PDB-4lh2: Structure of mouse 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase (ALDH4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lh2

タイトル

Structure of mouse 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase (ALDH4A1) complexed with succinate

要素

Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Proline catabolism / Substrate recognition / Rossmann Fold

機能・相同性

機能・相同性情報

Proline catabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.673 Å

データ登録者

Pemberton, T.A. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of substrate selectivity of Delta (1)-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase (ALDH4A1): Semialdehyde chain length.
著者: Pemberton, T.A. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2013年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lh2.cif.gz	417.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lh2.ent.gz	336.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lgzC 4lh0C 4lh1C 4lh3C 4v9jS 3v9g 3v9h 3v9i 3v9j 3v9k 3v9l C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lh1-d 4e3x-d 4lem-1 2bhp-d 3v9g-2 4lh3-d 2bhq-d 2ejl-d 2eit-d 4idm-1 2j40-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.884, 94.091, 132.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial / P5C dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 4 member A1 分子量: 61954.215 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 21-562 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: ADLH4a1, Aldh4a1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CHT0, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15-25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 148 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月24日

放射

モノクロメーター: osmic blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.673→19.677 Å / Num. all: 118798 / Num. obs: 118798 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.6 % / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 16.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.67-1.76	3.5	0.342	2.2	54933	15545	0.342	87.9
1.76-1.87	4.2	0.252	2.9	65802	15839	0.252	94.8
1.87-2	4.4	0.156	4.7	67994	15303	0.156	97.4
2-2.16	4.8	0.106	6.9	70666	14688	0.106	99.8
2.16-2.37	5	0.075	9.6	67564	13579	0.075	99.9
2.37-2.65	5.1	0.058	12	62826	12315	0.058	99.9
2.65-3.05	5.1	0.046	14.3	55807	10896	0.046	99.9
3.05-3.74	5.2	0.039	16	47762	9272	0.039	99.9
3.74-5.29	5.2	0.033	17.9	37893	7290	0.033	100
5.29-19.677	5	0.032	16.7	20341	4071	0.032	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 4V9J

4v9j

解像度: 1.673→19.677 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.8904 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 18.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1888	5928	5 %	common set
R_work	0.1636	-	-	-
obs	0.1649	118798	95.04 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.816 Å² / k_sol: 0.408 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.46 Å² / B_iso mean: 15.9034 Å² / B_iso min: 4.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9079 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.621 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2869 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.673→19.677 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8154	0	48	799	9001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8471
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.032	11536
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1511
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.937	3028

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6732-1.6922	0.3153	248	0.285	4536	4784	60
1.6922-1.7121	0.2799	325	0.247	6097	6422	82
1.7121-1.733	0.2396	342	0.2175	6618	6960	88
1.733-1.7549	0.2301	342	0.204	6635	6977	89
1.7549-1.778	0.2304	321	0.2033	6769	7090	90
1.778-1.8023	0.2338	340	0.1993	6754	7094	90
1.8023-1.8281	0.2147	329	0.2016	6839	7168	91
1.8281-1.8553	0.2613	299	0.2122	6828	7127	90
1.8553-1.8843	0.2345	397	0.1977	6837	7234	92
1.8843-1.9152	0.2152	348	0.1717	7028	7376	94
1.9152-1.9481	0.1994	384	0.166	7063	7447	95
1.9481-1.9835	0.1947	360	0.1616	7207	7567	96
1.9835-2.0217	0.1994	381	0.1632	7310	7691	98
2.0217-2.0629	0.1876	417	0.1647	7403	7820	99
2.0629-2.1077	0.2112	367	0.1645	7448	7815	99
2.1077-2.1567	0.2243	402	0.1596	7433	7835	100
2.1567-2.2105	0.1983	389	0.1544	7454	7843	100
2.2105-2.2702	0.1678	351	0.1523	7490	7841	100
2.2702-2.3369	0.1832	426	0.1569	7421	7847	100
2.3369-2.4122	0.2081	378	0.1554	7521	7899	100
2.4122-2.4983	0.1976	387	0.1594	7486	7873	100
2.4983-2.5981	0.1709	408	0.1556	7424	7832	100
2.5981-2.716	0.1897	451	0.1646	7409	7860	100
2.716-2.8588	0.2002	362	0.168	7547	7909	100
2.8588-3.0373	0.1724	425	0.1644	7425	7850	100
3.0373-3.2709	0.1936	423	0.1775	7442	7865	100
3.2709-3.5982	0.1759	421	0.1562	7413	7834	100
3.5982-4.1147	0.1577	404	0.1361	7455	7859	100
4.1147-5.1685	0.1423	391	0.1244	7452	7843	100
5.1685-19.678	0.1721	394	0.1701	7496	7890	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.225	-0.0417	-0.0631	0.0801	0.0562	0.1507	-0.0039	-0.0241	0.0285	-0.0036	0.0229	-0.0305	-0.0063	0.0487	-0.018	0.0115	-0.0018	0.0024	0.0886	-0.0041	0.0891	19.6004	0.7469	3.4381
2	0.2579	-0.0631	-0.035	0.0941	0.0426	0.1218	-0.0218	-0.0595	0.0052	0.0002	-0.0031	0.021	-0.0056	-0.0445	0.0251	0.0005	0.0104	0.0019	0.0737	-0.0115	0.0751	-12.3086	7.0717	18.3914

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain A	A	30 - 563
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Chain B	B	20 - 563

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)