PDB-4lgz: Structure of mouse 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase (ALDH4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lgz

タイトル

Structure of mouse 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase (ALDH4A1) complexed with acetate

要素

Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Proline catabolism / Substrate recognition / Rossmann Fold

機能・相同性

機能・相同性情報

Proline catabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 / 解像度: 1.675 Å

データ登録者

Pemberton, T.A. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of substrate selectivity of Delta (1)-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase (ALDH4A1): Semialdehyde chain length.
著者: Pemberton, T.A. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2013年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lgz.cif.gz	413.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lgz.ent.gz	334.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lgz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/4lgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/4lgz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lh0C 4lh1C 4lh2C 4lh3C 3v9g 3v9h 3v9i 3v9j 3v9k 3v9l 4hl0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v9k-d 3qan-2 2ej6-d 3rjl-12 3qan-1 1uzb-d 2j40-d 2eit-d 2ejl-d 2ejd-d 2ehq-d 2iy6-d 3rjl-10 3rjl-9 2bjk-d 2bja-d 2j5n-d 2eii-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.938, 93.880, 132.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial / P5C dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 4 member A1 分子量: 61954.215 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 21-563 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aldh4a1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CHT0, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15-25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 148 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月2日

放射

モノクロメーター: osmic blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.674→19.644 Å / Num. all: 119816 / Num. obs: 119816 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.4 % / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.67-1.76	3.3	0.263	2.9	52505	15691	0.263	89
1.76-1.87	3.8	0.2	3.8	63331	16521	0.2	99.2
1.87-2	4.2	0.134	5.6	66132	15699	0.134	99.8
2-2.16	4.7	0.097	7.5	69149	14647	0.097	99.9
2.16-2.37	4.8	0.074	9.5	65243	13542	0.074	100
2.37-2.65	4.8	0.062	10.7	59528	12277	0.062	100
2.65-3.06	4.9	0.052	12.2	53118	10872	0.052	100
3.06-3.74	4.9	0.046	13	45391	9248	0.046	100
3.74-5.29	4.9	0.041	14	35649	7262	0.041	100
5.29-19.644	4.7	0.04	12.9	19129	4057	0.04	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.675→19.616 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8934 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1941	5992	5 %
R_work	0.168	113730	-
obs	0.1693	119722	98.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.333 Å² / k_sol: 0.393 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.54 Å² / B_iso mean: 14.8965 Å² / B_iso min: 3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.345 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.7614 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4163 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.675→19.616 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8136	0	48	660	8844

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8451
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.041	11510
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1505
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.636	3012

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.675-1.694	0.2925	151	0.242	2679	2830	71
1.694-1.7139	0.2516	167	0.2115	3433	3600	90
1.7139-1.7348	0.2278	200	0.1963	3759	3959	99
1.7348-1.7568	0.2253	192	0.1928	3750	3942	99
1.7568-1.7799	0.2287	190	0.194	3819	4009	99
1.7799-1.8042	0.2468	192	0.1935	3787	3979	99
1.8042-1.83	0.2345	186	0.192	3785	3971	99
1.83-1.8573	0.2208	172	0.179	3808	3980	99
1.8573-1.8863	0.2136	227	0.1739	3803	4030	99
1.8863-1.9172	0.1977	200	0.1592	3783	3983	100
1.9172-1.9502	0.1918	188	0.1592	3814	4002	100
1.9502-1.9857	0.1965	202	0.1572	3816	4018	100
1.9857-2.0238	0.1879	199	0.1553	3829	4028	100
2.0238-2.0651	0.1794	215	0.1583	3792	4007	100
2.0651-2.1099	0.2048	188	0.161	3867	4055	100
2.1099-2.159	0.221	199	0.1605	3815	4014	100
2.159-2.2129	0.2116	197	0.1584	3834	4031	100
2.2129-2.2726	0.1899	187	0.1561	3859	4046	100
2.2726-2.3394	0.1758	226	0.1591	3826	4052	100
2.3394-2.4148	0.2094	189	0.1588	3871	4060	100
2.4148-2.5009	0.2051	204	0.1635	3844	4048	100
2.5009-2.6008	0.1765	207	0.1621	3832	4039	100
2.6008-2.7189	0.1944	229	0.1674	3816	4045	100
2.7189-2.8618	0.2045	187	0.179	3904	4091	100
2.8618-3.0405	0.1929	219	0.1755	3861	4080	100
3.0405-3.2743	0.2196	220	0.1911	3872	4092	100
3.2743-3.602	0.1754	219	0.1736	3892	4111	100
3.602-4.119	0.1701	213	0.158	3910	4123	100
4.119-5.1737	0.1661	211	0.1379	3949	4160	100
5.1737-19.6171	0.1695	216	0.1757	4121	4337	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3352	-0.0438	-0.0319	0.1301	0.0496	0.2321	0.0079	-0.0116	0.0456	-0.0166	0.0122	-0.0164	-0.02	0.0254	-0.0189	0.0454	-0.0012	0.0015	0.045	0.0007	0.0534	19.528	0.6564	3.2373
2	0.395	-0.0882	0.0142	0.1437	0.0705	0.0894	-0.0042	-0.0778	0.0394	0.0068	-0.0104	-0.005	-0.0234	-0.0318	0.0131	0.0435	0.0084	0.0019	0.0435	-0.0109	0.0414	-12.4351	7.1193	18.2824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain A	A	31 - 563
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Chain B	B	20 - 563

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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