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万見
- PDB-4led: The Crystal Structure of Pyocin L1 bound to D-rhamnose at 2.37 An... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4led
タイトルThe Crystal Structure of Pyocin L1 bound to D-rhamnose at 2.37 Angstroms
要素Pyocin L1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Monocot Mannose Binding Protein / Galanthus nivalis agglutinin / Beta Prism / Bacteriocin / Antimicrobial Protein / Extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


Agglutinin, subunit A - #30 / Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-rhamnopyranose / Bacteriocin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Grinter, R. / Roszak, A.W. / Mccaughey, L. / Cogdell, C.J. / Walker, D.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Lectin-Like Bacteriocins from Pseudomonas spp. Utilise D-Rhamnose Containing Lipopolysaccharide as a Cellular Receptor.
著者: McCaughey, L.C. / Grinter, R. / Josts, I. / Roszak, A.W. / Walen, K.I. / Cogdell, R.J. / Milner, J. / Evans, T. / Kelly, S. / Tucker, N.P. / Byron, O. / Smith, B. / Walker, D.
履歴
登録2013年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyocin L1
B: Pyocin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1659
ポリマ－60,0162
非ポリマー1,1497
水1,51384
1
A: Pyocin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5004
ポリマ－30,0081
非ポリマー4923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pyocin L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6655
ポリマ－30,0081
非ポリマー6574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.990, 160.650, 150.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Pyocin L1


分子量: 30008.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: C 1433 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: T2LG16*PLUS
#2: 糖
ChemComp-XXR / alpha-D-rhamnopyranose / alpha-D-rhamnose / 6-deoxy-alpha-D-mannopyranose / D-rhamnose / rhamnose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
DRhapaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 550 MME, 20% PEG 20K, 0.03 M CaCl2, 0.03 M MgCl2 0.1 M MOPS/HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→54.93 Å / Num. obs: 26242 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 43.618 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.37→2.43 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1922 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LE7

4le7


解像度: 2.37→54.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 14.595 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25685 1327 5.1 %RANDOM
Rwork0.20887 ---
all0.21128 26215 --
obs0.21128 24888 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.35 Å2-0 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→54.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3970 0 77 84 4131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.024216
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.9645772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81339061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2995514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.38424.722180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.22415646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1551513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2532.9362047
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2522.9362046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6074.3982564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6074.3982565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2573.1762169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2563.1762170
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.524.6813208
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.34924.1084782
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.3524.1084782
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.373→2.435 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 96 -
Rwork0.351 1818 -
obs--99.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9910.14823.32670.02410.06113.76220.1680.2056-0.2122-0.0108-0.01660.0290.32220.6133-0.15140.06530.07150.00350.2235-0.01370.133840.0123.08325.615
21.5358-0.1261.01630.702-0.5463.6899-0.02350.06270.00840.00290.0442-0.0965-0.0438-0.1833-0.02070.0021-0.00530.0010.0828-0.05510.09719.84830.2617.568
34.18273.92010.45066.78933.54475.0389-0.66760.55090.1733-0.40840.63810.15580.9038-0.72730.02950.4991-0.4012-0.01750.52840.00140.1859-9.1753.943-18.97
41.84570.9838-0.13312.68120.07872.16340.13580.2687-0.1942-0.1279-0.0084-0.00210.14960.0946-0.12750.0740.0731-0.03590.1667-0.13190.128610.74923.011-11.363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 115
2X-RAY DIFFRACTION1A228 - 255
3X-RAY DIFFRACTION2A116 - 227
4X-RAY DIFFRACTION3B12 - 115
5X-RAY DIFFRACTION3B228 - 253
6X-RAY DIFFRACTION4B116 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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