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- PDB-4lg0: Structure of a ternary FOXO1-ETS1 DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lg0
タイトルStructure of a ternary FOXO1-ETS1 DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DAP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DTP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DTP*DCP*DCP*DTP*DGP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DGP*DT)-3')
  • Forkhead box protein O1
  • Protein C-ets-1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / PHOSPHOPROTEIN / PROTO-ONCOGENE / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / WINGED HELIX / FORKHEAD DOMAIN / ETS BINDING DOMAIN / HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING / PHOSPHORYLATION / NUCLEUS
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / PML body organization / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / neuronal stem cell population maintenance / regulation of neural precursor cell proliferation / response to fatty acid ...cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / PML body organization / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / neuronal stem cell population maintenance / regulation of neural precursor cell proliferation / response to fatty acid / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / cellular response to cold / FOXO-mediated transcription of cell death genes / temperature homeostasis / negative regulation of fat cell differentiation / protein acetylation / blood vessel development / fat cell differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / Regulation of localization of FOXO transcription factors / negative regulation of cell cycle / cellular response to nitric oxide / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of insulin secretion / regulation of angiogenesis / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of autophagy / energy homeostasis / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to starvation / positive regulation of endothelial cell migration / transcription corepressor binding / positive regulation of erythrocyte differentiation / nuclear receptor coactivator activity / protein phosphatase 2A binding / cell motility / promoter-specific chromatin binding / MAPK6/MAPK4 signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Oncogene Induced Senescence / chromatin DNA binding / beta-catenin binding / autophagy / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of angiogenesis / insulin receptor signaling pathway / gene expression / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / immune response / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / Fork head domain ...: / FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein C-ets-1 / Forkhead box protein O1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Birrane, G. / Choy, W.C. / Datta, D. / Geiger, C.A. / Grant, M.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a ternary FOXO1-ETS1 DNA complex
著者: Birrane, G. / Choy, W.C. / Datta, D. / Geiger, C.A. / Grant, M.A.
履歴
登録2013年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Forkhead box protein O1
B: Protein C-ets-1
C: DNA (5'-D(*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DTP*DCP*DCP*DTP*DGP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DGP*DT)-3')
D: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DAP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DTP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0806
ポリマ－40,8464
非ポリマー2342
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area16410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.658, 114.944, 136.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Forkhead box protein O1 / Forkhead box protein O1A / Forkhead in rhabdomyosarcoma


分子量: 14788.608 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Binding Domain, UNP residues 143-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKHR, FOXO1, FOXO1A / プラスミド: pET-50b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12778
#2: タンパク質 Protein C-ets-1 / p54


分子量: 13174.081 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding domain, UNP residues 331-440 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C-ets-1, ETS1, EWSR2 / プラスミド: pET-19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14921

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DTP*DCP*DCP*DTP*DGP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DGP*DT)-3')


分子量: 6401.128 Da / 分子数: 1 / 断片: FOX-ETS site from ve-Cadherin / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DAP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DTP*DG)-3')


分子量: 6482.253 Da / 分子数: 1 / 断片: FOX-ETS site from ve-Cadherin / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans.

-
非ポリマー , 3種, 72分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 400, 0.05M 2-Amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol, 0.1M potassium chloride, 0.01M magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075,0.9793,0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月12日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0751
20.97931
30.9791
反射解像度: 2.19→100 Å / Num. all: 27722 / Num. obs: 27722 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 49.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.8.0047精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.19→43.938 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 12.355 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1407 5.2 %RANDOM
Rwork0.19445 ---
all0.1968 25814 --
obs0.1968 25814 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.69 Å2-0 Å20 Å2
2---3.85 Å20 Å2
3---5.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→43.938 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1609 855 14 70 2548
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0162695
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5841.6463812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07934891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5025204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70223.41582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53515311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1521512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02623
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6285.282819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6265.273818
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.7327.8741022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.7297.8861023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4144.9881876
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4144.9871876
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5897.3762791
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.12740.9353337
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.12540.9543338
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.194→2.251 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 76 -
Rwork0.306 1460 -
obs--74.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29990.101-0.02060.3195-0.9493.9836-0.1278-0.3204-0.0605-0.16770.2017-0.01660.1658-0.7185-0.07390.21070.03950.03830.64930.04210.109332.76423.22718.297
22.53321.15740.07271.80940.09510.7639-0.12390.0255-0.0808-0.0554-0.1045-0.2970.09580.27650.22840.02870.09320.04630.50050.10630.276469.5724.9612.231
31.6654-1.01660.25311.03650.41660.88190.04540.1004-0.05250.0398-0.1233-0.00470.1366-0.02610.07780.08960.14680.06520.34470.07170.317654.14316.75815.344
42.1521-0.0486-1.32570.0626-0.10431.4295-0.04660.1913-0.18350.0515-0.16570.0626-0.17440.2840.21230.25130.03890.05660.48340.0220.305650.94521.55815.203
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A156 - 244
2X-RAY DIFFRACTION2B333 - 438
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 21
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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