PDB-4les: 2.2 Angstrom Crystal Structure of Conserved Hypothetical Protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4les

タイトル

2.2 Angstrom Crystal Structure of Conserved Hypothetical Protein from Bacillus anthracis.

要素

Protein - conserved hypothetical

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Conserved Hypothetical / Unknown

機能・相同性

機能・相同性情報

Immunoglobulin-like - #1240 / Immunoprotective extracellular, immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Filippova, E. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.2 Angstrom Crystal Structure of Conserved Hypothetical Protein from Bacillus anthracis.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Filippova, E. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2013年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4les.cif.gz	77.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4les.ent.gz	58.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4les.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4les_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4les_full_validation.pdf.gz	450 KB	表示
XML形式データ	4les_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	4les_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4les ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4les	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5h8a-2 6g0h-d 4gcn-2 4gcn-1 6ie7-2 4ogi-1 5u2e-1 3mvc-2 5c0v-2 6ww8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp05121

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein - conserved hypothetical

ヘテロ分子

24.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.754, 95.754, 41.518
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Protein - conserved hypothetical 分子量: 23760.992 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BA_0915, BAS0864, GBAA_0915 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q81UG1, UniProt: A0A6L8PRR7*PLUS

#1: タンパク質

Protein - conserved hypothetical

分子量: 23760.992 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BA_0915, BAS0864, GBAA_0915 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q81UG1, UniProt: A0A6L8PRR7*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 44分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: Protein: 7.4 mG/mL, 0.25 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: JSCG+ (C6), 0.1 M Phosphate-citrate buffer pH 4.2, 40% (v/v) PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月17日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 11282 / Num. obs: 11282 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 51 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 32.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 552 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.8.0046	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 10.778 / SU ML: 0.128
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21151	538	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17529	-	-	-
all	0.17693	10690	-	-
obs	0.17693	10690	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.726 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	-0.03 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1151	0	22	39	1212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.712	1.971	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.696	3	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.275	5	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.021	26.207	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.974	15	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.307	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.256	3.017	586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.257	3.017	585
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.289	4.506	736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.287	4.506	737
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.662	3.595	637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.657	3.595	637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.829	5.16	910
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.695	25.413	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.671	25.143	1304

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	38	-
R_work	0.188	778	-
obs	-	778	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8089	0.4485	0.2412	5.0894	5.5134	13.0203	0.2245	-0.1191	-0.0083	0.0241	0.1568	-0.3267	0.1681	0.0238	-0.3813	0.1545	0.1374	0.0144	0.2233	0.0187	0.0849	27.0169	38.8121	16.8008
2	3.0924	-2.2715	0.7413	4.4229	0.2561	6.6078	-0.0076	-0.481	0.1581	0.3752	0.1866	-0.3078	0.4244	0.1336	-0.179	0.1906	0.1542	0.011	0.3674	0.028	0.1962	34.6374	34.9332	23.4705
3	5.1485	5.6145	2.0607	14.2357	2.8802	6.2179	0.1683	0.1635	0.1492	-0.8109	0.1508	-0.3593	0.2779	0.6733	-0.3191	0.2141	0.161	0.1053	0.28	0.0436	0.1475	36.7269	36.0648	8.4807
4	12.2658	5.2591	-12.4699	15.0682	-8.4404	20.0906	-0.5334	-0.1113	-0.8858	0.022	-0.0459	-0.5875	1.8987	0.7128	0.5793	0.3998	0.2333	0.015	0.2523	-0.0142	0.2419	37.677	30.0605	23.5293
5	3.9708	-8.2008	2.0878	17.1413	-4.3732	1.1176	-0.2906	0.0868	0.0491	0.7415	0.1282	-0.35	-0.1598	-0.02	0.1625	0.6941	0.1338	-0.058	0.4431	-0.1578	0.4882	31.3414	20.9303	11.6454
6	5.8818	-1.2949	1.552	17.6521	2.5482	5.8884	0.1848	-0.1285	0.0136	0.167	0.1875	-1.5989	-0.0531	0.7154	-0.3723	0.0835	0.0595	0.0376	0.3019	-0.0107	0.205	38.5174	41.2294	20.7656
7	4.0475	-1.157	0.0231	7.598	3.8086	8.799	0.1564	0.16	0.7141	-0.6187	0.0927	-0.5607	-1.1876	0.3554	-0.2491	0.2942	0.0766	0.1182	0.2362	0.0629	0.3059	32.6614	46.996	12.7093

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	68 - 91
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	92 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	129 - 148
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	149 - 165
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	166 - 179
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	180 - 189
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	190 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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