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- PDB-1dt2: CRYSTAL STRUCTURE OF EXFOLIATIVE TOXIN B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dt2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF EXFOLIATIVE TOXIN B
要素EXFOLIATIVE TOXIN B
キーワードtoxin / hydrolase / epidermolysis / superantigen / serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / toxin activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, V8 family, serine active site / Serine proteases, V8 family, serine active site. / Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H ...Serine proteases, V8 family, serine active site / Serine proteases, V8 family, serine active site. / Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B, exfoliative toxin / Peptidase S1B / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exfoliative toxin B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Papageorgiou, A.C. / Plano, L.R.W. / Collins, C.M. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Structural similarities and differences in Staphylococcus aureus exfoliative toxins A and B as revealed by their crystal structures.
著者: Papageorgiou, A.C. / Plano, L.R. / Collins, C.M. / Acharya, K.R.
履歴
登録2000年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXFOLIATIVE TOXIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2191
ポリマ－27,2191
非ポリマー00
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.248, 114.248, 96.477
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-255-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 EXFOLIATIVE TOXIN B


分子量: 27219.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
解説: CHROMOSOMAL DNA OF S. AUREUS ISOLATED FROM A PATIENT WITH STAPHYLOCOCCAL SCALDED SKIN DISEASE
プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P09332, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: NaFormate-no pH adjusted, so the pH should be around 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
23.5 Msodium formate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9057
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9057 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 15313 / Num. obs: 13063 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 73.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.8→20 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / % possible all: 69.3
反射
*PLUS
% possible obs: 85 % / Num. measured all: 66486
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 69 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): -3
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.251 669 4.4% of the reflections
Rwork0.224 --
obs-13063 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1899 0 0 9 1908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg25.41
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.02
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.29
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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