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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lhl | ||||||
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タイトル | Structure of the N-terminal domain of the Flo1 adhesin (N-Flo1p) from the yeast Saccharomyces cerevisiae | ||||||
要素 | Flocculation protein FLO1 | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / PA14 domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 flocculation / fungal-type cell wall / D-mannose binding / side of membrane / cell periphery / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å | ||||||
データ登録者 | Ielasi, F.S. / Willaert, R.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: MBio / 年: 2015 タイトル: Molecular mechanism of flocculation self-recognition in yeast and its role in mating and survival. 著者: Goossens, K.V. / Ielasi, F.S. / Nookaew, I. / Stals, I. / Alonso-Sarduy, L. / Daenen, L. / Van Mulders, S.E. / Stassen, C. / van Eijsden, R.G. / Siewers, V. / Delvaux, F.R. / Kasas, S. / ...著者: Goossens, K.V. / Ielasi, F.S. / Nookaew, I. / Stals, I. / Alonso-Sarduy, L. / Daenen, L. / Van Mulders, S.E. / Stassen, C. / van Eijsden, R.G. / Siewers, V. / Delvaux, F.R. / Kasas, S. / Nielsen, J. / Devreese, B. / Willaert, R.G. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013 タイトル: The mannose-specific lectin domains of Flo1p from Saccharomyces cerevisiae and Lg-Flo1p from S. pastorianus: crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the adhesin-carbohydrate complexes. 著者: Ielasi, F.S. / Goyal, P. / Sleutel, M. / Wohlkonig, A. / Willaert, R.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lhl.cif.gz | 118 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lhl.ent.gz | 89.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lhl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4lhl_validation.pdf.gz | 420.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4lhl_full_validation.pdf.gz | 420.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4lhl_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4lhl_validation.cif.gz | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lhl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lhl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28462.291 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain,UNP residues 23-271 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: BY4742 / 遺伝子: FLO1, FLO2, FLO4, FLO8, YAR050W / プラスミド: pET-21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2 (DE3) / 参照: UniProt: P32768 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Protein solution: 50 mM sodium acetate pH 5, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2 Crystallization condition: 2 M NaCl, 10% v/v EtOH, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月14日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→40.39 Å / Num. all: 56735 / Num. obs: 56735 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.47 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 4114 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2XJQ 解像度: 1.43→40.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.432 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.15 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.43→40.38 Å
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拘束条件 |
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