PDB-4ley: Structure of mouse cGAS bound to 18 bp DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ley

タイトル

Structure of mouse cGAS bound to 18 bp DNA

要素

18 bp dsDNA
Cyclic GMP-AMP synthase

キーワード

TRANSFERASE/DNA / NTase / DNA sensor / TRANSFERASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / regulation of type I interferon production / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / : / regulation of T cell activation / cGAS/STING signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Li, P.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: Cyclic GMP-AMP Synthase Is Activated by Double-Stranded DNA-Induced Oligomerization.
著者: Li, X. / Shu, C. / Yi, G. / Chaton, C.T. / Shelton, C.L. / Diao, J. / Zuo, X. / Kao, C.C. / Herr, A.B. / Li, P.

履歴

登録	2013年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月8日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ley.cif.gz	753.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ley.ent.gz	619.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ley.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4ley ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4ley	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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TALエフェクター (TAL Effectors)
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異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
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トランスポザーゼ (Transposase)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclic GMP-AMP synthase

B: Cyclic GMP-AMP synthase

C: Cyclic GMP-AMP synthase

D: Cyclic GMP-AMP synthase

E: 18 bp dsDNA

F: 18 bp dsDNA

G: 18 bp dsDNA

H: 18 bp dsDNA

I: 18 bp dsDNA

J: 18 bp dsDNA

K: 18 bp dsDNA

L: 18 bp dsDNA

ヘテロ分子

216 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cyclic GMP-AMP synthase

C: Cyclic GMP-AMP synthase

E: 18 bp dsDNA

F: 18 bp dsDNA

I: 18 bp dsDNA

J: 18 bp dsDNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 6 ポリマー
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2

B: Cyclic GMP-AMP synthase

D: Cyclic GMP-AMP synthase

G: 18 bp dsDNA

H: 18 bp dsDNA

K: 18 bp dsDNA

L: 18 bp dsDNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.377, 145.895, 100.963
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / m-cGAS / Mab-21 domain-containing protein 1 分子量: 42984.664 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 142-507 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mb21d1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8C6L5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: DNA鎖	18 bp dsDNA 分子量: 5514.603 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.96 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 24-36% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 153 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月31日 / 詳細: Osmic
放射	モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40.8 Å / Num. all: 78350 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.107 / R_sym value: 0.107 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: human cGAS

解像度: 2.5→40.773 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.63 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1911	1993	2.55 %	Random
R_work	0.161	-	-	-
obs	-	78261	99.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.773 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11876	2928	4	631	15439

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	15412
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.942	21332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.769	6140
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2316
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2208

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5009-2.5634	0.3285	145	0.2866	5411	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5634-2.6327	0.3174	143	0.2688	5422	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6327-2.7101	0.3063	146	0.2482	5441	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7101-2.7976	0.2798	140	0.234	5434	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7976-2.8975	0.245	142	0.206	5437	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8975-3.0134	0.255	144	0.1952	5412	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0134-3.1504	0.2223	140	0.1805	5436	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1504-3.3163	0.2155	140	0.1584	5403	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3163-3.5238	0.1908	141	0.1523	5471	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5238-3.7954	0.1789	143	0.1517	5414	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7954-4.1765	0.1706	141	0.1338	5438	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1765-4.7789	0.1503	146	0.1142	5452	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7789-6.0133	0.1291	142	0.1211	5488	X-RAY DIFFRACTION	97
6.0133-30.5165	0.1286	140	0.1263	5507	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0503	0.0015	0.0301	0.0403	-0.0512	0.0905	-0.006	-0.2718	-0.0484	0.0529	0.1566	-0.0227	-0.031	0.0494	0.0028	0.2106	-0.0251	0.0205	0.2328	-0.0249	0.2561	37.0976	-1.7964	37.5737
2	0.0477	-0.0515	0.0152	0.0433	-0.0162	0.0375	0.0332	0.0815	-0.0564	-0.0519	0.0564	-0.0928	0.0118	-0.0406	0.0258	0.2641	0.0912	0.0786	0.1457	0.0826	0.3454	30.8988	-8.4316	30.1544
3	0.0194	0.0359	0.0622	0.0599	0.0942	0.1645	0.0021	0.0896	0.062	0.0019	0.0743	-0.1118	0.2349	-0.1697	0.0002	0.1568	-0.0496	-0.0614	0.4028	0.096	0.2795	15.9135	-9.3577	20.0079
4	0.002	0.0011	0.0037	0.0033	0.0039	0.0049	-0.09	0.074	-0.0455	-0.0876	-0.0017	0.0425	0.099	-0.0215	0	0.3846	-0.1398	-0.0904	0.371	0.0086	0.4492	13.1831	-23.1113	18.5202
5	0.0154	0.0159	-0.0354	0.0663	-0.0231	0.0685	-0.0076	-0.1579	-0.1511	0.0112	0.1085	0.1353	0.0023	-0.1259	-0	0.1955	0.0068	0.0054	0.2725	0.094	0.2748	24.3413	-13.079	38.0082
6	0.056	0.0675	0.0088	0.1519	-0.1292	0.277	0.1168	0.0892	0.0613	-0.0689	0.103	0.146	0.1113	-0.2456	0.4576	0.1351	0.0312	-0.0236	0.338	0.1826	0.1496	23.8858	1.2702	12.1767
7	0.313	-0.1269	-0.1423	0.3465	0.3164	0.2917	0.0151	0.031	0.122	0.17	0.1679	-0.0037	-0.0344	-0.0954	0.2358	0.1657	0.023	-0.0403	0.3502	0.1693	0.2714	16.9031	-4.2133	24.6877
8	0.1241	-0.026	-0.2732	0.0008	0.0771	0.5533	0.2778	0.1036	0.3286	0.0838	0.0788	0.0918	-0.6147	-0.4077	0.9988	0.324	0.3268	0.2732	0.1133	0.0771	0.3267	23.753	14.2472	27.308
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10	0.0662	0.0257	0.0591	0.0201	-0.0005	0.0957	0.0005	-0.2813	0.0263	-0.037	0.0576	0.1321	0.0083	-0.0747	0.0228	0.1471	-0.0032	-0.031	0.2127	-0.0417	0.2448	1.948	44.0023	68.0974
11	0.0438	-0.001	0.0485	0.0125	0.0021	0.0486	0.0904	0.0722	0.0436	0.0567	-0.0316	0.0794	-0.0581	-0.1257	0	0.2476	0.033	-0.0196	0.2114	-0.0234	0.2121	9.0006	51.0544	60.5329
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14	0.0473	-0.0023	-0.0943	0.0096	0.0161	0.1638	-0.0302	0.1012	-0.0267	-0.055	0.1127	-0.0489	-0.0584	-0.1799	0.002	0.1934	-0.0576	-0.013	0.2124	0.0237	0.1934	41.1385	-1.8799	-13.4853
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17	0.2549	0.0572	0.1989	0.1069	-0.0575	0.2303	-0.0122	0.2145	0.0942	0.0512	0.0426	-0.0028	0.0299	0.0197	0.0053	0.2085	-0.0176	-0.0328	0.2702	-0.0491	0.2166	-8.1841	49.4715	21.6915
18	0.0489	-0.0026	0.0182	0.0005	-0.0008	0.0064	-0.0123	-0.0364	0.0345	0.075	0.0899	0.0081	-0.102	-0.0558	0.046	0.3989	0.0956	-0.1651	0.2123	0.0141	0.611	-21.1409	68.3193	31.6832
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26	0.0081	-0.0045	-0.0066	0.0062	0.004	0.0063	0.0653	0.0328	-0.0535	-0.016	0.0096	0.0287	0.0042	0.0013	0	0.55	0.1037	-0.0756	0.2416	-0.0691	0.451	51.3004	-21.1605	19.0825
27	0.0071	0.001	-0.0023	0	-0	0.0006	0.0041	0.0165	-0.0055	-0.0002	-0.0096	-0.0135	-0.0064	-0.0627	-0	0.738	-0.2407	-0.0008	0.4614	-0.1049	0.9151	44.501	-35.0832	19.2814
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35	0.0434	0.0026	-0.0247	0.0052	0.0158	0.0852	0.2165	-0.1044	0.0764	-0.1735	-0.0063	0.1968	0.0454	-0.1489	0.0115	0.2558	0.0568	-0.0272	0.3917	0.1638	0.5102	25.2649	12.6449	-8.6002
36	0.0005	-0.0009	-0.0013	0.0009	0.0006	0.0037	-0.0788	-0.0347	0.0153	0.0021	-0.1125	0.017	-0.0102	0.0198	0.0001	0.9049	-0.0075	0.0722	0.5153	0.1181	1.1274	26.7549	25.3426	-8.9974
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39	0.3188	-0.1972	0.1115	0.144	-0.0852	0.1224	0.1167	0.2434	0.122	-0.105	-0.1595	-0.1588	0.0226	0.0357	-0.1515	0.296	0.045	0.0612	0.2785	-0.0685	0.2517	11.6202	47.6884	25.651
40	0.0147	-0.0121	0.0279	0.009	-0.0207	0.0409	-0.0646	0.1703	-0.1185	0.1368	0.0391	-0.1877	-0.1481	0.0147	-0	0.353	-0.0055	-0.0094	0.4522	-0.1641	0.375	11.0712	43.7235	25.0493
41	0.0124	0.0056	0.0072	0.0027	0.0024	0.0066	0.1173	0.067	-0.0348	0.0173	-0.1064	0.0108	-0.0556	0.0268	0	0.3717	0.058	-0.0203	0.2718	-0.0266	0.3373	15.5945	67.3774	30.1669
42	0.0079	-0.0023	0.0011	0.0063	0.0026	0.0089	0.0408	0.0465	0.0182	-0.0043	-0.0153	0.0195	0.0131	-0.028	0	0.5392	0.2134	-0.0008	0.6361	-0.0408	0.6872	7.5289	80.0879	27.142

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 149 through 183 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 184 through 210 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 211 through 239 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 240 through 258 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 259 through 314 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 315 through 349 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 350 through 376 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 377 through 482 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 483 through 507 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 149 through 183 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 184 through 219 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 220 through 314 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 315 through 507 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 149 through 210 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 211 through 333 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 334 through 507 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 149 through 239 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 240 through 258 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 259 through 376 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 377 through 507 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 1 through 5 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 6 through 15 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 16 through 18 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 1 through 5 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 6 through 10 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 11 through 15 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 16 through 18 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 1 through 5 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 6 through 10 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 11 through 15 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 16 through 18 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'H' and (resid 1 through 5 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 6 through 18 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'I' and (resid 1 through 5 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'I' and (resid 6 through 18 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'J' and (resid 1 through 5 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'J' and (resid 6 through 18 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'K' and (resid 1 through 5 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'K' and (resid 6 through 18 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'L' and (resid 1 through 10 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'L' and (resid 11 through 15 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'L' and (resid 16 through 18 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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