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- PDB-4lcx: The structure of hemagglutinin from avian-origin H7N9 influenza v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lcx
タイトルThe structure of hemagglutinin from avian-origin H7N9 influenza virus (A/Shanghai/1/2013)
要素
  • Hemagglutinin HA1
  • Hemagglutinin HA2
キーワードVIRAL PROTEIN / homotrimer / virus attachment and membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin ...Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.094 Å
データ登録者Shi, Y. / Zhang, W. / Wang, F. / Qi, J. / Song, H. / Wu, Y. / Gao, F. / Zhang, Y. / Fan, Z. / Gong, W. ...Shi, Y. / Zhang, W. / Wang, F. / Qi, J. / Song, H. / Wu, Y. / Gao, F. / Zhang, Y. / Fan, Z. / Gong, W. / Wang, D. / Shu, Y. / Wang, Y. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structures and receptor binding of hemagglutinins from human-infecting H7N9 influenza viruses.
著者: Shi, Y. / Zhang, W. / Wang, F. / Qi, J. / Wu, Y. / Song, H. / Gao, F. / Bi, Y. / Zhang, Y. / Fan, Z. / Qin, C. / Sun, H. / Liu, J. / Haywood, J. / Liu, W. / Gong, W. / Wang, D. / Shu, Y. / ...著者: Shi, Y. / Zhang, W. / Wang, F. / Qi, J. / Wu, Y. / Song, H. / Gao, F. / Bi, Y. / Zhang, Y. / Fan, Z. / Qin, C. / Sun, H. / Liu, J. / Haywood, J. / Liu, W. / Gong, W. / Wang, D. / Shu, Y. / Wang, Y. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
E: Hemagglutinin HA1
F: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,0249
ポリマ－162,3616
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33050 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area55990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.880, 225.982, 75.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1


分子量: 34485.773 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/1/2013 (H7N9) / 解説: baculovirus expressing system / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: V5IRV0*PLUS
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2


分子量: 19634.502 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/1/2013 (H7N9) / 解説: baculovirus expressing system / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: V5IRU7*PLUS
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18% PEG 8000, 18% Ethylene glycol, 0.12 M Di-Ethyleneglycol, 0.12 M Tri-Ethyleneglycol, 0.12 M TetraEthyleneglycol, 0.12 M Penta-Ethyleneglycol, 0.1 M Tris, 0.1 M Bicine, pH 8.5, VAPOR ...詳細: 18% PEG 8000, 18% Ethylene glycol, 0.12 M Di-Ethyleneglycol, 0.12 M Tri-Ethyleneglycol, 0.12 M TetraEthyleneglycol, 0.12 M Penta-Ethyleneglycol, 0.1 M Tris, 0.1 M Bicine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.094→50 Å / Num. all: 39528 / Num. obs: 39468 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.094→49.882 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2659 1972 5 %RANDOM
Rwork0.2263 ---
all0.2283 39528 --
obs0.2283 39468 98.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.826 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.9817 Å2-0 Å21.2916 Å2
2---29.5169 Å2-0 Å2
3---12.5353 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.094→49.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11379 0 42 0 11421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34315699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.094302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0931689
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042082
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0936-3.1710.4391980.35392163X-RAY DIFFRACTION80
3.171-3.25670.44311400.34142745X-RAY DIFFRACTION100
3.2567-3.35250.381370.3042701X-RAY DIFFRACTION100
3.3525-3.46070.30391510.29462690X-RAY DIFFRACTION100
3.4607-3.58430.29761520.26382759X-RAY DIFFRACTION100
3.5843-3.72780.29951470.24632683X-RAY DIFFRACTION100
3.7278-3.89740.30251540.23472710X-RAY DIFFRACTION99
3.8974-4.10280.26171430.21962721X-RAY DIFFRACTION100
4.1028-4.35970.24611540.20112694X-RAY DIFFRACTION100
4.3597-4.69610.20621260.1842755X-RAY DIFFRACTION100
4.6961-5.16820.20921240.19512727X-RAY DIFFRACTION100
5.1682-5.91510.25561550.22712721X-RAY DIFFRACTION100
5.9151-7.44840.24091420.21142747X-RAY DIFFRACTION100
7.4484-49.8880.25461490.2092680X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.0408 Å / Origin y: -10.0818 Å / Origin z: 10.5644 Å
111213212223313233
T0.4859 Å20.0332 Å20.0076 Å2-0.6453 Å20.0009 Å2--0.5638 Å2
L0.2169 °20.0205 °20.0398 °2-1.8498 °2-0.0335 °2--0.3898 °2
S-0.0037 Å °0.0602 Å °0.0691 Å °0.1335 Å °-0.016 Å °0.1498 Å °-0.0972 Å °-0.0485 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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