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万見
- PDB-4leb: Structure of the Als3 adhesin from Candida albicans, residues 1-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4leb
タイトルStructure of the Als3 adhesin from Candida albicans, residues 1-299 (mature sequence) in complex with hepta-threonine
要素
  • Agglutinin-like protein 3
  • hepta-threonine
キーワードCELL ADHESION / adhesin / peptide binding protein / biofilm formation / cellular adhesion / peptides / cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


high molecular weight kininogen binding / detection of symbiotic fungus / reductive iron assimilation / cell adhesion involved in multi-species biofilm formation / biological process involved in symbiotic interaction / cell adhesion involved in biofilm formation / hyphal growth / filamentous growth of a population of unicellular organisms / symbiont-mediated perturbation of host process / single-species biofilm formation on inanimate substrate ...high molecular weight kininogen binding / detection of symbiotic fungus / reductive iron assimilation / cell adhesion involved in multi-species biofilm formation / biological process involved in symbiotic interaction / cell adhesion involved in biofilm formation / hyphal growth / filamentous growth of a population of unicellular organisms / symbiont-mediated perturbation of host process / single-species biofilm formation on inanimate substrate / yeast-form cell wall / hyphal cell wall / adhesion of symbiont to host / fungal-type cell wall / symbiont entry into host / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / intracellular copper ion homeostasis / side of membrane / cell adhesion molecule binding / cell-cell adhesion / endocytosis / extracellular vesicle / cell adhesion / cell surface / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Agglutinin-like protein, N-terminal domain, N2 subdomain / Agglutinin-like protein repeat / Agglutinin-like protein, N-terminal / Agglutinin-like protein, N-terminal, N2 subdomain / Candida agglutinin-like (ALS) / Agglutinin-like protein, N-terminal domain / Cell-wall agglutinin N-terminal ligand-sugar binding / Agglutinin-like protein / Immunoglobulin-like - #1280 / Fibrogen-binding domain 1 ...Agglutinin-like protein, N-terminal domain, N2 subdomain / Agglutinin-like protein repeat / Agglutinin-like protein, N-terminal / Agglutinin-like protein, N-terminal, N2 subdomain / Candida agglutinin-like (ALS) / Agglutinin-like protein, N-terminal domain / Cell-wall agglutinin N-terminal ligand-sugar binding / Agglutinin-like protein / Immunoglobulin-like - #1280 / Fibrogen-binding domain 1 / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Agglutinin-like protein 3 / Agglutinin-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lin, J. / Garnett, J.A. / Cota, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: The Peptide-binding Cavity Is Essential for Als3-mediated Adhesion of Candida albicans to Human Cells.
著者: Lin, J. / Oh, S.H. / Jones, R. / Garnett, J.A. / Salgado, P.S. / Rusnakova, S. / Matthews, S.J. / Hoyer, L.L. / Cota, E.
履歴
登録2013年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22014年7月16日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin-like protein 3
B: hepta-threonine


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1222
ポリマ－33,1222
非ポリマー00
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.360, 58.180, 57.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Agglutinin-like protein 3 / als3 / 3D9 antigen / Adhesin 3


分子量: 32395.850 Da / 分子数: 1
断片: sNT-Als3 (truncated N-terminal domain, UNP residues 18-316)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: ALD8, ALS3 / プラスミド: PET32 XA/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 SHuffle / 参照: UniProt: O74623, UniProt: Q59L12*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド hepta-threonine


分子量: 725.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Candida albicans (酵母)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 20% v/v PEG400, 30% w/v PEG4000, 100 mM sodium citrate, 50 mM ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→52.036 Å / Num. obs: 53890 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 12.095 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique all: 7562 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LE8

4le8


解像度: 1.4→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9724 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.986 / SU ML: 0.036 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1783 5405 10 %RANDOM
Rwork0.1401 ---
obs0.14046 48467 92.7676 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.506 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20 Å21.35 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2305 0 0 299 2604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222525
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7621.9293508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7895361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.49624.851101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.74615370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.388155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9951.51606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0722649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1063919
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6384.5830
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.96232525
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 380 -
Rwork0.141 3384 -
obs--87.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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