PDB-4leh: Crystal structure of a bile-acid 7-alpha dehydratase (CLOSCI_0313...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4leh

タイトル

Crystal structure of a bile-acid 7-alpha dehydratase (CLOSCI_03134) from Clostridium scindens ATCC 35704 at 2.90 A resolution

要素

Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE

キーワード

LYASE / SnoaL-like domain / PF13577 family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

bile-acid 7alpha-dehydratase / bile-acid 7alpha-dehydratase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium scindens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a bile-acid 7-alpha dehydratase (CLOSCI_03134) from Clostridium scindens ATCC 35704 at 2.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2013年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.2	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4leh.cif.gz	220.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4leh.ent.gz	182.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4leh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4leh_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4leh_full_validation.pdf.gz	448 KB	表示
XML形式データ	4leh_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	4leh_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4leh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4leh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l8o 4l8p
類似構造データ	4l8o-1 4l8p-1 3b7w-d 4mzv-1 5v3h-d 5m4a-d 1xwd-1 6e97-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: JCSG-423443

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE

B: Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE

C: Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE

ヘテロ分子

67.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.322, 109.322, 118.263
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Bile acid 7-alpha dehydratase, BaiE 分子量: 22343.850 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 4-169 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium scindens (バクテリア) 遺伝子: baiE, CLOSCI_03134 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: B0NI18, bile-acid 7alpha-dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS CONSTRUCT (RESIDUES 4-169) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 20.00% polyethylene glycol 3350, 0.200M sodium sulfate, No Buffer pH 6.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97899,0.97947,0.91837

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月27日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)

放射

モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97899	1
2	0.97947	1
3	0.91837	1

反射

解像度: 2.9→29.566 Å / Num. all: 18559 / Num. obs: 18559 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.9-2.98	7.5	1.123	1.8	10250	1364	1.123	100
2.98-3.06	7.5	0.821	2.5	9850	1310	0.821	100
3.06-3.15	7.5	0.587	3.4	9702	1289	0.587	100
3.15-3.24	7.5	0.427	4.4	9207	1228	0.427	100
3.24-3.35	7.5	0.302	6.1	9092	1210	0.302	100
3.35-3.47	7.5	0.206	8.1	8762	1168	0.206	100
3.47-3.6	7.5	0.148	10.5	8538	1139	0.148	100
3.6-3.74	7.5	0.124	12.3	8273	1104	0.124	100
3.74-3.91	7.5	0.099	14.6	7823	1046	0.099	100
3.91-4.1	7.4	0.087	16.2	7456	1002	0.087	100
4.1-4.32	7.4	0.072	19.5	7107	954	0.072	100
4.32-4.59	7.4	0.066	21.7	6865	924	0.066	100
4.59-4.9	7.4	0.067	22.6	6296	852	0.067	100
4.9-5.29	7.4	0.076	22.5	5842	793	0.076	100
5.29-5.8	7.4	0.081	22.1	5503	745	0.081	100
5.8-6.48	7.3	0.083	21.5	4880	673	0.083	100
6.48-7.49	7.2	0.075	23.4	4350	607	0.075	100
7.49-9.17	7	0.068	27.7	3673	521	0.068	100
9.17-12.97	6.7	0.062	29.2	2710	405	0.062	100
12.97-29.566	6	0.058	27.8	1356	225	0.058	90.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
SCALA	3.3.15	データスケーリング
REFMAC	5.7.0032	精密化
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.9→29.566 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU B: 30.399 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.079 / ESU R Free: 0.312
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2174	948	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1773	-	-	-
obs	0.1793	18530	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 287.97 Å² / B_iso mean: 96.3126 Å² / B_iso min: 47.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.35 Å²	0.35 Å²	-0 Å²
2-	-	0.35 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.566 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4091	0	41	3	4135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	4234
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	3919
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.486	1.994	5717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.988	3	9097
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.043	5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.633	24.742	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.756	15	713
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.04	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	612
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4623
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.196	11.705	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.181	11.705	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.996	21.991	2515

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	82	-
R_work	0.345	1278	-
all	-	1360	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6248	0.1429	-0.1099	1.9586	-0.0436	1.5662	0.0233	-0.2189	0.2989	0.5436	0.2356	0.3785	-0.6131	-0.2392	-0.2589	0.4916	0.1695	0.1755	0.344	-0.0844	0.2288	43.2496	12.5279	17.4602
2	1.6526	1.4291	-0.7217	4.0265	-1.6493	2.9533	-0.1379	0.1406	-0.0881	0.0574	0.2112	-0.3012	-0.2309	0.2718	-0.0733	0.0711	-0.0432	0.0171	0.2756	-0.1289	0.1324	57.5586	4.5347	1.4917
3	1.5653	-0.3032	0.4412	2.3722	-0.7865	2.365	-0.1672	0.1057	0.1562	-0.1198	0.4828	0.5629	-0.1189	-0.71	-0.3156	0.1091	0.0326	0.007	0.4096	0.101	0.3689	34.8369	3.2228	-1.4899

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 169
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 169

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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