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- PDB-4lg7: Crystal structure MBD4 MBD domain in complex with methylated CpG DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lg7
タイトルCrystal structure MBD4 MBD domain in complex with methylated CpG DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • Methyl-CpG-binding domain protein 4
キーワードHYDROLASE/DNA / Structural Genomics Consortium / SGC / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite DNA binding / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / DNA endonuclease activity / response to estradiol ...satellite DNA binding / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / depyrimidination / DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / DNA endonuclease activity / response to estradiol / nuclear speck / DNA repair / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / DNA glycosylase / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily ...Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / DNA glycosylase / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xu, C. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure MBD4 MBD domain in complex with methylated CpG DNA
著者: Xu, C. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J.
履歴
登録2013年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 4
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,18014
ポリマ－15,1803
非ポリマー011
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.367, 78.209, 40.557
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-CpG-binding endonuclease 1 / Methyl-CpG-binding protein MBD4 / Mismatch-specific DNA N-glycosylase


分子量: 7824.997 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 83-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD4, MED1 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2
参照: UniProt: O95243, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3677.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG400, 5% MPD, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES. protein:dna 1:1.2., pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→41.746 Å / Num. all: 5780 / Num. obs: 5780 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.647.10.9210.957008040.92198.8
2.64-2.870.571.455067820.5799.2
2.8-2.9970.396251077260.39699.6
2.99-3.2370.1654.348146890.16599.6
3.23-3.546.90.14.643866390.198.8
3.54-3.956.70.089.338975800.0899.9
3.95-4.566.50.06211.734435300.062100
4.56-5.596.50.0491428974480.049100
5.59-7.916.30.04115.622853620.04199.9
7.91-36.0045.30.02918.311762200.02999

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.12データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3VXX

3vxx


解像度: 2.5→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9332 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9179 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: Refmac, phenix, coot, molprobity server were also used during refinement. We note the small number of reflections in the x-validation free set and a significant discrepancy between average ...詳細: Refmac, phenix, coot, molprobity server were also used during refinement. We note the small number of reflections in the x-validation free set and a significant discrepancy between average refined and Wilson B-factors.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2594 259 4.51 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2142 5747 99.12 %-
原子変位パラメータBiso max: 112.01 Å2 / Biso mean: 57.9513 Å2 / Biso min: 29.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.6227 Å20 Å20 Å2
2--8.8159 Å20 Å2
3---9.8068 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数484 488 11 0 983
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d459SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes8HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes100HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1043HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion133SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact951SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1043HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1511HARMONIC21.35
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.25
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.79 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3506 73 4.65 %
Rwork0.2613 1498 -
all0.2656 1571 -
obs--99.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0521.48810.21569.3351.97135.0540.0805-0.07980.0739-0.0033-0.03820.2924-0.1166-0.092-0.0422-0.106-0.0027-0.0194-0.1517-0.00220.019954.487424.723453.9133
27.20730.73290.71555.0506-0.916111.9182-0.01760.45010.1713-0.44780.31150.04850.25570.4761-0.2939-0.05870.10140.0615-0.08860.0395-0.150358.34968.335251.5271
312.55440.09310.93023.29330.12789.20910.09170.3055-0.0473-0.31130.1339-0.10460.17660.1422-0.22560.08350.08070.0558-0.2683-0.0073-0.14359.59419.27451.2163
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A83 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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