+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ldg | ||||||
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Title | Crystal Structure of CpSET8 from Cryptosporidium, cgd4_370 | ||||||
Components | Protein with a SET domain within carboxy region | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / set domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Cryptosporidium parvum (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.31 Å | ||||||
Authors | Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / El Bakkouri, M. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of CpSET8 from Cryptosporidium, cgd4_370 Authors: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / El Bakkouri, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ldg.cif.gz | 106.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ldg.ent.gz | 82.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ldg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ldg_validation.pdf.gz | 437.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ldg_full_validation.pdf.gz | 438.4 KB | Display | |
Data in XML | 4ldg_validation.xml.gz | 10.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4ldg_validation.cif.gz | 13.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ldg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ldg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL MOLECULE IS UNKNOWN. |
-Components
#1: Protein | Mass: 32684.168 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 280-556 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cryptosporidium parvum (eukaryote) / Strain: Iowa II / Gene: cgd4_370 / Plasmid: pet15 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q5CQK4 |
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#2: Chemical | ChemComp-MLI / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 1.8 M Na Malonate, 20 % PEG 3350, 7% butanol, 20 glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 23, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 15687 / Num. obs: 15678 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Χ2: 3.465 / Net I/σ(I): 10.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.31→49.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.2175 / WRfactor Rwork: 0.1845 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8466 / SU B: 11.677 / SU ML: 0.142 / SU R Cruickshank DPI: 0.2307 / SU Rfree: 0.1901 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.19 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.76 Å2 / Biso mean: 53.777 Å2 / Biso min: 12.45 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.31→49.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.31→2.368 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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