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- PDB-4ld0: T. thermophilus RuvC in complex with Holliday junction substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ld0
タイトルT. thermophilus RuvC in complex with Holliday junction substrate
要素
  • Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
  • DNA 11-MER
  • DNA 13-MER
  • DNA 31-MER
キーワードHYDROLASE/DNA / RNase H fold / nuclease / DNA / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction endodeoxyribonuclease / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC / Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Gorecka, K.M. / Komorowska, W. / Nowotny, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of RuvC resolvase in complex with Holliday junction substrate.
著者: Gorecka, K.M. / Komorowska, W. / Nowotny, M.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22013年12月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
B: Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
C: DNA 31-MER
D: DNA 13-MER
F: DNA 11-MER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9655
ポリマ－52,9655
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.356, 106.356, 132.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 11:20 or resseq 28:71 or resseq...
21chain B and (resseq 11:20 or resseq 28:71 or resseq...
12chain A and (resseq 1:20 or resseq 26:115 or resseq 122:165 )
22chain B and (resseq 1:20 or resseq 26:115 or resseq 122:165 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRVALVALchain 'A' and (resseq 11:20 or resseq 28:71 or resseq...AA11 - 2014 - 23
121ALAALAGLUGLUchain 'A' and (resseq 11:20 or resseq 28:71 or resseq...AA28 - 7131 - 74
131LEULEUALAALAchain 'A' and (resseq 11:20 or resseq 28:71 or resseq...AA80 - 11583 - 118
141GLUGLULYSLYSchain 'A' and (resseq 11:20 or resseq 28:71 or resseq...AA123 - 136126 - 139
151ARGARGMETMETchain 'A' and (resseq 11:20 or resseq 28:71 or resseq...AA140 - 160143 - 163
211THRTHRVALVALchain 'B' and (resseq 11:20 or resseq 28:71 or resseq...BB11 - 2014 - 23
221ALAALAGLUGLUchain 'B' and (resseq 11:20 or resseq 28:71 or resseq...BB28 - 7131 - 74
231LEULEUALAALAchain 'B' and (resseq 11:20 or resseq 28:71 or resseq...BB80 - 11583 - 118
241GLUGLULYSLYSchain 'B' and (resseq 11:20 or resseq 28:71 or resseq...BB123 - 136126 - 139
251ARGARGMETMETchain 'B' and (resseq 11:20 or resseq 28:71 or resseq...BB140 - 160143 - 163
112METMETVALVALchain 'A' and (resseq 1:20 or resseq 26:115 or resseq 122:165 )AA1 - 204 - 23
122LEULEUALAALAchain 'A' and (resseq 1:20 or resseq 26:115 or resseq 122:165 )AA26 - 11529 - 118
132LYSLYSPROPROchain 'A' and (resseq 1:20 or resseq 26:115 or resseq 122:165 )AA122 - 165125 - 168
212METMETVALVALchain 'B' and (resseq 1:20 or resseq 26:115 or resseq 122:165 )BB1 - 204 - 23
222LEULEUALAALAchain 'B' and (resseq 1:20 or resseq 26:115 or resseq 122:165 )BB26 - 11529 - 118
232LYSLYSPROPROchain 'B' and (resseq 1:20 or resseq 26:115 or resseq 122:165 )BB122 - 165125 - 168

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC / Holliday junction nuclease RuvC / Holliday junction resolvase RuvC


分子量: 18073.135 Da / 分子数: 2 / 断片: RuvC / 変異: E70Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: ruvC, TTHA1090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SJC4, crossover junction endodeoxyribonuclease
#2: DNA鎖 DNA 31-MER


分子量: 9519.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#3: DNA鎖 DNA 13-MER


分子量: 3917.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#4: DNA鎖 DNA 11-MER


分子量: 3382.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3-0.5 M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月24日
放射モノクロメーター: horizontally side diffracting Silicon 111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. all: 9622 / Num. obs: 9622 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 3.7→3.96 Å / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.75→46.053 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 38.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3293 464 5.01 %
Rwork0.2668 --
obs0.2699 9255 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.75→46.053 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2243 1118 0 0 3361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0173586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9525026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.3061333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01457
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A874X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.095
12B874X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.095
21A1054X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.095
22B1054X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.095
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7509-4.29330.32051510.27522871X-RAY DIFFRACTION100
4.2933-5.40780.361540.3022910X-RAY DIFFRACTION100
5.4078-46.05690.31921590.24963010X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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