PDB-4lhe: Crystal structure of closed form of Monoacylglycerol Lipase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lhe

タイトル

Crystal structure of closed form of Monoacylglycerol Lipase

要素

Thermostable monoacylglycerol lipase

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

acylglycerol lipase / monoacylglycerol lipase activity / carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.962 Å

データ登録者

Tsurumura, T. / Tsuge, H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2014
タイトル: Substrate selectivity of bacterial monoacylglycerol lipase based on crystal structure
著者: Tsurumura, T. / Tsuge, H.

履歴

登録	2013年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月24日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lhe.cif.gz	203.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lhe.ent.gz	164.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lhe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lhe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1r1dS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rli-d 3vhn-5 1led-d 3vhn-2 6q1u-2 5t5o-1 5cvd-2 1ddk-d 5t5l-2 4kea-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermostable monoacylglycerol lipase

B: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

55 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thermostable monoacylglycerol lipase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.755, 106.191, 43.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-420- HOH

#1: タンパク質	Thermostable monoacylglycerol lipase / MGLP 分子量: 27389.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus (バクテリア) / 株: H-257 / 発現宿主: Bacillus (バクテリア) / 株 (発現宿主): H-257 / 参照: UniProt: P82597, acylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 1.5M ammonium sulphate, 100mM citrate, 0.17M tartrate, 20% benzamidine, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→27.342 Å / Num. obs: 33489 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP	11	位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1R1D

1r1d

解像度: 1.962→27.342 Å / FOM work R set: 0.7702 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2802	1684	5.06 %
R_work	0.2432	31614	-
obs	0.2451	33298	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.84 Å² / B_iso mean: 39.76 Å² / B_iso min: 14.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.962→27.342 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3829	0	12	154	3995

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3932
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.314	5350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	598
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	691
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.947	1428

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.962-2.0197	0.3069	141	0.3019	2537	2678	98
2.0197-2.0849	0.3542	147	0.2784	2615	2762	100
2.0849-2.1594	0.2936	133	0.2825	2625	2758	100
2.1594-2.2458	0.3718	138	0.3565	2496	2634	96
2.2458-2.348	0.4459	124	0.3526	2564	2688	97
2.348-2.4717	0.2915	153	0.2738	2613	2766	100
2.4717-2.6264	0.3072	129	0.2644	2635	2764	100
2.6264-2.829	0.3387	154	0.2549	2637	2791	100
2.829-3.1134	0.3028	132	0.2607	2676	2808	100
3.1134-3.5631	0.2823	127	0.2194	2696	2823	100
3.5631-4.4859	0.2185	161	0.1982	2672	2833	100
4.4859-27.3449	0.218	145	0.2055	2848	2993	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7616	-0.3286	-0.3143	2.4543	0.5325	2.9205	0.0792	0.3961	0.3473	-0.4275	0.0836	-0.0891	-0.3928	0.0736	-0.1543	0.2951	-0.0096	0.0048	0.2309	0.018	0.2285	18.4879	3.3286	-10.8167
2	1.296	0.0772	0.8502	3.4181	-0.9698	3.4375	0.0712	-0.2844	0.289	0.3427	-0.0767	-0.3318	-0.4704	0.326	0.0107	0.3102	-0.0661	-0.0108	0.2799	-0.0218	0.2585	21.7859	4.9379	1.2773
3	1.7534	1.3395	0.1484	3.1498	-0.4187	1.9416	-0.0042	0.0065	-0.2065	-0.1741	-0.0278	-0.7313	-0.215	0.6888	0.0275	0.3546	-0.0646	-0	0.4346	0.0215	0.5073	34.8233	0.8239	-9.199
4	2.1614	0.9244	0.1899	2.3579	0.1733	4.0939	0.0786	-0.3391	-0.3309	0.2872	-0.043	-0.2275	0.4877	0.4284	-0.0371	0.271	0.0234	-0.0154	0.311	0.0475	0.2902	23.7201	-9.7677	3.7672
5	3.0488	0.2875	0.5272	3.7365	0.0761	2.8703	0.0887	-0.3707	-0.1682	0.3545	0.0105	0.4125	0.2101	-0.5384	-0.0898	0.2434	-0.0246	0.023	0.3148	0.0079	0.2517	45.8018	34.0819	-14.7938
6	3.3205	1.4052	-1.2926	1.4256	-0.044	1.4555	0.0965	-0.5636	-0.6623	0.1356	-0.1764	-0.2715	0.6491	-0.0601	0.0807	0.4632	-0.052	-0.0286	0.366	0.0601	0.508	51.5513	20.7737	-13.8367
7	2.4277	-0.1811	0.0945	2.9305	-0.4687	3.8562	-0.0057	0.3205	-0.1113	-0.3182	-0.007	-0.362	0.2626	0.2355	0.0197	0.2191	0.0098	0.0578	0.2324	0.001	0.2483	59.7721	29.4786	-25.5606

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 70 THROUGH 129 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 130 THROUGH 183 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 184 THROUGH 250 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 109 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 110 THROUGH 179 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 180 THROUGH 250 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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