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- PDB-4lb9: X-ray study of human serum albumin complexed with etoposide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lb9
タイトルX-ray study of human serum albumin complexed with etoposide
要素SERUM ALBUMIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PLASMA PROTEIN / CANCER / ONCOLOGY DRUG COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EVP / MYRISTIC ACID / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / MERLOT / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, Z. / Ho, J.X. / Ruble, J. / Rose, J.P. / Carter, D.C.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Structural studies of several clinically important oncology drugs in complex with human serum albumin.
著者: Wang, Z.M. / Ho, J.X. / Ruble, J.R. / Rose, J. / Ruker, F. / Ellenburg, M. / Murphy, R. / Click, J. / Soistman, E. / Wilkerson, L. / Carter, D.C.
#1: ジャーナル: Burgers medicinal chemistry drug design and development, 7th edition
年: 2010
タイトル: Crystallographic survey of albumin drug interaction and preliminary applications in cancer chemotherapy
著者: Carter, D.C.
#2: ジャーナル: Adv.Protein Chem. / 年: 1994
タイトル: Structure of Serum Albumin
著者: Carter, D.C. / Ho, J.X.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994
タイトル: Preliminary crystallographic studies of four crystal forms of serum albumin.
著者: Carter, D.C. / Chang, B. / Ho, J.X. / Keeling, K. / Krishnasami, Z.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Erratum. Atomic Structure and Chemistry of Human Serum Albumin
著者: Ho, X.M. / Carter, D.C.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Atomic structure and chemistry of human serum albumin.
著者: He, X.M. / Carter, D.C.
#6: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Structure of Human Serum Albumin
著者: Carter, D.C. / Ho, X.M.
#7: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Three-dimensional structure of human serum albumin.
著者: Carter, D.C. / He, X.M. / Munson, S.H. / Twigg, P.D. / Gernert, K.M. / Broom, M.B. / Miller, T.Y.
履歴
登録2013年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22014年2月19日Group: Other

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERUM ALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0736
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,5025
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.543, 38.677, 99.221
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.560, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-709-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SERUM ALBUMIN


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-609 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-EVP / (5S,5aR,8aR,9R)-9-(4-hydroxy-3,5-dimethoxyphenyl)-8-oxo-5,5a,6,8,8a,9-hexahydrofuro[3',4':6,7]naphtho[2,3-d][1,3]dioxol-5-yl 4,6-O-[(1R)-ethylidene]-beta-D-glucopyranoside / Etoposide / VP-16 / エトポシド


分子量: 588.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H32O13 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, POTASSIUM PHOSPHATE, Crystals of the complexes were obtained by standard vapor equilibration methods with conditions optimized by screens varying protein concentration, pH, drug ...詳細: PEG 3350, POTASSIUM PHOSPHATE, Crystals of the complexes were obtained by standard vapor equilibration methods with conditions optimized by screens varying protein concentration, pH, drug molar ratios, centered on the original crystallization hit using protocols described previously for the monoclinic [Carter, et al., Eur. J. Biochemistry (1994) 226: 1049-1052] and triclinic [Sugo, et al., Protein Eng (1999) 12: 439-446] crystal forms., pH 7.5, vapor diffusion, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月1日 / 詳細: CONFOCAL OPTICS
放射モノクロメーター: CONFOCAL OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 15546 / % possible obs: 86.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.321 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.80.52214830.738183.5
2.8-2.910.42114380.803181.4
2.91-3.040.35914870.914183.3
3.04-3.20.24614631.058182.5
3.2-3.40.15515111.111185.2
3.4-3.660.09915201.279186
3.66-4.030.07316391.643191.9
4.03-4.610.05516721.816192.6
4.61-5.80.04616581.51191.5
5.8-300.0316751.468188.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
MERLOT位相決定
精密化構造決定の手法: MERLOT / 解像度: 2.7→25.679 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 764 4.92 %
Rwork0.1945 --
obs0.1972 15540 86.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.35 Å2 / Biso mean: 33.1846 Å2 / Biso min: 10.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4635 0 106 68 4809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0246508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9921855
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.90820.33771450.24642775292082
2.9082-3.20040.34681480.25092801294983
3.2004-3.66230.26321480.20082877302586
3.6623-4.60980.23041660.17633142330892
4.6098-25.67970.20851570.17853181333890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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