 4797 / R_sym value: 0.257 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4L6G

4l6g

解像度: 2.137→32.884 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.26 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	2553	5.09 %	RANDOM
R_work	0.2095	-	-	-
obs	0.2122	50111	98.22 %	-
all	-	51079	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.137→32.884 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6276	0	144	423	6843

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6607
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.342	9010
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.209	2415
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	972
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1158

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.137-2.1783	0.3101	123	0.2331	2457	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1783-2.2228	0.2794	134	0.2186	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2228-2.2711	0.2638	141	0.1979	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2711-2.3239	0.2897	146	0.1997	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3239-2.382	0.3085	148	0.199	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.382-2.4464	0.2733	151	0.1984	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4464-2.5183	0.2825	145	0.1937	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5183-2.5996	0.2591	133	0.1874	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5996-2.6925	0.255	121	0.1884	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6925-2.8002	0.2826	150	0.1956	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8002-2.9276	0.2823	139	0.2004	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9276-3.0818	0.2533	156	0.2019	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0818-3.2748	0.2367	161	0.2095	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2748-3.5273	0.2483	145	0.2135	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5273-3.8818	0.2643	129	0.2133	2644	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8818-4.4423	0.2324	124	0.2083	2569	X-RAY DIFFRACTION	94
4.4423-5.5924	0.2348	159	0.2134	2589	X-RAY DIFFRACTION	94
5.5924-32.8881	0.3013	148	0.2489	2803	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1842	0.1099	-0.1816	0.1123	-0.0475	0.1071	0.0401	-0.0099	-0.1348	-0.0386	-0.0218	-0.0481	-0.2061	0.1251	-0.0005	0.1459	-0.0018	0.0104	0.1529	0.0064	0.1212	13.9416	19.8789	38.7927
2	0.0549	-0.0551	0.1011	0.1329	0.1241	0.172	-0.1015	-0.1891	0.1379	0.1238	0.1385	-0.1229	-0.0172	0.0711	0.0037	0.1332	-0.0176	-0.0178	0.2974	-0.0165	0.3139	26.0015	12.6102	41.9057
3	1.0765	0.0265	-0.2981	0.2714	-0.0925	0.3124	0.4975	-0.0888	0.0363	0.2833	-0.3748	0.2367	0.244	0.5143	0.1704	0.2088	0.1888	-0.1288	0.1717	0.0406	0.085	26.7054	2.5848	19.266
4	0.3329	-0.2749	0.5329	0.3867	0.0422	0.4702	0.0058	-0.1138	-0.2165	-0.0791	-0.1149	0.2594	0.2416	-0.0374	-0.0839	0.226	0.0846	-0.041	0.2369	0.0122	0.1844	25.9984	-3.9033	34.7428
5	0.6839	0.6544	0.6561	1.6855	1.0547	1.4229	0.0369	-0.0033	0.3338	0.0555	-0.6316	0.0137	0.3537	0.5891	-0.534	0.1494	0.0536	-0.0051	0.3474	0.2035	0.1857	38.915	7.8679	36.0363
6	0.463	-0.0523	0.0699	0.2118	0.1719	0.141	0.0961	0.0441	-0.0891	0.0289	-0.0139	0.0716	0.1903	0.0869	0.1714	0.1284	0.0173	-0.0494	0.1325	0.0148	0.129	11.6794	7.0015	19.3106
7	0.4204	0.2665	0.0346	0.0585	-0.0036	0.2555	-0.0254	0.0264	0.0742	0.0165	0.0513	0.0416	-0.0355	0.045	0.0045	0.1402	0.0178	-0.0227	0.0989	0.0206	0.1528	9.3206	19.127	29.5445
8	0.6502	-0.6942	0.3434	0.1797	-0.1059	0.4826	0.1842	0.1225	0.012	0.0212	-0.0292	0.024	0.2418	0.04	0.1778	0.2421	0.0655	-0.0801	0.1684	-0.052	0.1552	13.5812	-3.8133	16.9072
9	0.2732	-0.0235	0.0782	0.229	-0.296	0.3856	-0.0614	0.0646	0.0035	0.0395	0.0504	0.0447	-0.028	0.1359	0.0002	0.1133	0.0101	-0.0101	0.1494	0.0042	0.1657	63.9523	14.1304	-11.2951
10	0.199	0.0556	-0.0604	0.0664	-0.0938	0.2784	-0.1634	0.1061	-0.1851	-0.0824	-0.0164	0.205	0.1248	-0.0674	-0.0645	0.1348	0.0298	-0.0607	0.2646	-0.0155	0.1401	42.4987	12.7951	-16.1889
11	0.2885	0.2538	0.176	-0.0076	-0.5951	0.3657	0.1546	-0.1797	-0.0698	0.1156	-0.0329	0.1643	0.0317	-0.2208	0.0107	0.3677	-0.0116	-0.0457	0.2035	0.0001	0.2789	41.6513	2.7932	6.4678
12	0.3543	0.1472	0.5128	0.3087	-0.1342	0.3908	0.0257	0.003	-0.1548	0.1675	-0.1061	-0.1418	0.0282	0.0434	-0.1697	0.1666	-0.0397	-0.0561	0.1553	-0.0185	0.1734	42.3948	-3.7447	-9.0146
13	0.0666	0.0698	0.0165	0.0986	0.1122	0.0724	-0.0368	-0.1956	0.3014	-0.0055	-0.0276	0.1716	0.133	-0.1667	-0	0.2513	-0.0304	0.0043	0.2392	-0.0699	0.2568	29.547	8.118	-10.3628
14	0.1737	-0.0448	0.1579	0.0452	-0.422	0.1513	0.0262	-0.0509	0.1019	-0.1379	-0.0523	-0.0581	0.1048	-0.0548	-0.0182	0.1284	-0.0003	-0.0472	0.1016	0.0033	0.1336	56.7367	7.1183	6.4691
15	0.4145	0.0803	0.1641	0.343	-0.2451	0.2256	-0.0483	-0.0434	0.1038	0.0672	0.0311	-0.0327	-0.1342	0.0412	-0	0.1629	0.0017	-0.0405	0.1372	-0.0174	0.1825	59.1688	19.1852	-3.7352
16	0.257	0.3548	0.2392	0.1067	-0.0117	0.2861	0.0099	-0.0157	-0.0647	-0.0274	-0.058	-0.0529	0.1688	-0.1575	-0.0275	0.1516	0.0074	-0.0596	0.1369	0.009	0.1515	54.6002	-3.8301	8.9693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 57:80	A	57 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 81:98	A	81 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 99:143	A	99 - 143
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 144:197	A	144 - 197
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 198:236	A	198 - 236
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 237:292	A	237 - 292
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 293:351	A	293 - 351
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 352:402	A	352 - 402
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and resid 8:80	B	8 - 80
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 81:98	B	81 - 98
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and resid 99:143	B	99 - 143
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and resid 144:197	B	144 - 197
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B and resid 198:236	B	198 - 236
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain B and resid 237:292	B	237 - 292
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain B and resid 293:351	B	293 - 351
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain B and resid 352:403	B	352 - 403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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