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- PDB-4ley: Structure of mouse cGAS bound to 18 bp DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ley
タイトルStructure of mouse cGAS bound to 18 bp DNA
要素
  • 18 bp dsDNA
  • Cyclic GMP-AMP synthase
キーワードTRANSFERASE/DNA / NTase / DNA sensor / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway ...regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cellular response to exogenous dsRNA / regulation of immune response / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / cAMP-mediated signaling / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / DNA repair / innate immune response / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 ...Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, P.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: Cyclic GMP-AMP Synthase Is Activated by Double-Stranded DNA-Induced Oligomerization.
著者: Li, X. / Shu, C. / Yi, G. / Chaton, C.T. / Shelton, C.L. / Diao, J. / Zuo, X. / Kao, C.C. / Herr, A.B. / Li, P.
履歴
登録2013年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
B: Cyclic GMP-AMP synthase
C: Cyclic GMP-AMP synthase
D: Cyclic GMP-AMP synthase
E: 18 bp dsDNA
F: 18 bp dsDNA
G: 18 bp dsDNA
H: 18 bp dsDNA
I: 18 bp dsDNA
J: 18 bp dsDNA
K: 18 bp dsDNA
L: 18 bp dsDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,31716
ポリマ－216,05512
非ポリマー2624
水11,367631
1
A: Cyclic GMP-AMP synthase
C: Cyclic GMP-AMP synthase
E: 18 bp dsDNA
F: 18 bp dsDNA
I: 18 bp dsDNA
J: 18 bp dsDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1598
ポリマ－108,0286
非ポリマー1312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9760 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area43620 Å2
手法PISA
2
B: Cyclic GMP-AMP synthase
D: Cyclic GMP-AMP synthase
G: 18 bp dsDNA
H: 18 bp dsDNA
K: 18 bp dsDNA
L: 18 bp dsDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1598
ポリマ－108,0286
非ポリマー1312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9760 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area43320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.377, 145.895, 100.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / m-cGAS / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42984.664 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 142-507 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mb21d1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8C6L5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: DNA鎖
18 bp dsDNA


分子量: 5514.603 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 24-36% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 153 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月31日 / 詳細: Osmic
放射モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40.8 Å / Num. all: 78350 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: human cGAS

解像度: 2.5→40.773 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.63 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1911 1993 2.55 %Random
Rwork0.161 ---
obs-78261 99.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11876 2928 4 631 15439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00515412
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94221332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7696140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5009-2.56340.32851450.28665411X-RAY DIFFRACTION97
2.5634-2.63270.31741430.26885422X-RAY DIFFRACTION97
2.6327-2.71010.30631460.24825441X-RAY DIFFRACTION97
2.7101-2.79760.27981400.2345434X-RAY DIFFRACTION97
2.7976-2.89750.2451420.2065437X-RAY DIFFRACTION97
2.8975-3.01340.2551440.19525412X-RAY DIFFRACTION97
3.0134-3.15040.22231400.18055436X-RAY DIFFRACTION97
3.1504-3.31630.21551400.15845403X-RAY DIFFRACTION97
3.3163-3.52380.19081410.15235471X-RAY DIFFRACTION97
3.5238-3.79540.17891430.15175414X-RAY DIFFRACTION97
3.7954-4.17650.17061410.13385438X-RAY DIFFRACTION97
4.1765-4.77890.15031460.11425452X-RAY DIFFRACTION97
4.7789-6.01330.12911420.12115488X-RAY DIFFRACTION97
6.0133-30.51650.12861400.12635507X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05030.00150.03010.0403-0.05120.0905-0.006-0.2718-0.04840.05290.1566-0.0227-0.0310.04940.00280.2106-0.02510.02050.2328-0.02490.256137.0976-1.796437.5737
20.0477-0.05150.01520.0433-0.01620.03750.03320.0815-0.0564-0.05190.0564-0.09280.0118-0.04060.02580.26410.09120.07860.14570.08260.345430.8988-8.431630.1544
30.01940.03590.06220.05990.09420.16450.00210.08960.0620.00190.0743-0.11180.2349-0.16970.00020.1568-0.0496-0.06140.40280.0960.279515.9135-9.357720.0079
40.0020.00110.00370.00330.00390.0049-0.090.074-0.0455-0.0876-0.00170.04250.099-0.021500.3846-0.1398-0.09040.3710.00860.449213.1831-23.111318.5202
50.01540.0159-0.03540.0663-0.02310.0685-0.0076-0.1579-0.15110.01120.10850.13530.0023-0.1259-00.19550.00680.00540.27250.0940.274824.3413-13.07938.0082
60.0560.06750.00880.1519-0.12920.2770.11680.08920.0613-0.06890.1030.1460.1113-0.24560.45760.13510.0312-0.02360.3380.18260.149623.88581.270212.1767
70.313-0.1269-0.14230.34650.31640.29170.01510.0310.1220.170.1679-0.0037-0.0344-0.09540.23580.16570.023-0.04030.35020.16930.271416.9031-4.213324.6877
80.1241-0.026-0.27320.00080.07710.55330.27780.10360.32860.08380.07880.0918-0.6147-0.40770.99880.3240.32680.27320.11330.07710.326723.75314.247227.308
90.0455-0.00540.08740.0018-0.01270.17360.10180.02040.13570.00970.1777-0.0956-0.18740.03270.1960.62180.27090.30670.45880.00510.560917.731820.519740.2512
100.06620.02570.05910.0201-0.00050.09570.0005-0.28130.0263-0.0370.05760.13210.0083-0.07470.02280.1471-0.0032-0.0310.2127-0.04170.24481.94844.002368.0974
110.0438-0.0010.04850.01250.00210.04860.09040.07220.04360.0567-0.03160.0794-0.0581-0.125700.24760.033-0.01960.2114-0.02340.21219.000651.054460.5329
120.08570.06170.13140.3611-0.00110.2179-0.0601-0.0110.0693-0.0139-0.0885-0.0335-0.14080.0259-0.13540.1787-0.0013-0.05190.2527-0.03860.136220.035356.668660.4036
130.21090.00340.01550.15570.05110.16840.06110.0322-0.2959-0.023-0.0116-0.17250.09670.0965-0.00770.12440.0195-0.06560.1852-0.00270.231316.753132.22755.8005
140.0473-0.0023-0.09430.00960.01610.1638-0.03020.1012-0.0267-0.0550.1127-0.0489-0.0584-0.17990.0020.1934-0.0576-0.0130.21240.02370.193441.1385-1.8799-13.4853
150.1955-0.0035-0.16560.16820.03530.1324-0.02720.0387-0.07180.04220.0616-0.01890.1560.1112-00.1778-0.0087-0.0210.2121-0.02640.169354.857-10.2922-6.3794
160.23270.02680.02550.1642-0.10530.30750.08480.03670.07520.0430.1050.0953-0.14490.17610.01750.2174-0.04270.04080.2068-0.00550.18854.650411.7342-4.4487
170.25490.05720.19890.1069-0.05750.2303-0.01220.21450.09420.05120.0426-0.00280.02990.01970.00530.2085-0.0176-0.03280.2702-0.04910.2166-8.184149.471521.6915
180.0489-0.00260.01820.0005-0.00080.0064-0.0123-0.03640.03450.0750.08990.0081-0.102-0.05580.0460.39890.0956-0.16510.21230.01410.611-21.140968.319331.6832
190.0259-0.06550.03610.2148-0.11820.0607-0.06950.12640.05250.11380.0416-0.0704-0.0121-0.0684-0.00560.1273-0.0344-0.020.2596-0.04320.1658-13.822350.553124.212
200.09140.1294-0.05750.2914-0.26550.64870.06250.071-0.0956-0.01470.1120.04370.2298-0.21750.31270.2433-0.0624-0.08170.2386-0.08920.2499-15.70428.320423.1336
210.0006-0.00010.00240.00160.00170.0062-0.07880.0485-0.0325-0.0699-0.0251-0.10180.0034-0.0621-0.00030.84240.0145-0.18120.442-0.12990.711747.3058-30.755413.4841
220.04830.0861-0.05050.1636-0.09120.11860.1325-0.0583-0.07520.02460.00250.18920.02480.09810.03750.2286-0.0679-0.09220.1465-0.03330.179347.8941-7.41724.2885
230.00410.00180.00040.00110.00210.00770.00740.0019-0.04740.09820.0112-0.0042-0.0386-0.0368-0.00010.3548-0.12630.03740.3033-0.04430.292848.59699.770737.637
240.00220.00280.00150.00180.00130.0007-0.00060.0382-0.0265-0.0721-0.0428-0.0183-0.0510.09320.00020.3164-0.18070.05630.43-0.11130.503454.03297.005432.2329
250.0150.0015-0.00580.0057-0.00860.01050.1441-0.0512-0.1033-0.07090.0889-0.11430.1052-0.01770.00020.21420.0293-0.0130.2185-0.07090.207343.1806-5.485124.718
260.0081-0.0045-0.00660.00620.0040.00630.06530.0328-0.0535-0.0160.00960.02870.00420.001300.550.1037-0.07560.2416-0.06910.45151.3004-21.160519.0825
270.00710.001-0.00230-00.00060.00410.0165-0.0055-0.0002-0.0096-0.0135-0.0064-0.0627-00.738-0.2407-0.00080.4614-0.10490.915144.501-35.083219.2814
280.00180.00090.00080.00110.00280.00610.0508-0.1046-0.0028-0.0712-0.0171-0.0812-0.0271-0.0114-00.438-0.1232-0.05880.2621-0.00020.4368-6.574362.136754.6155
29-0.0001-0.0007-0.0002-0.00020.0004-0.0006-0.1127-0.05570.02960.0076-0.19150.0913-0.0199-0.0229-00.32770.0210.0320.223-0.02510.2301-10.505944.27853.2588
300.01980.00760.00050.02340.00210.00380.0837-0.0836-0.0127-0.05550.08850.01670.08480.01420.00430.3681-0.14550.10970.34310.0350.5612-10.096631.845467.1972
310.00230.00360.00080.00570.00220.00090.04640.01130.015-0.0084-0.04050.03140.0418-0.0147-0.00010.6968-0.26130.00480.6793-0.05960.9187-19.861720.232366.5064
320.0454-0.0164-0.0380.01170.01210.0333-0.02220.0459-0.0556-0.0509-0.075-0.0273-0.0038-0.0258-0.00391.0293-0.15020.1890.3418-0.07481.1954-12.568421.199363.5368
330.0858-0.0293-0.01150.0368-0.02830.05190.1006-0.2005-0.1143-0.2204-0.19090.2703-0.16620.0753-0.00130.35710.0003-0.01430.2624-0.02240.3156-9.640949.502355.7721
340.00110.0016-0.00170.0021-0.00190.00120.061-0.00380.03410.01390.01350.03660.0010.0088-00.8552-0.3143-0.1360.90320.03440.819829.1524-17.4192-3.9536
350.04340.0026-0.02470.00520.01580.08520.2165-0.10440.0764-0.1735-0.00630.19680.0454-0.14890.01150.25580.0568-0.02720.39170.16380.510225.264912.6449-8.6002
360.0005-0.0009-0.00130.00090.00060.0037-0.0788-0.03470.01530.0021-0.11250.017-0.01020.01980.00010.9049-0.00750.07220.51530.11811.127426.754925.3426-8.9974
370.02560.0263-0.00890.01950.0030.04690.14180.14080.20490.1007-0.18380.16340.2616-0.0337-0.00020.4318-0.0525-0.00170.34160.10120.355626.6703-3.8195-4.164
380.004-0.004-0.00410.0050.00210.0061-0.0367-0.04320.0063-0.0126-0.07880.00840.0409-0.040400.70190.01520.05060.3198-0.02030.585710.830877.173433.7344
390.3188-0.19720.11150.144-0.08520.12240.11670.24340.122-0.105-0.1595-0.15880.02260.0357-0.15150.2960.0450.06120.2785-0.06850.251711.620247.688425.651
400.0147-0.01210.02790.009-0.02070.0409-0.06460.1703-0.11850.13680.0391-0.1877-0.14810.0147-00.353-0.0055-0.00940.4522-0.16410.37511.071243.723525.0493
410.01240.00560.00720.00270.00240.00660.11730.067-0.03480.0173-0.10640.0108-0.05560.026800.37170.058-0.02030.2718-0.02660.337315.594567.377430.1669
420.0079-0.00230.00110.00630.00260.00890.04080.04650.0182-0.0043-0.01530.01950.0131-0.02800.53920.2134-0.00080.6361-0.04080.68727.528980.087927.142
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 149 through 183 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 184 through 210 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 211 through 239 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 240 through 258 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 259 through 314 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 315 through 349 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 350 through 376 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 377 through 482 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 483 through 507 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 149 through 183 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 184 through 219 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 220 through 314 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 315 through 507 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 149 through 210 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 211 through 333 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 334 through 507 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 149 through 239 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 240 through 258 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 259 through 376 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 377 through 507 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 1 through 5 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 6 through 15 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 16 through 18 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 1 through 5 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 6 through 10 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 11 through 15 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 16 through 18 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 1 through 5 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 6 through 10 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 11 through 15 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 16 through 18 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 1 through 5 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 6 through 18 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'I' and (resid 1 through 5 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'I' and (resid 6 through 18 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'J' and (resid 1 through 5 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'J' and (resid 6 through 18 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'K' and (resid 1 through 5 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'K' and (resid 6 through 18 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'L' and (resid 1 through 10 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'L' and (resid 11 through 15 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'L' and (resid 16 through 18 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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