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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lep
タイトルStructural insights into substrate recognition in proton dependent oligopeptide transporters
要素Proton:oligopeptide symporter POT family
キーワードmembrane protein / tranport protein / MFS superfamily / Peptide transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptide transmembrane transport / tripeptide transmembrane transporter activity / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Dipeptide/tripeptide permease / MFS general substrate transporter like domains / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(1R)-1-phosphonoethyl]-L-alaninamide / Proton:oligopeptide symporter POT family
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Guettou, F. / Quistgaard, E.M. / Tresaugues, L. / Moberg, P. / Jegerschold, C. / Zhu, L. / Jong, A.J. / Nordlund, P. / Low, C.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into substrate recognition in proton-dependent oligopeptide transporters.
著者: Guettou, F. / Quistgaard, E.M. / Tresaugues, L. / Moberg, P. / Jegerschold, C. / Zhu, L. / Jong, A.J. / Nordlund, P. / Low, C.
履歴
登録2013年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22013年10月23日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton:oligopeptide symporter POT family
B: Proton:oligopeptide symporter POT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,9065
ポリマ－114,4482
非ポリマー4583
水00
1
A: Proton:oligopeptide symporter POT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4863
ポリマ－57,2241
非ポリマー2622
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proton:oligopeptide symporter POT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4202
ポリマ－57,2241
非ポリマー1961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area38790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.240, 107.730, 205.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Proton:oligopeptide symporter POT family


分子量: 57224.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_1277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EHE6
#2: 化合物 ChemComp-AFS / N-[(1R)-1-phosphonoethyl]-L-alaninamide / Alafosfalin / アラホスファリン


分子量: 196.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13N2O4P / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.26 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 40% PEG 300, 0.1 M phosphate citrate, 0.12 M ZnCl2, 3% trimethylamine N-oxide dehydrate pH 11, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月10日
放射モノクロメーター: Channel cut Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→29.86 Å / Num. all: 319764 / Num. obs: 24514 / % possible obs: 77.5 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 1.7 / Biso Wilson estimate: 82.21 Å2
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Rmerge(I) obs: 1.221 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 15.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
anisotropyserverデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.2→29.86 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.7 / σ(I): 1.7 / 位相誤差: 37.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3248 1250 5.1 %RANDOM
Rwork0.2748 ---
obs0.2773 24500 77.56 %-
all-24677 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6833 0 25 0 6858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3379585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.972329
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0871131
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2004-3.32840.4095410.3807608X-RAY DIFFRACTION19
3.3284-3.47970.3927760.38051338X-RAY DIFFRACTION41
3.4797-3.66280.39211000.35381989X-RAY DIFFRACTION60
3.6628-3.89190.33631400.31032598X-RAY DIFFRACTION79
3.8919-4.19160.38161650.29773204X-RAY DIFFRACTION96
4.1916-4.6120.29121740.25193300X-RAY DIFFRACTION100
4.612-5.27620.29411890.23283347X-RAY DIFFRACTION100
5.2762-6.63550.30581830.2933354X-RAY DIFFRACTION100
6.6355-29.86310.31721820.25083512X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41460.0658-0.82424.5648-0.21152.68550.12230.09970.0321-0.6367-0.0579-0.53190.09070.5127-0.09490.57410.10170.35460.74680.00550.73916.179437.6323234.573
20.99860.38530.16225.55180.38014.14150.18760.23720.1467-0.8131-0.1188-0.0922-0.1472-0.1259-0.06610.64810.13650.18410.60590.06070.54252.1633-9.6145229.7485
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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