[日本語] English
- PDB-4ld5: Crystal structure of MepR Q18P mutant from multidrug resistant S.... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ld5
タイトルCrystal structure of MepR Q18P mutant from multidrug resistant S. aureus clinical isolate
要素MepR
キーワードTRANSCRIPTION / multidrug resistance / winged helix-turn-helix / transcription repression
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MarR family regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Birukou, I. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: MBio / : 2013
タイトル: The molecular mechanisms of allosteric mutations impairing MepR repressor function in multidrug-resistant strains of Staphylococcus aureus.
著者: Birukou, I. / Tonthat, N.K. / Seo, S.M. / Schindler, B.D. / Kaatz, G.W. / Brennan, R.G.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MepR
E: MepR
F: MepR
H: MepR
D: MepR
C: MepR
B: MepR
G: MepR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,59415
ポリマ-135,9218
非ポリマー6727
3,891216
1
A: MepR
B: MepR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0763
ポリマ-33,9802
非ポリマー961
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area13870 Å2
手法PISA
2
E: MepR
F: MepR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1724
ポリマ-33,9802
非ポリマー1922
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area14970 Å2
手法PISA
3
H: MepR
G: MepR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3656
ポリマ-33,9802
非ポリマー3844
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
4
D: MepR
C: MepR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9802
ポリマ-33,9802
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.842, 45.841, 210.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
MepR / MarR family transcription repressor MepR


分子量: 16990.170 Da / 分子数: 8 / 変異: Q18P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mepR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5Y812
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 0.2 M Na2SO4, 20% PEG 3350, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年5月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42 Å / Num. all: 55487 / Num. obs: 51325 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHENIX(Phaser)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→34.929 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2684 1996 3.89 %random
Rwork0.211 ---
obs0.2132 51304 92.47 %-
all-55480 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 201.78 Å2 / Biso mean: 63.6185 Å2 / Biso min: 12.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→34.929 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8303 0 35 216 8554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.59511432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1121342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2673012
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.46010.36091410.31043486362793
2.4601-2.52660.34121510.30323489364093
2.5266-2.60090.3521290.29463474360392
2.6009-2.68480.36211500.27533512366293
2.6848-2.78070.30831310.26613488361993
2.7807-2.8920.31361470.25793515366292
2.892-3.02360.33721420.27033539368194
3.0236-3.18290.30871430.25223495363892
3.1829-3.38220.27231320.22773423355591
3.3822-3.6430.26241430.21743387353089
3.643-4.00920.30161360.1863366350288
4.0092-4.58820.23761470.16853453360089
4.5882-5.77640.21191490.19213761391097
5.7764-34.9290.25771550.2013920407598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4925-0.36350.39472.2286-1.70053.71950.23090.2406-0.06-0.217-0.7464-0.30440.27131.60130.19190.54510.0301-0.04961.3660.22770.6331-6.065232.8968-95.4811
26.7217-0.20690.89693.4681-0.53194.41010.30040.35180.467-0.5843-0.1855-0.00110.8726-0.3961-0.15780.6641-0.0056-0.04740.7016-0.05170.2586-20.92130.9917-85.3807
35.36941.4051.84912.89610.23652.8608-0.11280.1502-0.5094-0.7801-0.2786-0.16562.67020.5467-0.03631.0089-0.00570.08950.7019-0.20360.5079-23.529120.8749-86.0037
44.13690.6184-0.14773.0625-0.02441.91130.22940.67250.3544-0.6390.14860.51860.22160.2392-0.30940.6069-0.0172-0.14650.65910.03680.342-33.266626.1412-80.859
57.77211.50621.56274.7310.12424.1072-0.25840.8058-0.7169-0.2431-0.138-0.1108-0.15390.6474-0.08450.423-0.0335-0.04370.6133-0.03790.31-21.080133.9011-79.2976
62.7917-0.97552.51751.3334-0.52454.69370.347-0.16570.65210.4-1.7171-0.30890.42070.8031.12760.6319-0.2245-0.02271.28330.38440.8636-0.954643.2652-88.3684
71.1636-1.60951.18625.6708-1.0477.24470.1202-0.35522.06481.2207-1.44581.0380.42250.421.18370.6975-0.11150.0390.7365-0.06390.7569-14.430645.6177-94.9773
82.3304-0.53860.60132.4907-0.97380.6692-0.62230.8876-0.0507-0.9891-0.0536-0.32830.6723-0.52070.050.7557-0.30110.17870.75360.00590.495923.859939.4491-60.0206
91.642-0.2991.05334.5866-0.16115.12780.32540.27520.1477-0.2115-0.15030.5058-0.09240.4431-0.18560.3247-0.02390.03860.51050.010.451216.093328.7358-41.7877
108.14762.9358-0.24639.56883.99985.79340.76720.6677-0.8105-0.5592-0.1518-0.86980.0361-0.0141-0.40970.56580.10780.04170.61980.00840.385923.772421.4722-41.8223
112.7230.4384-1.80611.6688-1.03373.7917-0.33530.60250.213-0.50490.5627-0.04040.2147-0.4174-0.1090.4887-0.15070.03640.590.03070.414514.803130.5569-45.6027
121.73431.822-0.90912.0455-0.52251.53870.0002-1.2774-0.70360.7026-0.1232-0.11060.58220.29670.02050.6767-0.11290.11970.94010.11290.573424.836730.5694-60.0006
131.6758-1.00412.28122.5695-2.37423.5772-0.1705-0.2792-0.10550.60460.45720.3521-0.4973-0.1128-0.33050.54820.08060.20870.7098-0.03620.693232.276241.3315-74.5167
141.7526-2.40730.17456.0767-2.6391.8863-0.1314-0.5730.7593-0.15460.3797-0.446-0.7534-0.2025-0.09250.7571-0.04830.07490.7644-0.16610.72236.937350.7052-76.4839
156.3542.2862-1.35670.7762-0.46810.27960.01740.90520.9488-0.04970.39390.63921.4277-1.1278-0.26160.7581-0.2979-0.03420.7867-0.01170.423627.013629.2973-75.7644
164.26631.85630.51128.28562.62393.92340.1110.59810.5847-1.5357-0.90380.67210.5476-0.23320.39651.0692-0.3148-0.15261.48830.40990.69712.304737.5202-69.7094
174.0807-0.85381.95882.4744-1.28612.682-0.49491.44340.2552-0.81360.21150.0681-0.50230.53890.17860.42180.0178-0.05690.54170.00560.3808-16.482323.4411-47.9164
182.08863.01620.27934.6935-1.24021.8278-0.38410.82960.0855-0.69840.1122-0.0476-0.04430.20110.2340.43770.0998-0.07570.29010.00590.2379-10.513316.8286-34.3714
195.4563-2.3828-1.09958.57621.91152.60020.39611.035-0.4264-0.3048-0.69540.05050.0346-0.3662-0.00830.56610.1379-0.0640.3069-0.01730.3541-14.97076.5442-33.6916
205.75483.32394.64337.58925.10956.86630.25491.1315-0.58460.27930.646-1.05750.92931.2052-0.29660.45450.188-0.01830.394-0.03580.2479-2.10838.2714-32.4815
211.3491.52650.90675.3565-1.04852.3778-0.21710.546-0.05170.15720.50690.44240.31630.1234-0.10360.26380.0390.03490.183-0.02030.4404-10.2023.0794-23.8732
223.3582-0.98092.44860.6412-0.96112.6254-0.11530.19820.28330.10190.06460.4024-0.1921-0.49880.06970.24980.0261-0.02220.35840.06370.3356-23.512821.0154-36.1944
233.71180.78560.72140.92591.75413.8447-0.1584-0.05070.2593-0.978-0.53220.318-1.44910.16620.50560.50040.1163-0.12070.28120.04350.342812.436119.1069-10.0375
240.0380.8091-0.02879.1366-1.8948.81290.66780.51960.0951-0.7064-0.31230.1631-0.2598-0.2834-0.2050.41030.0715-0.01730.3740.04980.30116.198431.21457.933
252.9422-1.15310.08154.87761.0655.19290.37530.65180.6502-0.9303-0.1453-0.4551-0.52120.4982-0.14810.4328-0.00080.05680.3810.1440.432723.657936.794310.5155
264.9926-1.6178-1.6972.96710.64993.4615-0.24250.1404-0.52120.44190.03750.12730.53330.13890.13740.72430.15640.07820.34070.13830.456812.583913.72663.412
271.0472-1.361.16071.7734-2.04367.6380.1423-0.01610.1852-0.0168-0.4482-0.3121-0.06121.36030.19920.30610.01930.0750.37260.01310.413214.837224.4193-10.3976
284.04552.1216-0.78016.04672.68125.99890.476-0.36980.86980.9222-0.48930.8848-0.0902-0.0162-0.05410.44850.07510.02670.2817-0.12480.3932-0.607630.1279-14.8133
298.70012.3844-0.33230.6733-0.25917.22310.8131-0.77380.7304-0.8547-0.29490.1436-1.2699-0.29570.17260.52230.02480.01990.1291-0.0290.52365.262336.8586-23.6692
305.6043-2.3961.39154.0443-0.54872.5482-0.0794-0.0348-0.1101-0.00230.05420.2871-0.17630.1510.07110.29410.0274-0.05580.18950.00380.20220.024626.3382-24.7569
314.0398-2.35293.50926.5314-0.36713.7170.3405-0.1120.2336-0.5930.2079-0.68-0.13131.07131.36240.3890.38140.00520.94130.19050.427324.572713.2576-11.8456
323.1568-3.4952-1.52793.87291.23378.5342-0.27120.472-0.94190.0115-0.0740.28991.50450.17370.27690.5643-0.03180.01590.2609-0.01330.446710.834810.0248-7.4825
332.2401-1.7308-0.10525.1363.93374.42930.015-0.3405-0.01960.1396-0.6140.1167-0.08850.51340.2530.521-0.05180.06310.79380.07160.4398-13.260332.9707-99.6527
348.07111.94731.41788.9193.3345.64790.6277-0.27931.2005-0.85610.0725-0.0342-1.1432-0.9757-0.16020.6592-0.1127-0.00930.87480.0180.551-3.960825.876-108.9956
352.6470.024-2.53114.9092-0.66022.5418-0.26890.9850.8835-0.4884-0.9867-1.99091.33960.9031-0.71331.056-0.0302-0.21081.68470.30591.23416.736826.8815-105.2899
364.93611.5774-0.22645.2717-5.62956.47370.38351.07570.45481.6753-0.6281-0.4753-0.28570.1347-0.39491.772-0.01150.04960.5869-0.06760.8486-2.549818.1874-100.4444
372.70980.92981.15915.3228-0.05665.11250.6463-0.69210.02830.8704-0.0524-1.0840.54460.8493-0.37420.64650.0736-0.05810.7822-0.0090.728-0.925521.4653-114.2526
385.69393.62913.12273.57850.89892.796-0.32460.2850.31260.38661.2140.61820.74220.4456-0.02930.6688-0.0372-0.01811.03460.11470.6069-17.680541.8061-108.0333
394.1308-0.36991.31174.97311.26545.63630.0191.0051-0.00762.1319-0.0059-0.19460.42951.0432-0.04780.9332-0.87420.19330.84930.7068-0.1053-4.273743.9295-102.0426
403.2471-0.4911-2.07712.6041-0.55444.9666-0.3632-0.7875-0.7780.23070.58521.11940.52870.6474-0.39230.36350.0142-0.00090.63330.07920.3558-21.858917.553-40.0798
417.46090.9954-7.74073.0224-0.10858.3674-0.72561.1367-1.08190.13880.0206-0.29551.30091.11020.44830.45720.25880.07390.94050.05510.34-9.270712.4821-54.9848
427.67121.63941.08017.59182.31535.5618-0.41330.15410.40030.4872-0.25070.4381-0.68190.4380.74020.5786-0.0393-0.0160.7389-0.01460.3052-16.257927.17-61.7749
432.4084-1.7656-2.95659.9739-2.00567.1428-0.7695-0.76231.4352-0.77360.4807-0.63970.0799-0.11170.02880.8973-0.4581-0.01341.5932-0.27810.6771-10.870935.0764-56.1569
449.9102-7.1734-3.45255.95330.87154.5955-0.206-1.09111.9763-0.83150.0039-2.0202-1.51662.9628-0.0060.765-0.1524-0.03251.4447-0.05390.4888-3.087629.372-61.3324
451.5285-0.13010.74582.4769-2.80555.2895-0.1935-0.17510.2626-0.5988-0.5848-0.33680.00561.5177-3.05890.3993-0.07950.25431.41360.11880.2983-7.993328.5423-70.0314
463.4280.94.42052.75591.87596.21040.2079-0.936-0.40461.29510.6052.5251-0.06920.5983-0.42870.9243-0.23050.07770.96520.05360.7286-12.292743.8443-70.7738
470.92190.074-0.36720.8099-1.16832.66750.5133-0.2465-0.39610.3513-0.55390.0306-0.14980.30090.0840.53390.0048-0.07820.6935-0.01420.3781-19.600815.9697-60.8588
483.25991.06961.17513.9312.08091.8101-0.0246-0.15670.4005-0.6755-0.30010.7803-0.1058-0.20830.3160.31740.1101-0.06720.4480.06780.3914-31.457822.6046-50.7495
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 26 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 49 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 50 through 73 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 74 through 88 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 89 through 106 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 107 through 120 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 121 through 139 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 3 through 26 )E0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 27 through 49 )E0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 50 through 73 )E0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 74 through 139 )E0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 1 through 26 )F0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 27 through 49 )F0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 50 through 94 )F0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 95 through 118 )F0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 119 through 139 )F0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 1 through 26 )H0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 27 through 42 )H0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 43 through 60 )H0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 61 through 73 )H0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 74 through 88 )H0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 89 through 139 )H0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 1 through 16 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 17 through 49 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 50 through 104 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 105 through 139 )D0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 1 through 43 )C0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 44 through 60 )C0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 61 through 73 )C0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 74 through 106 )C0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 107 through 120 )C0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'C' and (resid 121 through 139 )C0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'B' and (resid 1 through 31 )B0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'B' and (resid 32 through 42 )B0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'B' and (resid 43 through 49 )B0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'B' and (resid 50 through 60 )B0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'B' and (resid 61 through 106 )B0
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'B' and (resid 107 through 120 )B0
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'B' and (resid 121 through 139 )B0
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 1 through 15 )G0
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 16 through 30 )G0
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 31 through 49 )G0
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'G' and (resid 50 through 60 )G0
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'G' and (resid 61 through 73 )G0
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'G' and (resid 74 through 81 )G0
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'G' and (resid 82 through 88 )G0
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'G' and (resid 89 through 118 )G0
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'G' and (resid 119 through 139 )G0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る