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万見
- PDB-4lat: Crystal structure of phosphate ABC transporter, periplasmic phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lat
タイトルCrystal structure of phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein PstS 1 (PBP1) from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A in complex with phosphate
要素Phosphate-binding protein PstS 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ALPHA AND BETA PROTEIN / PERIPLASMIC BINDING PROTEIN-LIKE II FOLD / PHOSPHATE ABC TRANSPORTER / PUTATIVE LIPOPROTEIN / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES (CSGID) / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES (NIAID)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate ion transport / phosphate ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphate binding protein / : / PBP domain / PBP superfamily domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / PHOSPHATE ION / Phosphate-binding protein PstS 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein PstS 1 (PBP1) from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A in complex with phosphate
著者: Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2013年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate-binding protein PstS 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3453
ポリマ－28,1901
非ポリマー1552
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.780, 46.780, 209.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Phosphate-binding protein PstS 1 / PBP 1


分子量: 28190.346 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-292 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: pstS1, SPNECM_010100007640, SP_1400 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97Q31
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, 2% isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月12日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→39.772 Å / Num. obs: 22528 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.88→1.93 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.mr)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4EXL

4exl


解像度: 1.88→39.77 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1151 5.12 %random
Rwork0.1803 ---
obs0.1823 22486 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→39.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1936 0 9 271 2216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0412689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.318714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.96920.33631360.29932578X-RAY DIFFRACTION95
1.9692-2.0730.24811420.2522615X-RAY DIFFRACTION95
2.073-2.20280.27721470.24352621X-RAY DIFFRACTION95
2.2028-2.37270.22641470.23172620X-RAY DIFFRACTION95
2.3727-2.61120.27131420.2182667X-RAY DIFFRACTION95
2.6112-2.98840.2221500.19492638X-RAY DIFFRACTION95
2.9884-3.76250.22331540.15462699X-RAY DIFFRACTION95
3.7625-23.24670.18511320.12882884X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7949-0.98131.02363.02330.42.3831-0.24920.56590.3301-0.53680.2883-0.0263-0.1742-0.09920.04990.2475-0.1156-0.01970.58020.10080.2224-18.9378-10.4453-24.0159
28.7208-1.38970.33691.9923-0.41621.4512-0.14120.24750.16010.00370.01010.0866-0.03350.18940.12860.13890.0060.00180.39580.03230.25175.3175-16.4183-13.8889
32.8437-0.31291.07222.5159-0.59851.7084-0.19870.3911-0.1493-0.11340.1683-0.06980.09690.0154-0.00910.12140.01890.03560.4588-0.03470.177-16.9835-21.6254-14.751
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 31:107)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 108:213)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 214:290)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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