PDB-4lew: Structure of human cGAS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lew

タイトル

Structure of human cGAS

要素

Cyclic GMP-AMP synthase

キーワード

TRANSFERASE / NTase / DNA sensor

機能・相同性

機能・相同性情報

2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Li, P.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: Cyclic GMP-AMP Synthase Is Activated by Double-Stranded DNA-Induced Oligomerization.
著者: Li, X. / Shu, C. / Yi, G. / Chaton, C.T. / Shelton, C.L. / Diao, J. / Zuo, X. / Kao, C.C. / Herr, A.B. / Li, P.

履歴

登録	2013年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月8日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lew.cif.gz	316.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lew.ent.gz	260 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lew_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lew_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	4lew_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	4lew_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4lew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4lew	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4levC 4leyC 4lezC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nfo-2 4km5-d 5vdw-2 6nao-1 6nfo-1 4k8v-1 5vdv-1 5vdu-1 3pns-5 5vds-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Cyclic GMP-AMP synthase

A: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

86.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.815, 111.480, 76.414
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / h-cGAS / Mab-21 domain-containing protein 1 分子量: 42993.742 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 157-522 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MB21D1, C6orf150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8N884, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15-20% PEG 3350, 0.2 M A.S., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 153 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月23日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→43.1 Å / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 31.2
反射シェル	解像度: 2.04→2.08 Å / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.04→40.747 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2228	3973	4.06 %	Random
R_work	0.1787	-	-	-
obs	0.1805	97840	99.57 %	-
all	-	98377	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→40.747 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5913	0	2	363	6278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6030
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.122	8089
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.809	2331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	876
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1029

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0398-2.0647	0.2874	140	0.2607	3159	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0647-2.0908	0.2879	158	0.2425	3346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0908-2.1183	0.2995	125	0.2287	3428	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1183-2.1473	0.2347	140	0.2245	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1473-2.178	0.2429	160	0.2136	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.178-2.2105	0.2709	135	0.208	3384	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2105-2.245	0.2062	143	0.1971	3371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.245-2.2818	0.2518	148	0.1976	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2818-2.3212	0.2172	126	0.189	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3212-2.3634	0.2492	159	0.1825	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3634-2.4088	0.2634	126	0.1905	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4088-2.458	0.2236	154	0.1834	3413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.458-2.5114	0.2363	126	0.1738	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5114-2.5699	0.1774	147	0.1674	3396	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5699-2.6341	0.2529	143	0.1843	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6341-2.7053	0.213	150	0.1759	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7053-2.7849	0.2266	119	0.1818	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7849-2.8748	0.284	152	0.1987	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8748-2.9775	0.3111	142	0.193	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9775-3.0967	0.2423	135	0.1963	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0967-3.2375	0.2551	143	0.1874	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2375-3.4082	0.211	151	0.1746	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4082-3.6216	0.2096	132	0.1655	3402	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6216-3.901	0.2033	144	0.1621	3346	X-RAY DIFFRACTION	100
3.901-4.2932	0.1944	138	0.1506	3364	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2932-4.9135	0.175	151	0.1494	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9135-6.187	0.19	145	0.1737	3345	X-RAY DIFFRACTION	99
6.187-40.7552	0.2309	141	0.1794	3303	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.3349	1.6196	-0.68	4.2775	-1.3391	0.2725	0.0515	0.3679	0.3033	-0.1688	0.2001	1.0987	0.0079	-0.5895	-0.1327	0.5272	-0.0946	0.0095	0.6244	0.1615	0.8515	-22.1683	78.2677	62.044
2	2.2824	-1.7173	0.9717	3.0337	-1.1199	3.0973	0.0076	-0.2467	0.4986	0.6538	0.2304	-0.4263	-1.032	0.3256	-0.2624	0.8	-0.1643	0.1179	0.4165	-0.091	0.4472	-5.8414	95.0963	69.8216
3	1.6426	-0.1797	-0.4982	2.4084	0.5771	2.8371	0.0709	-0.2901	0.3471	0.2432	0.109	0.2722	-0.4152	-0.0432	-0.1338	0.2411	-0.0494	0.0697	0.3303	-0.019	0.2583	-10.075	80.0853	66.8447
4	1.2869	-0.2065	-1.2268	1.75	0.8357	4.0756	-0.1723	-0.1474	-0.0721	0.4677	0.0087	0.1904	0.5935	-0.1709	0.1003	0.3381	-0.0383	0.029	0.3418	0.0623	0.194	-12.9288	64.7875	77.9333
5	2.5566	1.2226	0.0565	8.1525	1.2297	2.9931	0.3084	-0.1272	-0.3783	0.3818	-0.0344	-0.6256	0.0235	0.3017	-0.1587	0.2513	0.0109	-0.0306	0.2498	0.0772	0.4041	22.6698	56.2283	41.2551
6	1.9399	1.7902	0.8479	3.0203	1.0233	1.6007	0.0692	-0.0472	0.0178	-0.1543	0.0027	-0.4532	-0.182	0.009	0.0005	0.1919	0.0044	0.0098	0.1761	-0.0215	0.3822	7.7733	86.1727	33.5728
7	1.3081	0.3895	-0.4564	3.1624	-0.1925	0.9591	-0.0935	-0.0117	0.1758	-0.3181	0.188	-0.51	-0.0922	0.0606	-0.103	0.1523	-0.0108	0.0363	0.1901	-0.0553	0.2517	8.5367	77.2835	35.0272
8	2.1401	-0.4061	-0.3579	1.7068	0.2789	3.0036	0.0389	0.1727	-0.197	-0.4038	-0.1146	-0.108	0.1856	0.1477	0.0355	0.2387	0.0383	0.0212	0.0986	-0.0035	0.1735	10.0282	57.4911	29.2675

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 162 through 224 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 225 through 286 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 287 through 405 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 406 through 520 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 157 through 180 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 181 through 272 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 273 through 405 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 406 through 520 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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