[日本語] English
万見
- PDB-4lft: Structure of alpha-elapitoxin-Dpp2d isolated from Black Mamba (De... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lft
タイトルStructure of alpha-elapitoxin-Dpp2d isolated from Black Mamba (Dendroaspis polylepis) venom
要素Alpha-elapitoxin-Dpp2a
キーワードTOXIN / Long neurotoxin / three-finger-toxin / disulfide-rich / acetylcholine receptor inhibitor activity / expressed by the venom gland
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-elapitoxin-Dpp2a
類似検索 - 構成要素
生物種Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Wang, C.I.A. / Reeks, T. / Lewis, R.J. / Alewood, P.F. / Durek, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Isolation and Structural and Pharmacological Characterization of alpha-Elapitoxin-Dpp2d, an Amidated Three Finger Toxin from Black Mamba Venom.
著者: Wang, C.I. / Reeks, T. / Vetter, I. / Vergara, I. / Kovtun, O. / Lewis, R.J. / Alewood, P.F. / Durek, T.
履歴
登録2013年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-elapitoxin-Dpp2a
B: Alpha-elapitoxin-Dpp2a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0272
ポリマ－16,0272
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Alpha-elapitoxin-Dpp2a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0131
ポリマ－8,0131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Alpha-elapitoxin-Dpp2a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0131
ポリマ－8,0131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.595, 38.270, 39.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-elapitoxin-Dpp2a / Alpha-EPTX-Dpp2a / Long neurotoxin 1 / Neurotoxin gamma / Toxin VN1


分子量: 8013.313 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 65-136 / 由来タイプ: 天然
詳細: Isolated from crude venom using cation-exchange chromatography and reversed-phase chromatography.
由来: (天然) Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)
参照: UniProt: P01396
#2: 水 ChemComp-HOH / water / Alpha-EPTX-Dpp2a / Long neurotoxin 1 / Neurotoxin gamma / Toxin VN1


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS HAVE DEPOSITED A NEW ALPHA ELAPITOCIN DPP2D SEQUENCE IN UNIPROT WITH THE ASSIGNED ACCESSION ...AUTHORS HAVE DEPOSITED A NEW ALPHA ELAPITOCIN DPP2D SEQUENCE IN UNIPROT WITH THE ASSIGNED ACCESSION NUMBER C0HJD7

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: protein was dissolved in 2mM HCl, 5 mg/mL. reservoir: 0.1M TRIS-HCL, 2% (v/v) dioxane, 65% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月24日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→27.46 Å / Num. all: 121995 / Num. obs: 22047 / % possible obs: 92.85 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.53 % / Biso Wilson estimate: 23.903 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / 冗長度: 2.16 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 74.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NTN

1ntn


解像度: 1.7→27.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.917 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22371 848 5 %RANDOM
Rwork0.1978 ---
all0.19916 22047 --
obs0.19916 15981 92.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.903 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1034 0 0 133 1167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.021066
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2671.9511439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9563.0172333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1455136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.02124.28642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.41815195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.195157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5082.049544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5032.049543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4523.076677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.453.074678
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4862.451522
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4832.45523
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2923.485762
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.31517.8591208
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.01517.2861164
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 45 -
Rwork0.25 946 -
obs-946 74.79 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る