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- PDB-4lhl: Structure of the N-terminal domain of the Flo1 adhesin (N-Flo1p) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lhl
タイトルStructure of the N-terminal domain of the Flo1 adhesin (N-Flo1p) from the yeast Saccharomyces cerevisiae
要素Flocculation protein FLO1
キーワードCELL ADHESION / PA14 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


flocculation / fungal-type cell wall / D-mannose binding / side of membrane / cell periphery / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #20 / Rubrerythrin, domain 2 / Flocculin / Flocculin repeat / Jelly Rolls - #1560 / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 domain / PA14 / PA14 domain ...Rubrerythrin, domain 2 - #20 / Rubrerythrin, domain 2 / Flocculin / Flocculin repeat / Jelly Rolls - #1560 / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Other non-globular / Special / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flocculation protein FLO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Ielasi, F.S. / Willaert, R.G.
引用
ジャーナル: MBio / 年: 2015
タイトル: Molecular mechanism of flocculation self-recognition in yeast and its role in mating and survival.
著者: Goossens, K.V. / Ielasi, F.S. / Nookaew, I. / Stals, I. / Alonso-Sarduy, L. / Daenen, L. / Van Mulders, S.E. / Stassen, C. / van Eijsden, R.G. / Siewers, V. / Delvaux, F.R. / Kasas, S. / ...著者: Goossens, K.V. / Ielasi, F.S. / Nookaew, I. / Stals, I. / Alonso-Sarduy, L. / Daenen, L. / Van Mulders, S.E. / Stassen, C. / van Eijsden, R.G. / Siewers, V. / Delvaux, F.R. / Kasas, S. / Nielsen, J. / Devreese, B. / Willaert, R.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: The mannose-specific lectin domains of Flo1p from Saccharomyces cerevisiae and Lg-Flo1p from S. pastorianus: crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the adhesin-carbohydrate complexes.
著者: Ielasi, F.S. / Goyal, P. / Sleutel, M. / Wohlkonig, A. / Willaert, R.G.
履歴
登録2013年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32015年12月2日Group: Database references
改定 1.42016年6月8日Group: Database references
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flocculation protein FLO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4852
ポリマ－28,4621
非ポリマー231
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.800, 61.770, 106.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Flocculation protein FLO1 / Flocculin-1


分子量: 28462.291 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain,UNP residues 23-271 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: BY4742 / 遺伝子: FLO1, FLO2, FLO4, FLO8, YAR050W / プラスミド: pET-21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2 (DE3) / 参照: UniProt: P32768
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein solution: 50 mM sodium acetate pH 5, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2 Crystallization condition: 2 M NaCl, 10% v/v EtOH, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月14日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→40.39 Å / Num. all: 56735 / Num. obs: 56735 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.43→1.47 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 4114 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBESonline server位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
xia2automated systemデータ削減
xia2automated systemデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XJQ

2xjq


解像度: 1.43→40.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.432 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16527 2874 5.1 %RANDOM
Rwork0.13249 ---
all0.13417 53786 --
obs0.13417 53786 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0 Å2
2---0.07 Å2-0 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→40.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1878 0 1 233 2112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.021940
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0261.9522656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg13.0043887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2945247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.87525.37580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.14815269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.375151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.30533620
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.218596
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.95953701
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.467 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 201 -
Rwork0.169 3903 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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