PDB-4lh1: Structure of mouse 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase (ALDH4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lh1

タイトル

Structure of mouse 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase (ALDH4A1) complexed with malonate

要素

Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Proline catabolism Substrate recognition / Rossmann Fold

機能・相同性

機能・相同性情報

Proline catabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 / 解像度: 1.673 Å

データ登録者

Pemberton, T.A. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of substrate selectivity of Delta (1)-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase (ALDH4A1): Semialdehyde chain length.
著者: Pemberton, T.A. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2013年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月29日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lh1.cif.gz	415.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lh1.ent.gz	336.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lh1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lh1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lgzC 4lh0C 4lh2C 4lh3C 3v9g 3v9h 3v9i 3v9j 3v9k 3v9l C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lh2-d 4lh0-d 3v9h-2 3v9j-d 4lem-1 4lem-2 4ids-1 3v9g-2 2bhp-d 4idm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.921, 93.999, 132.068
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial / P5C dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 4 member A1 分子量: 61954.215 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 21-562 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aldh4a1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CHT0, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 748 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15-25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 148 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月3日

放射

モノクロメーター: osmic blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.672→19.647 Å / Num. all: 120594 / Num. obs: 120594 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.4 % / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.67-1.76	3.2	0.358	2.1	51398	16133	0.358	91.2
1.76-1.87	3.8	0.291	2.6	62712	16578	0.291	99.1
1.87-2	4.2	0.185	4.1	65937	15735	0.185	99.9
2-2.16	4.7	0.129	5.9	68904	14732	0.129	100
2.16-2.36	4.8	0.092	8.2	64748	13581	0.092	100
2.36-2.64	4.8	0.067	10.8	59414	12333	0.067	100
2.64-3.05	4.8	0.054	12.7	52672	10906	0.054	99.9
3.05-3.74	4.8	0.044	14.5	44957	9273	0.044	99.9
3.74-5.29	4.8	0.037	16.3	35242	7274	0.037	99.9
5.29-19.647	4.7	0.035	15.7	18940	4049	0.035	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.673→19.631 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8862 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1983	6014	4.99 %
R_work	0.1696	114483	-
obs	0.1711	120497	98.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.663 Å² / k_sol: 0.402 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.69 Å² / B_iso mean: 15.178 Å² / B_iso min: 4.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2238 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.1011 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.1226 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.673→19.631 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8175	0	46	748	8969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8463
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.032	11523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1507
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.902	3029

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6725-1.6915	0.2972	155	0.2918	2794	2949	73
1.6915-1.7114	0.2867	175	0.2671	3637	3812	94
1.7114-1.7322	0.2919	196	0.2374	3735	3931	98
1.7322-1.7542	0.2778	187	0.2264	3764	3951	98
1.7542-1.7772	0.2821	193	0.2151	3804	3997	98
1.7772-1.8016	0.2512	194	0.2149	3794	3988	99
1.8016-1.8273	0.2612	180	0.2096	3824	4004	99
1.8273-1.8545	0.2839	178	0.2088	3823	4001	99
1.8545-1.8835	0.2604	218	0.2062	3784	4002	99
1.8835-1.9143	0.246	202	0.1864	3831	4033	100
1.9143-1.9473	0.2037	199	0.1716	3823	4022	100
1.9473-1.9827	0.2209	195	0.1608	3864	4059	100
1.9827-2.0208	0.1929	204	0.1584	3834	4038	100
2.0208-2.062	0.1866	212	0.1608	3829	4041	100
2.062-2.1068	0.2118	193	0.1662	3870	4063	100
2.1068-2.1557	0.2296	201	0.1583	3851	4052	100
2.1557-2.2096	0.1882	201	0.1559	3851	4052	100
2.2096-2.2692	0.1911	181	0.1662	3867	4048	100
2.2692-2.3359	0.1826	221	0.1552	3843	4064	100
2.3359-2.4112	0.2036	195	0.1554	3899	4094	100
2.4112-2.4972	0.1898	205	0.1585	3876	4081	100
2.4972-2.597	0.1844	209	0.1591	3845	4054	100
2.597-2.7149	0.1951	230	0.1713	3840	4070	100
2.7149-2.8576	0.2227	190	0.1732	3924	4114	100
2.8576-3.036	0.1841	221	0.1736	3877	4098	100
3.036-3.2694	0.209	221	0.1876	3891	4112	100
3.2694-3.5966	0.1776	219	0.1647	3889	4108	100
3.5966-4.1129	0.1556	212	0.1432	3930	4142	100
4.1129-5.1662	0.1496	210	0.1287	3967	4177	100
5.1662-19.6326	0.1721	217	0.1678	4123	4340	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2714	-0.0322	-0.0575	0.1283	0.0683	0.1819	-0.0042	-0.0125	0.0274	-0.01	0.0201	-0.0283	-0.0157	0.0403	-0.0163	0.041	-0.0015	0.0021	0.0482	0.0017	0.0506	19.5838	0.7743	3.3398
2	0.3287	-0.0555	0.0039	0.1604	0.0419	0.0864	-0.0174	-0.0599	0.0125	0.0016	-0.0084	0.0108	-0.0136	-0.0295	0.0227	0.051	0.0086	0.0003	0.0526	-0.0078	0.0558	-12.3203	7.1223	18.1677

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain A	A	30 - 563
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Chain B	B	19 - 563

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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