[日本語] English
万見
- PDB-4lb6: Crystal structure of PKZ Zalpha in complex with ds(CG)6 (tetragon... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lb6
タイトルCrystal structure of PKZ Zalpha in complex with ds(CG)6 (tetragonal form)
要素
  • 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
  • Protein kinase containing Z-DNA binding domains
キーワードTRANSFERASE/DNA / wHTH / Zalpha / ZBD / Kinase / innate immunity / Z-DNA / Z-RNA / eIF2a / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PKR-mediated signaling / left-handed Z-DNA binding / anatomical structure development / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / defense response to virus / protein kinase activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain profile. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain profile. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者De Rosa, M. / Zacarias, S. / Athanasiadis, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for Z-DNA binding and stabilization by the zebrafish Z-DNA dependent protein kinase PKZ.
著者: de Rosa, M. / Zacarias, S. / Athanasiadis, A.
履歴
登録2013年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Protein kinase containing Z-DNA binding domains
C: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4202
ポリマ－12,4202
非ポリマー00
水1,31573
1
B: Protein kinase containing Z-DNA binding domains
C: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'

B: Protein kinase containing Z-DNA binding domains
C: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'

B: Protein kinase containing Z-DNA binding domains
C: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'

B: Protein kinase containing Z-DNA binding domains
C: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6818
ポリマ－49,6818
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation10_454-x-1/2,-y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation15_455y-1/2,x+1/2,-z+1/21
Buried area2800 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)110.910, 110.910, 43.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-117-

HOH

21C-108-

HOH

31C-119-

HOH

41C-120-

HOH

51C-121-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein kinase containing Z-DNA binding domains / Uncharacterized protein / Z-DNA binding protein kinase


分子量: 8450.583 Da / 分子数: 1 / 断片: Zalpha domain, UNP residues 5-70 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: pkz / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q5NE14, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3969.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic oligonucleotide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 7.5 % glycerol, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→32.55 Å / Num. obs: 12161 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LB5

4lb5


解像度: 1.8→28.072 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2116 1216 10 %lattice symmetry 10%
Rwork0.1809 ---
obs0.1841 12155 94.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.072 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数535 123 0 73 731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.062944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.133274
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.138105
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009100
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.87210.25741310.23281188X-RAY DIFFRACTION95
1.8721-1.95730.2511330.22371188X-RAY DIFFRACTION95
1.9573-2.06040.24361310.20191178X-RAY DIFFRACTION95
2.0604-2.18950.231350.18771213X-RAY DIFFRACTION96
2.1895-2.35840.21121350.17931211X-RAY DIFFRACTION96
2.3584-2.59560.22291360.18931231X-RAY DIFFRACTION97
2.5956-2.97090.21751380.19481241X-RAY DIFFRACTION97
2.9709-3.74160.21390.16621244X-RAY DIFFRACTION96
3.7416-28.07540.19391380.16671245X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.61311.8549-0.34185.9651-0.03472.0744-0.0160.2205-0.1579-0.3529-0.342-0.55630.1731.00050.29320.16150.0215-0.04580.56340.0690.392-4.64127.913420.4601
26.17642.54360.47557.4409-0.19375.3858-0.62241.70570.4543-0.7020.8746-0.2335-0.07560.553-0.14890.187-0.0467-0.03180.49170.04550.2409-13.053728.108714.8579
39.78030.8632.27429.11284.68712.83010.1051-0.58510.34940.39950.0212-0.2850.06870.0973-0.09380.1332-0.00460.0120.24620.02670.1799-15.136528.827125.6203
49.041-6.15772.0036.0914-1.50145.7413-0.0751-0.77261.5113-0.04790.68920.314-0.35470.656-0.47420.2292-0.0585-0.01250.4531-0.14310.8008-10.669438.250526.6675
51.88230.5101-0.92530.40330.96976.6748-0.4020.08611.9318-0.2186-0.16380.3378-1.1181-0.04050.57340.2992-0.0648-0.07730.25870.07610.8813-16.215939.695719.5571
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 7 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 22 through 36 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 37 through 49 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 50 through 56 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 57 through 69 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る