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万見
- PDB-4ld6: PWWP domain of human PWWP Domain-Containing Protein 2B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ld6
タイトルPWWP domain of human PWWP Domain-Containing Protein 2B
要素PWWP domain-containing protein 2B
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cold-induced thermogenesis / NuRD complex binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / chromatin remodeling / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #140 / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PWWP domain-containing protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dong, A. / Dombrovski, L. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PWWP domain of human PWWP Domain-Containing Protein 2B
著者: Dombrovski, L. / Dong, A. / Tempel, W. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Brown, P.J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PWWP domain-containing protein 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3568
ポリマ－13,2641
非ポリマー927
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.148, 41.055, 77.972
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PWWP domain-containing protein 2B


分子量: 13264.072 Da / 分子数: 1 / 断片: PWWP domain (UNP residues 475-590) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PWWP2B, PWWP2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)V2RpRARE / 参照: UniProt: Q6NUJ5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT11.54178
シンクロトロンAPS 23-ID-B20.97944
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS HTC1IMAGE PLATE2013年6月7日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2012年6月22日Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1VariMaxSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541781
20.979441
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 11827 / Num. obs: 11827 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 56.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 497 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JBluIce-EPICSデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→28.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 1.841 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1947 660 5.6 %RANDOM
Rwork0.1679 ---
obs0.1694 11787 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.01 Å2 / Biso mean: 17.754 Å2 / Biso min: 8.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.69 Å2-0 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数933 0 12 130 1075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3841.9441450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77432371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3255143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.12621.66748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25115191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1781512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02265
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 48 -
Rwork0.328 686 -
all-734 -
obs--87.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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